I 1952 endte den amerikanske okkupationen af Japan, men for at bevare de politiske og sikkerhedsmæssige relationer valgte man i 1960 at udforme en samarbejdsaftale, der skulle sikre forholdet mellem USA og Japan, hvilket blandt andet indebar, at USA fortsat fik lov til at eje og kontrollere militærbaser på japansk grund, ligesom de to nationer blev gjort til allierede i mulige konflikter. Da befolkningen fik kendskab til samarbejdsaftalen, udløste det voldsomme protester, og da den blev implementeret i foråret 1960, førte dette til et årti med interne konflikter i Japan, hvor antiamerikanske protestanter og venstrefløjsaktivister udviste deres utilfredshed gennem gadekampe og sågar attentater. Aftalen var nemlig gældende i ti år, og herefter kunne USA eller Japan vælge at ophæve samarbejdsaftalen med et års varsel.
Efterhånden som de ti år var ved at være gået, eskalerede optøjerne med et studenteroprør på Tokyo Universitet, hvor studerende besluttede sig for at strejke og barrikadere sig i det ikoniske Yasuda-auditorium i juli 1968. Hundredvis af universitetsstuderende sluttede sig til protesterne og besatte flere bygninger på Tokyo Universitet, men Yasuda-auditoriet var den primære base, og hvad der var startet som en besættelse, udviklede sig med tiden til en krig mellem de studerende og myndighederne. Politiet blev derfor sat ind for at rydde Yasuda-auditoriet, men mødte modstand fra de studerende, som nægtede at trække sig. Auditoriet udviklede sig således til en slagmark, hvor konflikten mellem myndighederne og de studerende varede ved helt frem til januar 1969. Den 16. januar blev politiet nemlig beordret til at bryde barrikaden ned og med magt rydde auditoriet - en aktion, der blev sat i gang to dage senere, men hér blev politiets indtrængen taget imod med både stenkast og molotovcocktails, og man modsvarede derfor med tåregas og vandkanoner.
Modstanden viste sig at være så stærk, at rydningen af bygningen varede ved i over et døgn, før det den 19. januar lykkedes for politiet at tilkæmpe sig adgang til Yasuda-auditoriet, hvor alle tilstedeværende blev anholdt. I alt var 8500 politibetjente blevet sat på opgaven, og ud af disse blev 710 kvæstet under optøjerne, mens 47 studerende blev såret. Langt de fleste studerende, som blev anholdt, var slet ikke tilknyttet Tokyo Universitet, men var derimod kommet fra andre universiteter for at udvise sin støtte ved at tage del i oprøret.
Yasuda-auditoriet havde taget stor skade efter konflikten, men blev siden restaureret og er fortsat en del af Tokyo Universitet. Hér valgte man desuden at lade være med at optage nye studerende i det nye skoleår, således at der altså kom en periode uden nogen årgang. Samarbejdsaftalen mellem Japan og USA førte til yderligere gadekampe i årene efter, men den er endnu ikke blevet opsagt af nogen af de to lande og er således stadig gældende. Slutningen af 1960'erne var generelt en periode præget af intern uro i Japan, hvor ungdomsoprør opstod af forskellige grunde, og dette skabte blandt andet radikale oprørsgrupper, der udviklede sig til at blive terrororganisationer, så man via voldelige angreb kunne udvise sin utilfredshed over for systemet og på den måde bekæmpe det politiske styre.