Homoseksualitet har historisk set været både anerkendt og udbredt i det japanske samfund - især blandt mænd, fordi hverken buddhismen eller shintoismen betragter det som en synd. Før i tiden var det derfor ikke unormalt, at samuraier og sågar munke påtog sig en lærling, som de endte med at knytte et seksuelt forhold til, idet sex blev anset for at være en legal måde at etablere et tillidsbånd til hinanden på. Denne type forhold var kendt som nanshoku, og ofte var det den yngre part, som var den passive, mens den ældre mand agerede aktiv, så der dermed forefandtes en seksuel magtfordeling baseret på alder. Sådan var det også blandt de prostituerede, idet der også fandtes mandlige prostituerede, der solgte deres krop til kvinder såvel som mænd. Unge kabuki-skuespillere beskæftigede sig eksempel også som prostituerede, og fordi de på scenen påtog sig roller som kvinder, så var det også denne rolle de typisk besad i sengen.
Det var socialt anerkendt for mænd at dyrke sex med andre mænd - også selvom man var gift, for konens primære opgave var at føre slægten videre, og så var det acceptabelt, at man som mand havde elskere ved siden af, og for især samuraiers vedkommende var mænd det, man altid var omgivet af, men homoseksualitet blev også dyrket i de højere kredse, idet visse shoguner havde mandlige bekendtskaber, som de både var forelskede i og dyrkede sex med. Homoseksualitet blev også skildret i erotiske fortællinger såsom i shunga. I slutningen af 1800-tallet begyndte man dog at modernisere det japanske samfund med udgangspunkt i Vestlige værdier, og dette betød, at de kristne dyder ligeledes blev en del af japanernes tankesæt, og således begyndte man gradvist at betragte homoseksualitet som amoralsk. Homoseksualitet blev eksempelvis gjort forbudt i 1872, men loven blev allerede ophævet i 1880. Alligevel blev sex mellem mænd stadig dyrket - især blandt soldater, idet man i militæret levede efter det samuraikodeks, der tillod ældre mænd at danne par med yngre drenge. De antihomoseksuelle værdier endte imidlertid med at få overtaget og blev på den måde en del af japanernes overbevisninger, hvilket den dag i dag stadig præger samfundet.
Selvom det er fuldt ud lovligt at være homoseksuel i Japan, så er der mange der skammer sig over dette eller holder det hemmeligt for deres familie og omgangskreds hele deres liv. Nogle vælger sågar at forblive i skabet, imens de gifter sig med personer af det modsatte køn for at efterleve samfundets normer og slægtens forventninger til dem, så de ender i et ulykkeligt ægteskab med et menneske, de ikke er seksuelt tiltrukket af. Andre er derimod stolte over deres seksualitet og skilter gerne med den uden frygt for at blive set ned på, for der findes også en vis accept af homoseksuelle, men for mange japaneres vedkommende begynder det at komme for tæt på, hvis det er ens familiemedlemmer, der er tale om, da der endnu hersker en konservativ holdning om, at ens børn skal føre slægten videre, og ulempen ved homoseksualitet er, at partnere på naturlig vis ikke kan forplante sig med hinanden. Fremmede har man derimod ikke noget imod, når de lever deres liv, som de vil, for man betragter som udgangspunkt ikke homoseksualitet for at være ulækkert eller syndigt, men derimod en skam grundet den problematik, som det fører med sig i det traditionelle familiemønster.
Over halvdelen af japanerne mener dog, at homoseksuelle er noget, man i samfundet bør anerkende på lige fod med heteroseksuelle, og de seneste år er homoseksualitet da også blevet et langt mindre tabu. Homoseksualitet har længe været repræsenteret i både manga, anime og porno, men i offentligheden er det nu også blevet udbredt med diskoteker og barer, der henvender sig til homoseksuelle, ligesom man er begyndt at holde årlige gay prides - dog mest i storbyerne og særdeleshed Tokyo, hvor Shinjuku fungerer som Japans hovedsæde for homoseksuelle. Dette skyldes dog primært accept af homoseksuelle på borgerniveauet, idet politikere generelt er tilbageholdende med at implementere love, der tilgodeser homoseksuelle og deres rettigheder. Der er for eksempel ingen national lov, der forbyder homofobi (kun i skoler), og så er det heller ikke tilladt for mænd og kvinder at gifte sig med en af samme køn i Japan. I enkelte byer er det dog lovligt at indgå i et registreret partnerskab, men hvis homoseksuelle japanere gifter sig i udlandet, anderkendes ægteskabet ikke af de japanske stat, hvilket vil sige, at homoseksuelle partnere ikke har de samme juridiske rettigheder som heteroseksuelle, hvilket i 2021 førte til en domstoldafgørelse, der slog fast, at denne forskelsbehandling er forfatningsstridig. Året efter blev det i Tokyo muligt for homoseksuelle par at ansøge om et såkaldt partnercertifikat, der giver dem samme rettigheder og muligheder som heteroseksuelle par.
Det er heller ikke tilladt for homoseksuelle par at adoptere i Japan, og emnet har sådan set aldrig været til politisk debat. I 2017 fik to mænd dog lov til at blive plejeforældre som det første homoseksuelle par i Japan, men grundet frygt for stigmatisering turde de ikke stå offentligt frem. Enlige homoseksuelle kan nemt blive plejeforældre, da man ikke er forpligtet til at oplyse sin seksualitet, men så snart to af samme køn ansøger om at blive plejeforældre sammen, så vil myndighederne generelt betragte det for at være skadeligt for barnet, fordi det strider imod den traditionelle familiesammensætning, der altså stadig anses for at være et ideal i det konservative Japan. Apropos adoption, så er dette en udbredt måde blandt homoseksuelle at gøre deres partner til arving, da det i Japan er muligt at adoptere voksne, så længe de er yngre end en selv. Ens partner bliver dermed gjort til ens søn eller datter på papiret og bliver således et nært familiemedlem, og juridisk set bliver man således knyttet sammen på alternativ vis. Trods accepten af homoseksualitet i Japan, foregår der altså alligevel stigmatisering, ligesom homoseksuelle bliver mødt af sociale udfordringer, som begrænser deres muligheder i samfundet.