Den 21. december 1946 opstod et jordskælv ud for Kii-halvøens sydlige kyst, hvilket havde en styrke på mellem 8.1 og 8.4 på momentmagnitudeskalaen. De voldsomme rystelser varede ved i flere minutter og førte til store ødelæggelser i de omkringliggende egne, hvor det gik værst ud over Kochi-præfekturet på Shikoku, hvor næsten halvdelen af de mere end 11.000 ødelagte bygninger på landsplan befandt sig, og fordi jordkælvet ramte klokken 4.19 om morgenen, så lå de fleste stadig i deres seng og sov, hvorved mange enten blev mast ihjel eller fanget i murbrokker. I byen Shingu i Wakayama-præfekturet førte jordkælvet tilmed til, at der opstod en bybrand, som fortærrede 2.400 bygninger, men hér oplevede man imidlertid også en anden konsekvens af jordkælvet, da dette oven i købet havde udløst en tsunami, som ramte kysten fra Kyushu i syd til Izu-halvøen i nord - en strækning, hvor over 30.000 hjem blev berørt af oversvømmelser, og cirka en tredjedel af disse befandt sig i Wakayama-præfekturet, der lå nærmest epicentret.
Dette var i kølvandet på Anden Verdenskrig, hvor mange japanske byer var ved at komme sig efter at være blevet lagt i ruiner af bombetogter, og de fleste bygninger var derfor i dårlig forfatning, hvilket gjorde dem ekstra sårbare i tilfælde af naturkatastrofer. Af den grund omkom over 1300 mennesker, hvoraf størstedelen af disse befandt sig i sammenstyrtede bygninger, og dobbelt så mange blev desuden kvæstet. Jordskælvet er navngivet efter Nankai-renden, der løber langs Japans sydlige kyst, og som historien igennem har ført til store jordskælv og ødelæggende tsunamier. Jordskælvet i 1946 skete eksempelvis næsten præcis to år efter, at et andet jordskælv i området kostede over 3000 menneskeliv.