Det japanske skolesystem er indrettet efter 6-3-3-4-modellen, hvilket vil sige, at en fuld uddannelse består af seks år i grundskole, tre år i mellemskole, tre år på high school (gymnasiet) og fire år på en videregående uddannelse, hvor man får en bachelorgrad. I Japan behøver man nemlig ikke mere end en bacheloruddannelse for at få et godt arbejde, men man kan dog også vælge at tage en kandidatuddannelse og dermed studere to år mere på universitetet. Visse videregående uddannelser kræver dog seks år, hvilket primært drejer sig om medicinfagene (læge, dyrlæge, tandlæge, osv.).
Forud for skolegangen har de fleste japanske børn gået 3 år i børnehave, hvilket ikke er nødvendigt, men der er derimod ni års obligatorisk skolegang i Japan, hvilket betyder, at alle japanske børn skal gå i grundskole og mellemskole, hvilket svarer til 9 skoleår - altså præcis som i Danmark. Alligevel vælger tæt på 100 % af alle japanske unge at fortsætte videre til high school og tage tre års skolegang mere, men der er dog også nogle der vælger at gå videre til teknisk skole, som befinder sig uden for 6-3-3-4-modellen, idet denne uddannelse består af 5 år efter mellemskolen: altså 6-3-5. Når man taler om uddannelse i Japan er det altså ligesom i Danmark den boglige/akademiske retning, der dominerer på området. Sabbatår er desuden ikke så udbredt i Japan, så når man tager en uddannelse foregår det typisk ud i en lang køre. Dette er dog også medvirkende til, at mange vælger at droppe ud eller pjække, fordi de simpelthen bliver skoletrætte eller får lyst til at bruge tiden på andre ting end at studere.
Det japanske skoleår starter i april og slutter i marts med sommerferie i august. Grundskolen svarer nogenlunde til de første år i den danske folkeskole frem til og med 6. klasse. Hér er atmosfæren mere social og afslappet end på de højere klassetrin, fordi man anerkender, at børn er børn, men når de når 12-årsalderen begynder man mere at anse dem som individer, hvilket er grunden til, at man starter på mellemskolen, hvor læringsmiljøet gradvist skal forberede dem på voksenlivet. Mellemskolen består af 7., 8., og 9. klassetrin og her sidder eleverne typisk ved enkeltmandsborde i store klasseværelser, hvor der i gennemsnit befinder sig 38 pladser. Det har den betydning, at det er meget svært at inddrage eleverne i undervisningen, men denne er i forvejen inspireret af konfucianismens læringsnormer, hvor man som elev skal agere passiv modtager af viden, hvilket vil sige, at undervisningen er centreret om læreren, mens eleverne har til opgave at lytte efter, memorere og tage noter.
Undervisningen minder altså mest af alt om forelæsninger, men der er en grund til dette, idet eleverne skal bestå adgangsprøver for at fortsætte videre i uddannelsessystemet, og da der kun er plads til de bedste på de mest prestigefyldte skoler, så vil det sige, at man skal sørge for, at alle elever kommer i besiddelse af den samme viden, så det kun er op til dem selv at bestå adgangsprøverne, hvor alle vil blive testet i det samme. Derfor er der også mange skolebørn, der vælger at læse på det, der hedder juko, hvilket mest af alt svarer til lektiecafé efter skole, selvom der dog snarere er tale om en slags supplerende aftenundervisning. For nogle japanske skolebørn kan en skoledag altså bogstavelig talt vare en dag, fordi man stræber efter at præstere så godt som muligt - enten for sin egen eller familiens skyld.
Efter endt undervisning er det eleverne, der står for rengøringen af klasselokalerne, og så er der desuden mange, der vælger at gå videre til klubber, hvilket er fritidsaktiviteter, der dog foregår på skolen, idet denne stiller lokaler og udstyr til rådighed. Hermed får børnene både plejet deres interesser og knyttet sociale forbindelser, når de deltager i alt lige fra fodbold og kendo til skak og sågar mangalæsning. Det er skolens elever, der står for at administreringen af disse klubber, og det er således også dem, der opretter dem, hvilket betyder, at man sådan set kan danne en hvilken som helst type klub, så længe man kan få samlet medlemmer nok. Medlemmerne er ydermere elever fra alle klassetrin, så det er også et sted, hvor der etableres relationer mellem yngre og ældre elever, hvilket er udgangspunktet for et senpai-kohai-forhold. Klubaktiviteter holder mange elever på skolen til langt ud på aftenen, så en stor del først kommer hjem efter klokken 18. Det er derfor ikke unormalt, at der på visse skoler kun er elever til stede på skolen efter "lukketid", men en voksen vagt sørger dog for at lukke skolen, når det bliver så sent, at børn ikke længere må opholde sig på den.
High School består af klassetrin 10, 11 og 12, og i modsætning til mellemskole så er der flere forældre der vælger at sende deres børn på en privat high school - dette skyldes, at hverken private eller offentlige high schools er gratis, så over halvdelen af japanske forældre vælger at betale mere for at kunne sende deres børn videre til en privat high school, da de dermed får større chancer for at komme videre til universitetet, ligesom der er mere prestige i at kunne sige, at man har gået på en kendt og populær high school. Det samme gælder universiteter, hvor de bedste universiteter ofte giver adgang til de bedste stillinger på arbejdsmarkedet, og i Japan kan man sagtens få arbejde inden for et felt, man slet ikke er uddannet i, idet man allerede kan opnå ansættelse, mens man går på universitetet, eftersom der er et tæt samarbejde mellem disse og arbejdsmarkedet.
Ligesom med high school så koster universitetet også penge, og igen er det typisk forældre, der betaler for deres børns fulde uddannelse, fordi de gerne vil sikre sig, at deres slægt bliver ført videre, hvilket gøres via en god karriere, der kan føre til en stabil tilværelse. Ved at sikre deres børns fremtid går mange forældre også ud fra, at deres børn til tage sig af dem, når de bliver gamle og har brug for støtte. Men netop fordi det er dyrt at få en uddannelse, så vælger mange forældre også kun at investere i et enkelt barn, hvilket som regel er den ældste søn, der dermed får tillagt høje forventninger, mens de yngre sønner eller døtre får mere frihed, men som regel også kun når at afslutte high school, før de kommer ud på arbejdsmarkedet. Japan er dog et af de lande i verden, hvor flest vælger at tage en videregående uddannelse, til trods for at man ikke modtager uddannelsesstøtte (SU), og selvom staten investerer mindre i uddannelse i forhold til andre OECD-lande, så er japanske skolebørn alligevel blandt de bedste i verden, når det gælder boglige kundskaber, hvilket skyldes det kulturelle fokus på vigtigheden ved uddannelse. Når man omtaler børn ud fra alder eller spørger ind til denne, så bliver deres klassetrin typisk anvendt i stedet for deres alder, for klassetrinnet er med til at give et indtryk af, på hvilket intellektuelt stadie de befinder sig i livet.
I Japan findes der både pigeskoler, drengeskoler og skoler med begge køn. Mange mellemskoler og high schools har ydermere skoleuniformer kaldet seifuku, der er forskellige fra skole til skole, men ens for alle elever på disse - dog er uniformernes design baseret på køn. Uniformerne er typisk inspireret af sømandsuniformer og militæruniformer, og så findes de i forskellige sæsonudgaver, så elevernes påklædning tilpasser sig årstiden. På nogle skoler er der sågar regler for elevernes udseende, hvilket inkluderer frisurer, brug af make-up og smykker samt piercinger. I grundskolen er det endnu ikke så udbredt med skoleuniformer, og flere og flere mellemskoler og high schools tillader også i højere grad personlig påklædning, hvilket generelt er normen på universiteter. Når man træder ind på skolen skal man desuden smide sine sko og lægge dem i et personligt skab, hvor man også ifører sig et sæt fodtøj, som man skal have på, når man befærder sig inde på skolen.
Nogle skoler har regler for, hvad man må medbringe i sin taske, og nogle gange bliver disse derfor efterset af lærerne for at se, om man for eksempel har cigaretter eller tegneserier med. Mange skolebørn får en madpakke med hjemmefra kaldet obento, men ellers er der også kantiner, hvor man kan købe varmt mad, og så er der også en sundhedsplejerske tilknyttet de fleste skoler, hvor elever kan gå hen, hvis de kommer til skade eller har det skidt. Mobning har været et stigende problem i det japanske skolesystem, hvilket ikke mindst skyldes, at lærere generelt er fraværende uden for undervisningen og ofte mener, at det er op til eleverne selv at klare interne konflikter, idet man betragter skolen som en modningsproces, hvor børn lærer at interagere med mennesker på godt og ondt. Men lærere bliver dog også udsat for mobning fra både elever og andre lærere, og dette har i visse tilfælde ført til decideret chikane, hvor folk har været nødsaget til at sige op. Mobning blandt elever har blandt andet ført til selvmord og sågar flere drabssager, fordi problemet holdes hemmeligt af skolerne, så disse altså først kommer frem i lyset under skandaler, hvilket får medierne til at grave i dem.
Hver klasse har en repræsentant, der typisk vælges ud fra testresultater - altså er det den "klogeste", der får posten, hvorved der er stor prestige i dette. Repræsentanten sørger blandt andet for, at alle rejser sig og bukker, når læreren ankommer, ligesom denne fører ordet under særlige arrangementer. I Japan afholder man for eksempel årlige kulturfester, hvor lokalmiljøet inviteres ind på skolen, hvor alle klasser har taget udgangspunkt i et tema, med hvilket de underholder besøgende. Skolens ledelse samler også jævnligt alle elever i en stor fællessal eller udendørs, når der skal gives fælles beskeder, men ellers findes der også højtalere i de fleste rum på skolen, så det er muligt at tale til alle elever eller kalde på enkelte individer. I fællessalen afholdes ligeledes indskrivningsceremonier og afgangsceremonier. Når der er prøver er det desuden normalt, at resultaterne hænges op på skolen, så alle elever kan se hinandens resultater, hvilket er med til at skabe rivalisering mellem eleverne, eftersom det jo kun er de bedste, der får mulighed for at blive optaget på de mest prestigefyldte skoler. Men dette er dog også grunden til, at mange mister lysten til at studere, fordi de føler, at de er en del af en konkurrence, som de aldrig kommer til at vinde.
Den japanske skoleklokke er de fleste steder melodien "Westminster Chime", som man begyndte at anvende i 1950'erne. Før da brugte man sirener eller klokker a la brandalarmer, men disse mindede mange japanere om luftalarmerne fra Anden Verdenskrig, så derfor blev de lyde afskaffet i skolerne. Fordi der ofte er jordskælv i Japan, så afholdes der desuden katastrofeøvelser på skolerne, hvor eleverne trænes i at reagere korrekt i tilfælde af jordskælv, og grundet deres størrelser så fungerer skoler som regel som evakueringsområder under katastrofer. Ellers er fagene på mange måder de samme, som man kender det i Danmark - dog er engelsk som regel det eneste fremmedsprog, som japanerne lærer, da det kun er obligatorisk med et enkelt fremmedsprog i det japanske skolesystem.
Dette er en oversigt over det japanske skolesystems opbygning:
