Det japanske egern lever udbredt i store dele af Japan - dog ikke på den nordligste hovedø Hokkaido, ligesom man formoder, at egernet er blevet udryddet på den sydlige hovedø Kyushu. På Honshu og Shikoku lever det japanske egern imidlertid så mange steder, at det ikke er i fare for at uddø, men i i de sydvestlige egne er arten flere steder forsvundet grundet skovrydning og udbredelsen af træsygdomme Det japanske egern er en selvstændig art inden for egernslægten, men man mener at det nedstammer fra det europæiske egern, der i tidernes morgen fandt vej til Japan fra det asiatiske kontinent. Da de japanske øer blev isoleret fra dette efter den sidste istid, udviklede det japanske egern sig så til en selvstændig art. Dets udseende og adfærd er dog som andre egerns.
Det japanske egern har dog ikke en lige så rødlig pels som det europæiske egern, og pelsen er også kun rødbrun i sommerhalvåret, idet pelsen antager grålige nuancer i vintermånederne, så det kun er dets poter, der har de rødbrune farver. Det japanske egern er også en anelse mindre end det europæiske egern, idet det når en kropslængde på omkring 20 centimeter og en halelængde på cirka 15 centimeter. Vægten ligger i omegnen af 300 gram. Præcis som med andre egern så lever det japanske egern primært af nødder, frø og kogler, men de kan også spise frugter, blomster og insekter.
Det japanske egern lever en solitær tilværelse uden for parringssæsonen, og hvert individ råder over et territorium, hvor det tilbringer det meste af tiden i træer, mens det for det meste kun bevæger sig ned på jorden i søgningen efter mad. Egernene kan ses i byområder, men de foretrækker at leve i skove, hvor der er godt med plads.