Den 16. juni 1964 blev Niigata-præfekturet ramt af et jordskælv, der målte mindst 7.5 på momentmagnitudeskalaen. Rystelserne begyndte klokken 13.01, og epicentret lå kun 50 kilometer fra Niigata by, hvor man af den grund oplevede voldsomme ødelæggelser - blandt andet fordi jordskælvet førte til likvefaktion: altså væskeophobning i jorden, hvilket resulterede i, at mange bygninger kollapsede, heriblandt hele lejlighedskomplekser, der væltede, fordi deres fundament blev ustabilt. Billeder af dette var efterfølgende med til at skabe øget interesse i at forstå fænomenet, som man i Japan så vigtigheden ved at gardere sig mod. Niigata blev imidlertid også ramt af flere brande, der lagde store dele af byen i ruiner. Japans værste industribrand opstod eksempelvis som følge af jordskælvet, da der gik hul på en olieledning, hvorved flere olietanke i Niigatas havn blev antændt og førte til en brand, der varede ved i 12 dage. Jordskælvet udløste oven i købet også en tsunami, der ramte Niigata i tre etaper - dog var bølgerne kun få meter højde, så ødelæggelserne efter disse var begrænsede, men ikke desto mindre resulterede de i oversvømmelser, som gjorde mange hjemløse.
3.500 bygninger endte med at blive totalskadet efter jordkælvet, mens 11.000 andre blev beskadiget. Blandt de strukturer, der blev ødelagt, var Showa-broen, der fuldkommen faldt fra hinanden, selvom den ellers lige var blevet opført. På trods af de massive skader så endte kun 26 mennesker med at miste livet. Flere af de omkomne var dog børn - heriblandt 3, som døde, da deres børnehave styrtede sammen.