Officielt set er Kyoto by opdelt i 11 distrikter, men for at gøre det mere overskueligt, er Kyoto her på siden blevet opdelt i henholdsvis centrum, vest, nord, øst og syd. Kyoto centrum er generelt defineret som værende den del af byen, der historisk set altid har fungeret som kernen, og derfor er det hér, hvor befolkningstætheden er størst, ligesom her ligger flere høje bygninger i forhold til i resten af byen. Antallet af templer og andre historiske steder er dog begrænset, hvis man sammenligner med de fire andre egne, der omkranser bymidten. I centrum ligger imidlertid det gamle Kejserpalads, der fungerer som grænsen til de nordlige egne af byen, mens den sydlige grænse udgøres af Kyoto station. Den østlige grænse er markeret af Kamo-floden og Tenjin-floden er sat til at udgøre den vestlige grænse.