I løbet af Anden Verdenskrig lykkedes det for Japan at invadere og overtage store dele af det asiatiske kontinent, hvilket inkluderede Filippinerne, der blev underlagt japansk styre i begyndelsen af 1942. I 1945 fik de allierede styrker så gradvist overvundet japanerne ved at drive dem bort fra de okkuperede lande, og allerede i 1944 var man ankommet til Filippinerne, da man gik i land på øen Leyte. I de kommende måneder blev der udkæmpet kampe mellem de japanske og allierede styrker i Filippinerne, hvor general Tomoyuki Yamashita fungerede som øverstbefalende. Og da de allierede tropper i begyndelsen af 1945 satte fod på øen Luzon og gik efter at invadere den filippinske hovedstad, Manila, fik dette Yamashita til at erkende, at han intet kunne stille op med de mere end 15.000 soldater, han havde til rådighed, idet de allierede styrker forenede sig med de lokale indbyggere, der blev befriet fra japanernes kontrol, efterhånden som befrielsen af Filippinerne skred frem.
Yamashita ønskede derfor at trække sig tilbage, hvilket hans tropper dog valgte at ignorere. I stedet gik disse til kamp mod de allierede, men netop fordi de allierede slog sig sammen med de civile, så resulterede dette i en massakre før og under slaget om Manila, idet de japanske soldater simpelthen ikke ville risikere, at lokalbefolkningen gjorde oprør. Af den grund blev de mandlige indbyggere dræbt, mens kvinder og piger blev taget til fange og voldtaget, før også de blev lemlæstet og slået ihjel på grusom vis. Folk, der prøvede at flygte fra byen, blev dræbt, og dem der blev taget til fange risikerede ligeledes at miste livet. Kvinder og børn blev eksempelvis tvunget til at fungere som levende værn mod de allierede tropper, når de skød mod eller bombarderede japanerne. Mens bomberne faldt fra himlen og lagde byen i ruiner, foretog japanerne deres egne ødelæggelser ved at sætte ild til bygninger såvel som mennesker.
Det vides ikke med sikkerhed, hvor mange mennesker der omkom under Manila-massakren, men det hyppigste dødstal lyder på mere end 100.000 mennesker, og nogen mener endda, at der kan være tale om fem gange så meget. Netop fordi massakren fandt sted under et stort krigsslag, så var det efterfølgende svært at vurdere, hvem der var ofre for kampe, og hvem der var ofre for japanernes massakre. Slagen om Manila endte efter en måned den 3. marts 1945, hvor det lykkedes for de allierede at overvinde japanerne og overtage kontrollen over Manila, mens japanerne fortsatte med at befinde sig i Filippinerne og udkæmpe slag helt frem til slutningen på Anden Verdenskrig, hvor Manila endte med at blive den hårdest medtagede by under Stillehavskrigen. Den filippinske hovedstad lå i ruiner, og titusindvis af mennesker lå døde.
Selvom det var Tomoyuki Yamashita, der var den øverstbefalende i Filippinerne, så var det faktisk marinesoldater tilknyttet admiral Sanji Iwabuchi, der udgjorde størstedelen af de japanske tropper, hvoraf mere end 15.000 japanere omkom. Dette inkluderede også Iwabuchi, der i slutningen af februar erkendte nederlaget ved at skyde sig selv. Yamashita overlevede derimod og blev sammen med hans underordnede udpeget som de ansvarlige for Manila-massakren efter krigens afslutning, hvor de begge blev dømt til døden og henrettet for at have stået bag denne krigsforbrydelse - dog uden at der var beviser for, at Yamashita havde beordret massakren eller taget del i den.