Under Anden Verdenskrig invaderede Japan sine asiatiske nabolande, hvor man blandt andet anlagde militærbaser, hvor enheder fra det japanske militær var udstationeret. Blandt disse var enhed 731, der holdt til i byen Harbin i Manchuriet, som var blevet overtaget af Japan allerede i 1931, hvorefter området havde fået status som en dukkestat under navnet Machukuo. Enhed 731 havde base i et seks kvadratkilometer stort kompleks bestående af over 150 bygninger, som var blevet opført i 1935, hvilket officielt var en del af Kwantung-hærens afdeling for epidemibekæmpelse og vandrensning. I virkeligheden var flere af disse afdelinger dog koncentrationslejre med hemmelige fængsler, hvor kinesere og andre etniske minoritetsgrupper sad fanget. Og disse blev ikke blot tvunget til at arbejde - de blev også udvalgt som ufrivillige forsøgspersoner i grusomme eksperimenter, idet enhed 731 faktisk var et sted, hvor den japanske hær forskede i biologisk krigsførelse. Og at have levende mennesker til rådighed, gjorde det derfor oplagt af benytte sig af disse, så man kunne se effekten af de våben, man fremstillede.
Enhed 731 endte imidlertid med at blive et af de mest famøse eksempler på krigsforbrydelser begået af Japan under Anden Verdenskrig, efter at generalkirurgen Shiro Ishii havde fået overdraget kontrollen over enheden i 1932. Han etablerede nemlig den hemmelige forskningsfacilitet, efter at han havde været i Europa og set, at Nazityskland benyttede sig af menneskelige forsøgspersoner under eksperimenter, der blandt andet havde til formål at teste menneskers reaktion på sygdomme og legemlig beskadigelse. Samme koncept valgte Ishii at gøre brug af, da han i de kommende år beordrede sine underordnede til at udføre afskyelige eksperimenter på de indsatte i de koncentrationslejre, som enhed 731 havde ansvaret for. Ishii ville gerne benytte sig af sunde og raske mennesker i sine eksperimenter, så de indsatte fik mad og drikke, ligesom de havde adgang til bad. Men dette var blot forberedende pleje forud for de rædsler, som folk med tiden ville ende med at gennemleve. For selvom enhed 731 forskede i biologiske våben, så var Ishii som kirurg også interesseret i den menneskelige krop, og af den grund valgte han at udvide sine forsøg til at bestå af eksperimenter, der slet og ret skulle tilfredsstille hans videnskabelige nysgerrighed.
Til trods for at enhed 731 officielt havde status som en afdeling for epidemibekæmpelse, så var det ironisk nok udbredelsen af epidemier, man eksempelvis forskede i. Derfor var enheden også i besiddelse af en sektion, hvor man opdrættede dyr, som ligeledes blev anvendt i eksperimenter, hvilket blandt andet inkluderede lopper og rotter, som skulle anvendes til at sprede sygdomme for på den måde at nedlægge Japans militære modstandere. De indsatte fik samtidig sprøjtet forskellige sygdomme ind i kroppen, så man kunne observere deres sygdomsforløb, og hvor lang tid der ville gå, før de eventuelt døde. Flere tusinde japanske militærfolk var tilknyttet enhed 731 i løbet af Anden Verdenskrig, men det var ikke alle, der tog del i eksperimenterne, idet de fleste var helt almindelige soldater, som blot opholdt sig på stedet for at træne eller observere forsøgene, der som regel blev udført af de øverstbefalende eller uddannede videnskabsfolk tilknyttet den japanske hær. Man formoder, at det drejer sig om i omegnen af 300 mænd, der tog direkte del i eksperimenterne.
Eksperimenterne med menneskelige forsøgspersoner blev kaldt for Maruta, hvilket betyder brænde (træstykker), og det var også denne betegnelse, man benyttede om forsøgspersonerne, så de altså fik status som redskaber frem for mennesker. Det karakteristiske ved disse var, at langt de fleste var helt almindelige mennesker, som var blevet taget til fange fra de omkringliggende byer, og udover kinesere var der blandt andet også russere, koreanere og mongoler. Man anvendte både kvinder, mænd og børn i eksperimenterne, og selvom disse foregik i al hemmelighed, så blev flere resultater faktisk offentliggjort, hvor man dog skrev, at forsøgene var blevet udført på aber. Når forsøgspersoner døde, blev de brændt i et tilhørende krematorium, så deres kroppe og dermed også deres eksistens gik op i røg. Man antager dog, at op mod 3.000 indsatte og tvangsarbejdere mistede livet hos enhed 731 i løbet af Anden Verdenskrig, og ingen slap levende derfra, før krigen sluttede.
Da Japan overgav sig i 1945 blev Ishii nemlig beordret til at skille sig af med alle beviser, der kunne afsløre enhed 731's eksperimenter og dermed også Japans krigsforbrydelser. Hele basen blev sat i brand, dokumenter destrueret, og de tilbageværende indsatte samt tvangsarbejderne blev henrettet ved at blive skudt, gasset eller fodret med gift. Alle militærfolk og deres familier fik desuden en dosis gift, som de kunne indtage, hvis de blev fanget under deres flugt fra Manchukuo, der efterfølgende blev overtaget af Sovjetunionen, samtidig med at Ishii beordrede sine underordnede til aldrig nogensinde at fortælle nogen om det, de havde bevidnet i enhed 731. Og således kunne kendskabet til rædslerne i Harbin altså være endt med at gå tabt i historien. Men enkelte dokumenter overlevede dog, og da Sovjetunionen kom i besiddelse af disse, fik man dermed en beskeden indsigt i de eksperimenter, som enhed 731 havde stået bag, ligesom man fik fanget og afhørt flere af de soldater, som havde været tilknyttet enheden, og som i sidste ende besluttede sig for at åbne op og fortælle, hvad de havde set.
Da Ishii og mange af hans medsammensvorne ankom til Japan, som var blevet okkuperet af USA, valgte man at stå frem og fortælle, hvad der var foregået i enhed 731 af frygt for, at man kunne blive retsforfulgt af Sovjetunionen. Ishii opnåede på den måde immunitet og blev aldrig stillet til ansvar for sine handlinger, fordi han besluttede sig for at samarbejde med USA ved blandt andet at overdrage alle sine resultater til amerikanerne, der senere blev mistænkt for at have benyttet sig af disse, da man blev beskyldt for at have gjort brug af biologiske våben under Korea-krigen. Ishiis resultater og dermed også sandheden omkring enhed 731 blev længe holdt hemmelig for verdenssamfundet, før man med tiden fik kendskab til de frygtelige eksperimenter, der blev kendt for at være blandt Japans værste krigsforbrydelser, til trods for at ingen blev retsforfulgt i Japan. Faktisk fortsatte mange af de involverede læger med at praktisere medicin både i og uden for Japans grænser, hvor flere opnåede højtprofilerede stillinger.
I Sovjetunionen blev flere tilfangetagne læger og generaler derimod stillet for en domsstol og idømt årelande ophold i arbejdslejre i årene efter afslutningen på Anden Verdenskrig. Først i 2002 blev det under en retssag i Japan afgjort, at man under Anden Verdenskrig havde udført biologisk krigsførelse ved fra enhed 731 at udlede sygdomme til kinesiske byer, hvor indbyggerne døde under epidemier - også efter krigens afslutning, hvor inficerede rotter og lopper spredte sygdomme efter at være sluppet fri fra det ødelagte militærkompleks. Dog er eksperimenterne med menneskelige forsøgspersoner endnu ikke blevet anerkendt som en krigsforbrydelse, fordi der simpelthen ikke er beviser nok til at kaste lys over dem.
I Japan har man længe valgt at tie omkring enhed 731 og dermed også nægtet at forholde sig til de krigsforbrydelser, som blev udført i Harbin. Dette har faktisk resulteret i, at mange japanere slet ikke har kendskab til denne del af Anden Verdenskrig, ligesom andre påstår, at det er propaganda for at stille Japan i et dårligt lys. Det er et generelt problem i Japan, at det japanske folk ikke informeres om de sande omstændigheder omkring Anden Verdenskrig, så derfor har mange svært ved at tro på, hvilke grusomheder Japan i sandhed stod bag. Og lige netop enhed 731 er da også med til at give Japan et dårligt omdømme, for selvom det har været umuligt at få kendskab til alle de eksperimenter, som foregik, så har man fået indsigt i disse via vidneudsagn, der har været med til at belyse, hvilke rædsler, de indsatte gennemgik, hvilket blandt andet inkluderede:
-Kvinder, der blev voldtaget og gjort gravide
-Gravide kvinder, som fik fjernet deres ufødte børn
-Folk, der gik fjernet hele eller dele af deres organer efter at være blevet inficeret med en sygdom
-Folk, som fik tvungne forfrysninger, så deres hud og lemmer kunne fjernes
-Folk, der fik amputeret lemmer og syet dem fast i en anden vinkel eller et andet sted på kroppen
-Folk, der fik fjernet deres mavesæk, så deres spiserør blev syet fast til tarmsystemet
-Folk, som fik drænet deres blod eller sprøjtet dyreblod ind i kroppen
-Folk, der blev bundet fast i et øvelsesområde, hvor de blev gjort til mål for granater, flammekastere og skydevåben
-Folk, der blev sultet ihjel
-Folk, der blev lukket inde i et trykkammer, hvor de blev kompresset ihjel
-Folk, der blev anbragt i en centrifuge og svunget til døde
-Folk, der blev lukket inde i et gaskammer, hvor man testede forskellige gassers effekt