Helligdomme er er en typisk anvendt oversættelse for de japanske strukturer kaldet jinja, som på engelsk hedder "shrines". Den direkte oversættelse af shrines ville være "skrin", men dette ord giver indtryk af, at der er tale om små æsker. Ikke desto mindre er helligdomme faktisk et forstørret skrin, da det er her man opbevarer en eller flere af de guder (kami), som eksisterer i den japanske naturreligion kaldet shintoismen, som helligdomme derfor er tilknyttet, mens templer er tilknyttet buddhismen. Efter introduktionen af buddhismen i Japan blev denne dog på en måde fusioneret med shintoismen, så de to religioner eksisterede side om side i århundreder, hvilket førte til, at helligdomme og templer fandtes på samme grund. I slutningen af 1800-tallet valgte man så at adskille de to religioner og gøre shintoismen til statsreligion, men efter Anden Verdenskrig blev religion og stat så splittet ad, og siden da har helligdomme været afhængige af private folks donationer og økonomiske bidrag, og derfor er der endda nogle af disse, der er blevet gjort til turistattraktioner.
Der er dog stadig tusinder og atter tusinder af helligdomme i Japan, der huser alverdens guder, for selvom disse er usynlige og som sådan eksisterer i alt, så er tilbedelsen af dem stort set kun begrænset til fysiske objekter - heriblandt helligdomme, idet disse er dedikeret til guder. De mest populære og besøgte helligdomme opbevarer de store guder, såsom Ise-helligdommen, der er dedikeret til solgudinden Amaterasu, og Fushimi Inari Taisha, der er dedikeret til Inari, som blandt andet er gudinden for ris. Disse er såkaldte hovedhelligdomme, der har mindre udgaver rundt om i landet, så japanerne kan bede til og udvise respekt for guderne uden at skulle rejse særlig langt. Med mere end 32.000 strukturer fordelt i Japan er Inari-helligdomme de mest udbredte. Lokale helligdomme uden tilknytning til de store hovedhelligdomme opbevarer typisk egnsguder. Hokora er såkaldte miniature-helligdomme, der primært kun består af det skrin, hvor guden opbevares, og når en helligdom er tilknyttet den kejserlige slægt får den titel som jingu.
Guder "indfanges" gennem en ceremoni, og det er også via en sådan, at man splitter guder op, så de kan flyttes til andre helligdomme, hvilket er forklaringen på, at mange helligdomme kan være dedikeret til den samme gud. Som regel bliver guder bedt om at besætte et fysisk objekt kaldet shintai såsom en dekoration eller et spejl, så en helligdom altså ikke bare er “fyldt med luft”. Store shinto-helligdomme består som regel af flere bygninger, men honden (også kendt som shinden eller shoden) er den allervigtigste af dem alle, idet det er her, man opbevarer den kami, som helligdommene er dedikeret til. Af den grund kaldes en honden også for hovedbygningen, ligesom det er tilfældet hos buddhistiske templer, hvor disse huser den Buddha-statue, som folk kommer for at bede til. Offentligheden har imidlertid ikke adgang til en honden, da det kun er shinto-præster, der må åbne dørene dertil, og man kan derfor heller ikke se det objekt, som indeholder kamien. Hvis det er muligt at komme frem til en honden, kan folk vælge at bede direkte til den og på den måde tilbede kamien i den, men ellers er der typisk en anden bygning kaldet haiden, hvor selve tilbedelsen finder sted. Ved nogle helligdomme er haiden den eneste bygning, man finder ved en shinto-helligdom, hvis kamien er et fysisk objekt, som umiddelbart befinder sig i nærheden, såsom et bjerg, hvorved behovet for at opbevare denne i en honden altså ikke er relevant.
Udadtil kan man kende helligdomme fra buddhistiske templer ud fra torii-porte, som man kan passere igennem, når man bevæger sig ind mod helligdommen, selvom de egentlig er tiltænkt guderne. Af den grund skal man også give plads til guderne ved at passere igennem en torii-port til den ene side. Inden man træder igennem porten kan man desuden udvise guderne respekt ved at bukke, hvilket også skal gøres i retning mod helligdommen, når man forlader grunden ved at passere igennem torii-porten. Når man skal stå over for guderne, skal man desuden foretage en rensning af sig selv, hvilket gøres ved, at man ved ankomsten til selve helligdommens grund skal rengøre mund og hænder i en vandbalje kaldet chozuya, før man begiver sig videre til hovedbygningerne, hvor man kan tilbede guden, som opbevares i helligdommen.
En traditionel tilbedelse af en kami foregår typisk ved, at man først ofrer en mønt, hvorefter man ringer på den tilhørende klokke for at gøre guderne bekendt med sin tilstedeværelse. Herefter foretager man to buk efterfulgt af to klap, hvorefter man udtrykker sin taknemmelighed ved enten at hviske eller tænke, før der igen bukkes. Møntofringer er i sig selv en måde at udvise taknemmelighed, idet man overdrager noget af materiel værdi, men det er også en slags betaling til guderne i bytte for det ønske, man har. I virkeligheden bliver pengene dog indsamlet af de ansatte og brugt til lønninger, vedligeholdelse af helligdommen og produktionen af rituelle remedier, som også kan erhverves ved mange helligdomme. Shinto-helligdomme kan desuden kendes på deres vogtende dyrestatuer kaldet komainu (løvehunde), og så har mange helligdomme en rødlig eller orange farve, fordi den skrigende nuance siges at kunne beskytte mod ondskab.
Ligesom med buddhistiske templer, så opbevares der også hellige objekter i nogle shinto-helligdomme, som offentligheden ikke altid får at se, mens andre er i besiddelse af nationalskatte, der enten er udstillet i tilhørende skatkamre eller sågar på museer. Normalt har en helligdom tilknyttet en hovedansvarlig præst kaldet kannushi, som står for dens vedligeholdende og ceremonier. Alt efter størrelse er der typisk flere præster og "ungmøer" kaldet miko, som står til rådighed i et bemandet kontor kaldet shamusho, hvor besøgende blandt andet kan købe omamori, der er lykkeamuletter, og træplader (ema), hvor man kan skrive sit ønske på til guderne. Ved ubemandede helligdomme kan man typisk købe den slags ved at lægge penge i en møntboks.
Herudover står præster også for en ceremoni kaldet miyamairi, hvor forældre bringer deres børn 30-100 dage efter fødslen for at takke guderne og modtage en slags velsignelse - nærmest som vi kender det med dåb i Danmark. Helligdomme lægger desuden grund til flere japanske festivaler, der oprindeligt blev fejret med det formål at takke guderne. Et islæt af dette er stadig at finde i nutidige festivaler, hvor man i visse tilfælde bærer transportable helligdomme (mikoshi) indeholdende de opbevarede guder rundt.
Dette er en helligdoms grundlæggende design, men de findes altså i alle størrelser og udgaver:
