I løbet af anden verdenskrig invaderede Japan sine asiatiske nabolande, hvilket blandt andet blev gjort ved at overtage regionale områder og nedkæmpe de tilstedeværende indbyggere ved simpelthen at slå dem ihjel i deciderede massakrer. Den mest kendte af disse massakrer er Nanjing-massakren, der faktisk fandt sted, før Anden Verdenskrig officielt begyndte - nemlig i 1937, hvor Japan valgte at erklære krig mod Kina, hvilket førte til den anden kinesisk-japanske krig, der senere ville blive en del af Anden Verdenskrig, der begyndte i 1939, da Tyskland invaderede Polen i Europa. Allerede i 1931 havde Japan invaderet og okkuperet Manchuriet, hvorefter man dannede dukkestaten kaldet Manchukuo. I juli 1937 udbrød der så krig imellem Japan og Kina, hvor Shanghai og Nanjing var blandt de byer, der først blev udpeget som mål for en invasion grundet deres strategiske beliggenhed.
Shanghai blev invaderet allerede i august 1937, men først i november lykkedes det for de japanske tropper at tilkæmpe sig kontrollen over byen, og kort tid herefter blev de beordret til at fortsætte videre til Nanjing med det formål at invadere og overtage kontrollen over denne. Allerede på turen mod Nanjing begik de japanske soldater krigsforbrydelser ved at dræbe kinesiske krigsfanger, voldtage kvinder og berøve landsbyer, mest af alt fordi de sådan set var overladt til sig selv uden at være i direkte kontakt med deres militære overordnede. Efter slaget i Shanghai var de japanske soldaters mangel på moral blevet påpeget, og af samme grund havde man egentlig ikke tænkt sig at videreføre krigen, da den i forvejen havde kostet utallige japanere livet. Alligevel blev det altså besluttet at invadere Nanjing, og her skulle det i sandhed vise sig, at de japanske tropper havde behov for disciplin, idet slaget om Nanjing udviklede sig til en af de mest kendte massakrer i verdenshistorien.
Selvom de første japanske tropper ankom til Nanjing den 8. december 1937, så havde Nanjing-massakren officielt sin begyndelse den 13. december og varede i seks uger frem til januar 1938. I den periode døde tusindvis af mennesker, og eftersom det foregik som et ukontrolleret massedrab på militærfolk såvel som civile, så er der ingen endegyldige tal på, hvor mange der omkom, idet dødstallet svinger fra 40.000 til 300.000. Både mænd, kvinder og børn blev slået ihjel af de japanske soldater, der samtidig voldtog både kvinder og piger. Japanerne havde i forvejen nedkastet flyverblade og bombet byen for at tvinge kineserne til at overgive sig, men da dette ikke skete, kulminerede det altså i en kamp, der endte med, at japanerne vandt slaget om Nanjing, da det kinesiske militær trak sig tilbage. Herefter fik japanerne fri adgang til Nanjing, der faldt den 12. december, hvilket altså blev begyndelsen på en masseudryddelse af befolkningen. I dagene før den japanske invasion, havde man allerede fået kendskab til, at de japansk tropper var på vej mod byen, hvorfra mange udlændinge nåede at flygte, men også flere kinesere tog benene på nakken, hvilket inkluderede Nanjings borgmester.
Nanjing-massakren blev dokumenteret med brug af billeder, der har været med til at vise, hvilke uhyrligheder der foregik i de seks uger, hvor de japanske tropper spredte død og ødelæggelse i byen, så det ikke kan betvivles, at hændelsen rent faktisk fandt sted, mens maleriske vidneberetninger har beskrevet grusomhederne i detaljer. Civile blev slået ihjel for sjov, krigsfanger blev halshugget, lig blev skændet, og folk blev tortureret og hånt. Folk blev enten skudt, brændt ihjel, sprængt i luften, stukket med bajonetter eller nedsablet med sværd. En af de mere kendte historier fra Nanjing-massakren omhandler de to soldater Toshiaki Mukai og Tsuyoshi Noda, der simpelthen havde en intern konkurrence kørende om, hvem af de to, der først kunne slå 100 personer ihjel på vej til byen med brug af et sværd. Mukai nåede at dræbe 106 personer, mens Noda nåede at dræbe 105, og de blev begge dømt som krigsforbrydere og henrettet efter krigens afslutning. Hér blev Nanjing-massakren desuden bragt frem i lyset som et af de mest berømte eksempler på Japans krigsforbrydelser - først og fremmest fordi massakren fandt sted, efter Japan havde fået overtaget Nanjing, og den er derfor også et eksempel på, hvordan den japanske krigsførelse i høj grad var baseret på racisme. Af den grund var der faktisk mange udlændinge, der fik lov at gå fri i Nanjing, og flere af disse benyttede derfor muligheden til at hjælpe det kinesiske folk - dette inkluderer blandt andet tyskeren John Rabe og danskeren Bernhard Arp Sindberg. Begge sørgede desuden for at dokumentere massakren.
Efter krigens afslutning skulle de ansvarlige personer findes og dømmes, hvilket resulterede i, at de øverstbefalende, der havde haft til opgave af kommandere de japanske tropper i Nanjing, blev dømt til døden og henrettet, hvilket tilmed inkluderede den daværende udenrigsminister, Koki Hirota. Det er nemlig anerkendt, at Nanjing-massakren kun kunne finde sted, fordi de japanske tropper i høj grad var overladt til sig selv, så de på den måde var med til at gejle hinanden op og føre en primitiv form for krig midt i det, der ellers var en mere sofistikeret en af slagsen. Som noget helt særligt fik Prins Asaka overdraget immunitet, fordi han var medlem af den royale slægt. Han havde ellers fungeret som officer i Nanjing.
I 2014 blev den 13. december gjort til national mindedag i Kina, hvor man siden Anden Verdenskrig har bevaret minderne om krigens rædsler, hvilket er grunden til, at man i Nanjing stadig holder fast i sin historie, hvilket blandt andet er blevet gjort ved at opføre museer og mindeparker. Japan og Kina har på trods af deres fælles fortid også formået at opbygge et tæt samarbejde. I Japan har der imidlertid været debat om, i hvor stort et omfang massakren udspillede sig, og nogen påstår endda, at den aldrig har fundet sted. Det er desværre ikke en sjældenhed, at japanerne nægter at erkende landets krigsforbrydelser, men generelt set står man ved disse, og de er derfor også blevet beklaget fra officiel front, selvom erkendelsen har været mange årtier undervejs. Under Anden Verdenskrig blev japanerne nemlig manipuleret af medier og militær til at danne sig en positiv holdning til krigen ved eksempelvis at censurere virkelighedens rædsler, som japanerne derfor først fik kendskab til efter krigens afslutning, hvor mange havde svært ved at tro på dem, fordi de var blevet fodret med en helt anden sandhed.