I Japan findes en række forskellige togselskaber. Det største af disse er Japan Railways Group (JR), der er nationalt dækkende. Til turister tilbyder JR såkaldte Rail Pass, så man ubegrænset kan rejse med deres tog - enten landsdækkende eller regionalt. Har man tænkt sig at rejse rundt i Japan og ikke blot opholde sig i en enkelt by, kan det derfor anbefales at købe et Rail Pass, da det vil spare en for en masse transportomkostninger. Et Rail Pass kan købes på udvalgte stationer i Japan, men det er dyrere end at bestille det hjemmefra, inden man ankommer til Japan. Dog kan det først bestilles tidligst 3 måneder før afrejse. Der er forskellige udbydere online, hvorfra man kan erhverve sig et Rail Pass, for eksempel Japanspecialisten.dk, jrpass.com og japan-rail-pass.com.
Prisen på et Rail Pass afhænger af yen-kursen og udbyderen, men et landsdækkende Rail Pass til en voksen gældende i 7 dage koster typisk omkring 1.800 kroner (det halve for børn mellem 6-11, mens børn under 6 rejser gratis i selskab med en voksen). Til sammenligning koster en enkeltbillet fra Tokyo til Kyoto omkring det halve, så en rundtur mellem de to byer koster altså nogenlunde det samme som et Rail Pass. Man kan også købe Rail Pass, der gælder til første klasse, som er dyrere, og så giver et Rail Pass desuden den fordel, at man kvit og frit kan foretage pladsreservationer. Et nationalt Rail Pass giver adgang til alle JR-tog og til shinkansen (foruden linjerne Nozomi og Mizuho), de fleste JR busser, Tokyo Monorail samt JR-færgen til Miyajima. Nogle gange passerer et JR-tog private jernbaner, og på visse strækninger skal man derfor betale en mindre afgift ombord i toget. Når man modtager sit garantibevis på et Rail Pass med posten, vil man også få en folder med yderligere detaljer om dette. I folderen vil også være angivet, på hvilke stationers billetkontorer man kan veksle sit garantibevis til et Rail Pass, når man er ankommet til Japan. Husk at medbringe garantibeviset på rejsen til Japan, for det er ikke muligt at få sit Rail Pass uden det fysiske stykke papir. Man får sit Rail Pass på under 5 minutter, men vær forberedt på, at det kan være kø, eftersom det er populært for mange udlændinge at benytte sig af et Rail Pass på deres ferie. Man skal desuden angive kontaktoplysninger på det sted, man skal opholde sig i Japan på sin første dag, så det kan være en god ide at have disse informationer klar.
Et landsdækkende Rail Pass gælder fra den dag, man tager det i brug og 7, 14 eller 21 dage frem - indtil midnat samme dag, som det udløber. Sidder man i et tog, mens klokken passerer 24, er det okay at blive siddende, til man er ankommet til sin destination. Med et Rail Pass behøver man ikke købe billetter, men skal blot vise det til stationspersonalet, der er placeret i båse ved siden af billetlugerne, som giver adgang til perronerne, for Rail Passet er sådan set bare en billet, som er blevet klistret på en lille folder af pap. De ansatte vil hurtigt kigge på dit Rail Pass og nikke og eventuelt vinke med en hånd som gestus for, at man er velkommen til at gå igennem. Første gang vil passet dog blive taget fra dig, så det kan modtage et stempel. Skal man med et tog, der ikke er styret af JR, skal man købe en billet - medmindre man har et togpas, som udbydes af byer eller private firmaer til turister. Der er nemlig flere forskellige muligheder til rådighed, så det kan være en god ide at have overblik over sin rejse og undersøge, hvad der bedst kan betale sig. Der findes også regionale Rail Pass fra JR, som er billigere og som kan bruges i kortere perioder. Der er for eksempel et Kansai Pass og et Kyushu Pass. Det er dog ikke tilladt at rejse uden for disse områder med sit Rail Pass. Mister man sit Rail Pass, kan det desuden ikke blive erstattet med et nyt. 
I Japan har man ligesom i Danmark en type rejsekort kaldet IC-kort, der fungerer som en elektronisk billet, som man tjekker ind og ud med, hvorved der automatisk fratrækkes penge fra kortet svarende til den pris, man skal betale for rejsen. Der findes forskellige typer af rejsekort, idet disse er tilknyttet de største byer i Japan, hvor de gør det muligt at rejse lokalt med de fleste offentlige transportmidler - dog ikke hurtige typer af slagsen såsom ekspresbusser og de fleste shinkansen-linjer. Et IC-kort er dog gældende i alle storbyer, ligemeget hvilken type man har. Det er muligt for turister at anskaffe sig et IC-kort i japanske billetautomater eller ved bemandede billetkontorer, hvilket kræver et depositum, som vil blive tilbagebetalt, når man leverer kortet tilbage, hvilket kan gøres i de bemandede billetkontorer, hvor man samtidig kan få udbetalt den resterende saldo på kortet. På stationerne kan man ligeledes optanke kortet ved billetautomater eller ved de særlige IC-kort automater. Der skal laves et kort per rejsende - altså kan man ikke rejse flere personer på samme kort. Det er desuden muligt at anvende et IC-kort som kreditkort ved salgsautomater, i butikker og på restauranter, hvis dette er markeret med et skilt. 
Tog
Det japanske togsystem er et af verdens mest komplekse og punktlige. En gennemsnitsforsinkelse ligger på 18 sekunder. Japanske togstationer er nærmest som små lufthavne, hvor selv japanere har det med at fare vild. På de store stationer er der både butikker, caféer, restauranter og souvenirboder. På de mindre stationer vil der typisk kun være tilknyttet en kiosk. Præcis som med lufthavne er stationer delt op i to områder: et, som er offentligt tilgængeligt, og et, der kun er forbeholdt rejsende. For at få adgang til perroner, skal man have status som rejsende, hvilket kræver en gyldig billet eller et rejsepas.
Billetter til korte distancer kan købes i billetautomater, der oftest har en engelsk tilvalgsguide.
For at købe en billet gøres følgende:
1) Vælg billettype
2) Oven over automaten hænger et kort over toglinjer og stationer, og ved hver station, kan man se, hvor meget det koster at komme dertil. På billetautomaten er der en skærm, hvor man kan se en række beløb. Tryk på det beløb, som svarer til det, der er nævnt på kortet ud fra den station, I gerne vil til
3) Vælg antallet af rejsende ved at trykke på de tilhørende knapper
4) Indkast penge i automaten, og I vil herefter modtage jeres billet og eventuelle byttepenge
Ved langdistancerejser skal man som regel henvende sig til et bemandet billetkontor, hvor man skal angive følgende oplysninger:
-Antal rejsende
-Hvilke stationer, man vil rejse fra og til
-Dato for rejsen
-Om man vil rejse på almindelig klasse eller på første klasse (green car)
-Om man ønsker en reserveret eller en ikke-reserveret plads
Det er ikke altid, personalet kan engelsk, så man kan med fordel have skrevet disse informationer ned på forhånd, så betjeningen dermed kan gå hurtigere. Førsteklassesbilletter er 30 – 50 % dyrere end almindelige billetter. De vogne, der er for rejsende på første klasse, er markeret med et grønt firkløver. Med en pladsreservation bindes man til et særligt tog, men på den måde er man også sikker på at få en siddeplads, eftersom de ikke-reserverede sæder befinder sig i separate vogne, som tit kan være fyldte på bestemte tidspunkter af dagen.
I denne video kan I se, hvordan man køber og bruger en almindelig togbillet i Japan:
Billetten er et slags adgangskort, som man skal bruge for at blive lukket forbi de automatiske låger. Hér skal billetten placeres i det markerede felt, hvor den vil blive trukket igennem maskinen og dukke op på den anden side af lågen, som samtidig vil åbne, så man kan gå igennem. Husk at tage billetten, da den skal benyttes igen, når man forlader sin endestation. På det tidspunkt vil billetten blive opslugt af maskinen. Indsætter man en ugyldig billet, vil der lyde en alarm. Stationspersonalet vil i så fald være behjælpelig, hvis man har gjort noget forkert. Har man et Rail Pass, skal dette vises til stationspersonalet i båsene ved siden af de automatiske låger, og de vil så sørge for, at man bliver lukket ind. I Japan er der dog forskellige togselskaber, og et Rail Pass er kun gældende, hvis man rejser med Japan Railways Group (JR). Forsøger man at få adgang til en toglinje, der ikke er dækket af et Rail Pass, vil man blive afvist.
Uden for lågerne kan man se skærme med toglinjer og afgangstider. Disse skifter mellem japansk og engelsk. Hér kan man også se spornumre, og om der er tale om togkategorierne, der på engelsk kaldes for local, rapid, rapid express, limited express og super express. Tog i kategorien local standser på alle stationer, mens de øvrige tog kun standser på udvalgte stationer. Når man har passeret de automatiske låger, vil man få adgang til perronerne, hvor køreplaner viser, hvilke tog der standser på hvilke stationer. De elektroniske skilte viser også, hvilke vogne der er for folk med eller uden pladsreservationer, men de viser dog kun endestation og eventuelle populære stop på vejen, så det kan være en fordel at have styr på, hvilken toglinje man skal med, før man træder ind på denne del af stationen.
Toglinjer har som oftest deres helt egen perron, som vil være markeret med et nummer og en farve. For at komme dertil skal man enten op eller ned ad en trappe eller rulletrappe, hvor det er markeret, hvilken side man skal gå. Typisk er der også en elevator tilknyttet. Japanske toglinjer kører ikke altid efter en identisk timeplan, så der er ikke et fast interval mellem togene. På køreplanerne kan man se en oversigt over afgangstider, så det kan være en god ide at tage et billede af denne, hvis man har til hensigt at benytte samme linje flere gange. Bemærk dog, at der på mange køreplaner ikke fremgår engelske oversættelser af stationernes navne. Den japanske udgave af Rejseplanen kaldes for HyperDia, og denne findes derimod på engelsk. Når et tog ankommer, vil der fra højtalerne lyde en ringetone eller en kendingsmelodi, der er forskellig fra linje til linje. Både indtalte stemmer og personale vil desuden informere, advare og holde passagerer opdateret konstant. Dette foregår typisk kun på japansk.
På perroner er det markeret, hvor dørene er placeret, når toget holder stille, så hér skal man stille sig i kø og desuden vente på, at andre passagerer har forladt toget, når det er ankommet. Samtlige tog har en kontrollør tilknyttet, som sikrer sig, at alle passagerer er steget ombord, før toget vil køre videre. Når dørene skal til at lukke, vil det blive berettet over højtalerne, og en ringetone eller kendingsmelodi vil igen lyde. Inde i selve toget er der for det meste ingen elektroniske skærme - primært kun i storbyerne. Her er i stedet klistermærker eller tavler, som viser en oversigt over de stationer, der er tilknyttet den pågældende toglinje eller sågar det lokale tognet. Fra højtalerne vil man blive informeret om næste stop, ligesom man får at vide, om dørene vil åbne til enten højre eller venstre. Ude på landet findes der toglinjer, hvor man selv skal åbne dørene, men generelt gøres dette automatisk.
På japanske stationer er udgange markeret med gule skilte. Store stationer har mere end én udgang, og de vil typisk hedde enten South Gate, North Gate, West Gate eller East Gate.
Shinkansen
Shinkansen er navnet på Japans lyntog, der forbinder landets største byer. Shinkansen har sin egen station på de japanske stationer, som er tilknyttet shinkansen, hvilket vil sige, at man som regel skal forbi endnu et sæt automatiske låger efter i forvejen at have passeret nogen. Men disse låger kan kun passeres med shinkansen-billetter, som kun kan købes i særlige automater eller ved bemandede billetkontorer, hvor der på engelsk vil stå Shinkansen tickets. En billet til shinkansen består af en billetpris, men hertil kommer også særlige afgifter for at benytte sig af shinkansen. Nogle steder vil man derfor få udleveret to billetter, men de kan også være kombineret i én. Hvis man undervejs skal skifte mellem forskellige linjer, så vil man modtage flere billetter.
Det er desuden muligt at købe følgende tillægsydelser: pladsreservation og billet til første klasse (green car). Med pladsreservation bliver man bundet til et bestemt tog, men på visse linjer er det kun muligt at rejse med shinkansen, hvis man har reserveret plads.
For at passere de første låger på stationen skal man indsætte sin billet med den engelske tekst fare ticket. Find herefter frem til shinkansen ved at følge skiltene. For at passere lågerne, der giver adgang til shinkansen-sporene, skal man hér indsætte alle de billetter, man har modtaget, på samme tid. Shinkansen er styret af JR, hvilket vil sige, at det er muligt at rejse med shinkansen, hvis man har et Rail Pass. Dette skal blot vises til personalet ved siden af de automatiske låger, og de vil på den måde lukke en forbi. Med et Rail Pass skal man desuden ikke betale for at få lavet pladsreservationer, men en sådan kan kun fås ved at henvende sig til de bemandede billetkontorer. Shinkansen har forskellige linjer, men er desuden også opdelt i kategorier, og med et Rail Pass kan man ikke rejse med de shinkansen-tog, der hedder Mizuho og Nozomi, da de har status som Super Express.
På shinkansen-stationerne er der engelsk skiltning og information over højtalerne. På de elektroniske skærme, står der ankomsttider på kommende tog, ligesom man hér kan se, hvilke togkategorier der er tale om, og hvor de ikke-reserverede vogne befinder sig. Typisk vil det være de forreste vogne, mens de bageste vil være forbeholdt første klasse. Vognene på shinkansen er nummererede, og på perronen kan man se, hvor de forskellige vogne vil holde, når toget standser. Hér er der tegnet op, så folk kan stille sig i kø og vente på toget. Der er to linjer, men den anden linje er tiltænkt de passagerer, som skal med det næste tog. Når shinkansen ankommer lyder der en ringetone. Når toget standser, vil perrondørene åbne, samtidig med at togdørene går op. Vent med at gå ind i toget, til folk er stået af. Er der tale om en endestation, så skal toget rengøres, før passagererne kan gå ombord. Rengøringspersonale vil i så fald spærre dørene af og gennemgå samtlige vogne og sæder på få minutter, så toget er klar til at køre til tiden.
I shinkansen er der både toilet og håndvaske. Der findes også særlige rygerum i nogle af vognene. Det er ikke tilladt at tale i telefon – kun hvis man går ud på mellemgangene. Nogle gange vil der være tilknyttet en serveringsvogn, hvor man kan købe både drikkevarer og snacks. På nogle tog er der desuden stikkontakt under sæderne. Der er dog ingen skraldespande eller plastikposer i selve vognene, så når man skal skille sig af med affald, skal man bevæge ud på mellemgangene. Alle sæder i shinkansen kan lænes tilbage eller roteres 180 grader, så er man et større selskab, der gerne vil tale sammen, så kan man altid vende sæderne mod hinanden. Husk dog at slå sæderne tilbage, når I stiger af. Over højtalerne vil der på både japansk og engelsk blive informeret om kommende stationer, i god tid før ankomsten til disse. Togets konduktør vil jævnligt gå igennem toget og være til rådighed, hvis der skulle være brug for hjælp.
Dette er en oversigt over nuværende shinkansen-linjer:
Metro
Metrostationer ligger oftest under jorden og er indrettet som almindelige stationer, og forløbet med at købe billet er derfor det samme som ved et standart-tog. Dog kan man også erhverve sig heldagsbilletter, der giver ubegrænset rejse med metroen i den pågældende by. Bemærk, at et Rail Pass ikke er gyldigt i den japanske metro, men der findes dog andre rejsepas, som gælder dertil.
Bus
I Japan findes der forskellige busselskaber, der foretager både lokal og regional kørsel. JR yder ikke kun togservice, men driver også en række buslinjer i udvalgte byer og i tilknytning til populære turistattraktioner. Er man indehaver af et Rail Pass, kan man derfor gratis benytte sig af disse busser, som er nemme at identificere ud fra deres logo, som består af bogstaverne JR.
Japanske busstoppesteder kan være svære at finde for udlændinge, fordi de ikke altid har et bus-symbol – i stedet står der ”busstoppested” skrevet på japansk. Disse skilte er typisk runde, og under dem hænger en køreplan, hvor man kan se afgangstider og tilknyttede stoppesteder (oftest kun på japansk). På mange busser vil der over forruden dog stå navnet på endestationen på både japansk og engelsk.
I Japan går man ind i bussen bagfra eller midtpå, alt efter hvor døren befinder sig (med undtagelse af visse bybusser, langdistancebusser og lufthavnbusser). Inden for døren hænger en automat, hvorfra man skal trække et nummer. Dette er billetten, som man først betaler for, når man stiger af. Kører man med JR og har et Rail Pass, skal man ikke trække en billet, for så skal man blot vise sit Rail Pass til chaufføren, når man stiger af.
Under kørslen vil kommende stationer blive nævnt i højtalerne. I nogle busser med automatisk information vil dette foregå på både japansk og engelsk, men er det chaufføren, der annoncerer stoppestederne, vil det kun foregå på japansk. Sørg derfor for at huske, hvor I skal af, og hav ørerne åbne. På en skærm fremgår navnet på næste stop desuden også, så hvis det kun optræder på japansk, kan det være en god ide at tage et billede af stoppestedets navn, inden man stiger ombord, så man kan sammenligne det med tegnene på skærmen. På denne skærm kan man desuden se, hvor mange penge man skal betale for turen. Det nummer, der står på ens billet, angiver, hvilken zone man er steget på, og på skærmen kan man hele tiden se prisen under numrene stige, efterhånden som man kommer frem. Det er vigtigt at holde øje med prisen og have pungen klar, for der skal betales med lige penge ved afstigning.
Ligesom i Danmark trykker man på en stopknap i bussen, når man gerne vil af. Husk at bussen skal holde helt stille, før man rejser sig og bevæger sig ned mod chaufføren. Her står en automat, der kan virke temmelig uoverskuelig, men alt, man skal gøre, er blot at smide sin billet og mønter i tragten og herefter stige af. Automaten tager ikke imod sedler og kan ikke udbetale byttepenge, så som nævnt er det nødvendigt, at man har et lige antal mønter klar. Automaten er dog også en vekselmaskine, hvor man kan veksle 1000 yen-sedler og mønter til mindre beløb. At veksle, mens man skal af, kan dog medføre kødannelse, og eftersom man ikke må gå rundt, mens bussen kører, er det en god ide at skynde sig ned og veksle, mens man for eksempel holder for rødt. Automaten indeholder typisk også en kortlæser, som er beregnet til IC-kort, hvis man benytter sådan et.
Sporvogn/Letbane
I visse japanske storbyer er det endnu muligt at rejse med sporvogn, men ellers er der også mange letbaner, der fungerer som en integreret del af gadebilledet, hvor de enten kører som en del af vejnettet eller parallelt med dette. At rejse med disse foregår på samme måde, som når man kører med bus, men man vil dog opleve, at stationerne tilknyttet letbaner og sporvogne er større og noget nemmere at finde end busstoppesteder.
Taxi
Japanske taxier findes i forskellige farver, men de er for det meste enten hvide eller gule. Taxier kan desuden genkendes på deres grønne nummerplader. Et skilt i forruden viser, om vognen er ledig eller ej. Er skriften rød, så er taxien ledig, og er den grøn, så er den derimod optaget. På taget sidder desuden en lampe, som kun lyser, når en taxi er ledig. Taxier holder som regel ved stationer eller i markerede vejbaner i storbyerne. For at indikere, at man gerne vil køre med, skal man signalere eller henvende sig til chaufføren. Som kunde skal man ikke selv åbne døren. På venstre side vil den blive åbnet og lukket af chaufføren inde fra bilen. Andre døre skal dog åbnes manuelt. De fleste chauffører taler kun japansk, men så længe man kan udtale sin destination eller har denne skrevet ned på forhånd, så skal man nok blive kørt derhen.
Vil man have fat i en taxi fra gaden, kan man give tegn ved at løfte hånden, hvis der er plads nok, til at chaufføren kan parkere. I Japan giver man ikke drikkepenge, så der skal enten betales med lige penge, eller et beløb, som gør det muligt for chaufføren at give byttepenge. Generelt anses taxier i Japan for at være dyre.
Bil
Biludlejning er en relevant mulighed, hvis man ønsker at rejse uden for de japanske byer og udforske de ydre landområder. Det er også en oplagt måde for et større rejsende selskab at spare penge på transportudgifter. I Japan kører man i venstre side, så der kræves et japansk kørekort eller international køretilladelse, før man må køre bil, hvilket man på forhånd kan skaffe hjemmefra ved at kontakte sin kommune. Det er blandt andet muligt at leje biler i lufthavne, og de fleste biler vil være udstyret med et GPS-system. Japanske trafikskilte har for det meste kun engelsk tekst på de store veje, så det kan være en god idet at lære tegnene for sådan noget som "stop" eller "pas på", før man tager afsted.
Hvad angår tankstationer, så findes der både servicestationer og selvbetjeningsstationer. På servicestationerne tales der sjældent engelsk, så det er nødvendigt at tale noget japansk for at kunne bestille benzin. Selvbetjeningsstationer har kun japanske menuer, men her kan personalet hjælpe, hvis de er i besiddelse af de rette sprogkundskaber. Betaler man for meget, så vil byttepengene blive udbetalt inde i butikken, som er tilknyttet tankstationen, eller i en stander for sig selv. I de større byer er der parkeringsafgifter, og præcis som i Danmark, så anvender man det metriske system i Japan, hvilket vil sige, at afstande og fartgrænser er angivet i kilometer på vejskilte.
Cykel
Japan er en af verdens største cykelnationer, men byerne er ikke indrettet efter dette. Som turist vil man hurtigt bide mærke i, at der tilsyneladende ikke er nogen færdselsregler for cyklister. Manglen på cykelstier gør, at folk kort sagt kører, hvor det passer dem. På veje, på fortove og på fodgængerfelter. Om aftenen kører de uden lys, og når det regner, cykler de rundt med en udslået paraply.
Cyklen er dog et bekvemt transportmiddel i de store byer, hvis man ønsker at opleve flere forskellige steder på samme dag. Derfor er det da også populært med cykeludlejning, da det kun koster omkring 1000 yen at leje en cykel i en hel dag.
Cykeludlejningsfirmaer kan som regel findes i nærheden af togstationer, men visse hoteller yder også denne service for deres gæster. Det er ikke så udbredt at cykle med hjelm i Japan, så en sådan er ikke inkluderet i udlejningen af en cykel. Alle cykler har dog både en lås og en tilhørende nøgle. Det kniber med parkeringsforholdene i Japan, så det kan ofte være svært at finde et sted at stille sin cykel, uden den generer andre. Cykler, som holder ulovligt parkeret vil blive fjernet af myndighederne, og for at få dem tilbage skal man betale en afgift. Udlejningsfirmaer kræver forskellige informationer, når man lejer en cykel, men som turist skal man som regel fremvise billede-ID og oplyse adressen på sit hotel. Nogle gange kan det blive nødvendigt at betale et depositum, som vil blive givet tilbage, når cyklen returneres. Lejer man en cykel hos en kæde, kan man returnere cyklen i en anden butik end den, hvor man hentede den.