De første vesterlændinge satte fod i Japan i midten af 1500-tallet, og dermed fik japanerne også kendskab til en helt ny religion: kristendommen, som i denne tid prægede samfundet i de europiske lande, og som samtidig var ved at blive spredt til alle egne af kloden via koloniseringen, eftersom kristendommen var en vigtig brik i denne. Ved at belære og på sin vis tvinge andre folkefærd til at tro på, at der kun fandtes en enkelt gud, fik europæiske søfarere ikke blot spredt deres ideologier til andre egne af kloden - man fik også erobret disse, idet man betragtede indfødte folkefærd som værende syndige barbarer, der havde brug for at blive pålagt den kristne tro, så de på den måde kunne blive frelst.
Europæere anså altså sig selv som Guds udvalgte, der havde fået til opgave at purificere andre folkefærd ved at bortvende dem fra deres egen kultur og værdier, og i den forbindelse gik Japan ikke fri, da man på få årtier ikke kun fik introduceret kristendommen - det lykkedes også for tilrejsende missionærer at få tusindvis af japanere til at konvertere, ligesom man opførte flere kirker, hvilket særligt foregik i de sydlige egne af landet på Kyushu, fordi det var hér, handlen med Vesten foregik, og sammen med udenlandske varer kom også mange missionærer, heriblandt Francisco Xavier og Cosme de Torres.
Det var primært den katolske lære, der blev bragt til Japan, hvor individer såvel som hele landsbyer blev undervist i de kristne ideologier og regler, og mange japanere fik dermed direkte at vide, at der kun var én gud at tro på, hvilket stod i kontrast til deres daværende verdensbillede, hvor shintoismen og buddhismen gjorde det muligt og tilladt at tro på forskellige guder. Alligevel blev mange japanere overbeviste om, at kristendommen måtte være den eneste rigtige sandhed, og de valgte derfor at bekende sig til denne nye religion, hvilket foregik ved, at de som regel blev døbt og fik et katolsk navn. Samtidig blev de opfordret til at dyrke kristendommen ved blandt andet at bære kors og bede, ligesom de japanske kristne selv blev missionærer, så de på egen jord kunne udbrede kendskabet til kristendommen.
I denne tid besad Oda Nobunaga den politiske kontrol i landet, og han støttede op om kristendommens udbredelse i Japan, idet han mente, at religionen sagtens kunne eksistere side om side med shintoismen og buddhismen, men hans efterfølger, Toyotomi Hideyoshi, var dog af en anden opfattelse. Han havde nemlig kendskab til, hvordan kristendommen var blevet anvendt til at kolonisere andre asiatiske lande, og mens missionærer havde bygget kirker, havde de på samme tid smadret helligdomme og templer. Det så altså ud til at den japanske kultur var under et systematisk angreb, og det førte til en stigende modstand rettet mod kristendommen, mens denne endnu var ved at blive introduceret i store egne af landet, hvor hundredvis af europæiske missionærer opholdt sig. For at standse udbredelsen af kristendommen begyndte man derfor at advare missionærerne og direkte bede dem om at rejse hjem, men da de nægtede, implementerede man i stedet en lov i 1587, der forbød kristne missionærer at opholde sig i landet, hvorved det blev muligt at henrette dem. Dette resulterede blandt andet i en offentlig massehenrettelse i 1597, hvor 26 mænd - heriblandt japanere blev henrettet, og således blev både japanere og udlændinge gjort opmærksomme på det politiske styres foragt mod kristendommen.
Da Tokugawa Ieyasu overtog den politiske magt og etablerede et shogunat i begyndelsen af 1600-tallet, fik de kristne det ikke just bedre i Japan, for han var nemlig også modstander af kristendommen og besluttede sig for at bandlyse religionen, så kristne japanere dermed blev tvunget til at frasige sig deres tro, medmindre de da ville dø som martyrer ved at blive henrettet, hvilket typisk foregik i form af korsfæstelse foran andre kristne. På samme tid blev Japans grænser lukket af, så kontakt til udlandet blev begrænset, og de udlændinge, der befandt sig i Japan, blev beordret til at forlade landet, hvis de da ikke frasagde sig deres tro for i stedet at leve som japanere. Dette kunne de blandt andet gøre ved at træde på et billede af Jesus, hvilket også var den måde, man kunne teste om japanere var kristne eller ej, og måden, man herefter fik folk til at frasige sig deres tro var som regel via tortur.
Der foregik altså en decideret udrensning af kristendommen i Japan i begyndelsen af 1600-tallet, og dette eskalerede med et længerevarende slag ved Shimabara-borgen fra 1637 til 1638, hvor tusindvis af kristne valgte at begå oprør mod shogunatet, hvilket blot resulterede i et nederlag og en massakre. Herefter blev kristendommen i sandhed anset for at være en trussel mod samfundet, og de japanere, der valgte at beholde deres tro, måtte dyrke denne i det skjulte, hvilket de eksempelvis gjorde ved at gemme deres kors eller fremstille ikoner af Jomfru Maria, der lignede en Buddha.
I de næste 200 år var kristendommen et tabu i Japan, indtil landets grænser igen blev åbnet op, og religionen blev genintroduceret i sidste halvdel af 1800-tallet, da handel med Vesten igen begyndte at præge samfundet. Religionsfrihed blev indført i 1871, og de skjulte kristne kunne dermed komme frem og lovligt praktisere deres religion. Dette førte til, at kirker igen begyndte at skyde op i landet - primært omkring Nagasaki, fordi det var her, mange af de kristne miljøer befandt sig, men selvom mange japanske byer i dag har kirker og kristne foreninger, så har religionen aldrig rigtig formået at slå igennem i Japan, idet under 1 % af befolkningen menes at være kristne. Dette har også haft indvirkning på samfundets skikke, for i Japan har man nemlig ikke kristne helligdage, ligesom dåb og konfirmation ikke er udbredt blandt almindelige folk. Til gengæld er bryllupper inspireret fra Vesten blevet ekstremt populære, og mange kirker er faktisk slet ikke kirker, men derimod lokaliteter tilhørende bryllupsarrangører, der ønsker at give japanerne et autentisk kristent bryllup, selvom de ikke er kristne. I Japan er religion og stat desuden adskilt via lov, så de kristne instanser er afhængige af økonomiske bidrag fra medlemmer eller donationer.