I Japan er hygiejne i høj grad forbundet med renlighed. Det at have en ren krop har i evigheder været dyrket som en del af ritualer såvel som hverdagen i det japanske samfund, hvor det at gå i bad og vaske hænder altid har været en vanlig skik. Når man besøger hellige steder såsom helligdomme og templer, vasker man eksempelvis hænder, inden man træder ind på den hellige grund, ligesom det også er almindeligt at skylle munden. Dette kan betegnes som rituel renlighed, som er udsprunget fra shintotismen og buddhismen, men det er i bund og grund dette, der har ført til en udbredt opfattelse af, at menneskekroppen er beskidt og derfor skal holdes ren i hverdagen. Dette har japanerne i århundreder gjort ved at gå i bad, hvilket er en integreret del af den japanske kultur, hvor det før i tiden var almindeligt at bade i grupper på badeanstalter eller i varme kilder, hvilket tilmed er en temmelig udbredt fællesaktivitet nu om dage, mens det for mange japanere er rutine af afslutte dagen med et varmt karbad derhjemme - men her anvender husstandens medlemmer dog det samme badevand, så normalt vasker man sig selv, inden man træder ned i karbadet.
I det moderne samfund er der rig mulighed for at vaske hænder på offentlige toiletter, selvom der ikke er sæbe til rådighed alle steder. Japanske toiletter er desuden noget, der også bærer præg af japanernes opfattelse af renlighed, idet disse nu til dags er udstyret med en spulefunktion, så man automatisk kan vaske sig efter sit toiletbesøg i stedet for at skulle tørre sig. I hjemmet er det ovenikøbet normalt, at man på toilettet ifører sig et par sutsko, der kun anvendes på toilettet, mens man benytter et andet par i resten af huset. Dette skyldes, at man smider sine sko i entréen i Japan og går rundt i hjemmet med sutsko, hvilket igen er et fænomen, der kan spores tilbage til rituel renlighed, idet det er tabu at betræde hellige steder med beskidte fødder, så man i gamle dage også var nødt til at vaske dem, når man eksempelvis gik ind i et tempel - mange steder er man stadig nødt til at smide skoene, selvom det at vaske fødder ikke længere er nødvendigt.
Allerede i skolen lærer børn om renlighed som en del af undervisningen, men det er også børnene, der i høj grad står for at holde skolerne rene, så de på den måde lærer at blive vant til rengøring og gøre det til en del af deres hverdag. Dog er det ikke alle, der er lige gode til at opretholde denne vane, når de bliver voksne, så man vil faktisk opleve, at mange japanere i privaten er rodehoveder, som lever under urene forhold, mens man udadtil sørger for at opretholde en renlig facade ved eksempelvis at gå i bad til daglig, barbere sig og altid være nyfriseret. Udenfor vil man også opleve, at folk generelt er gode til at smide ting i skraldespande og holde bybilledet rent - selv efter sportskampe, hvor tilskuere tager sig tid til at rydde op efter sig selv. I det offentlige rum er det også almindeligt at bære mundbind for at gardere sig mod sygdomme eller forhindre at sprede dem videre til andre. Dette er som sådan ikke, fordi japanerne er bange for bakterier, men fordi mange er nødt til at tage på arbejde, selvom de er syge, fordi ens arbejdsplads ikke har betalte sygedage, så mundbind er altså en måde at tage hensyn til andre ved at holde sin smitte for sig selv eller afholde sig fra at blive smittet.
Netop sygdomme har længe været noget, der i japanernes øjne gjorde folk urene, hvilket også inkluderede fysiske skavanker og sågar blod, så kvinder traditionelt set er blevet tillagt negative værdier grundet menstruation og fødsler. Nu til dags oplever mange syge og handikappede stadig, at der bliver set ned på dem, blot fordi de fejler noget, som adskiller dem fra normalen. Det er ikke, fordi de er farlige eller giftige, men fordi man i Japan har en indoktrineret opfattelse af, at folk bliver urene, så snart de fejler noget. Dette er eksempelvis forklaringen på, at der blev taget afstand til ofrene for atombomberne under Anden Verdenskrig, fordi man i høj grad har haft en tro på, at de som mennesker blev urene af den radioaktive stråling, så de af den grund er blevet mødt af fordomme og diskrimination, hvilket en hel del folkegrupper gennem tiden er blevet i Japan.
Dette inkluderer blandt andet indfødte folkefærd og udlændinge, der er blevet betragtet som uciviliserede barbarer og sågar japanere, som har arbejdet med urene hverv såsom død, hvilket igen er noget, der via religion er blevet tillagt en negativ værdi, så befolkningsgrupper i evigheder er blevet udstødt fra samfundet, fordi de ikke har haft nogen status i det. Dette hænger sammen med, at man i Japan har en udbredt overbevisning om, at ens gener eller familieforhold er med til at bestemme ens værd som borger, så man kan nedarve både status og endda skam fra sine forfædre, blot fordi man deler blod eller navn med dem.