Den japanske øgruppe strækker sig fra nord til syd, og Japan er derfor kendetegnet ved at have et meget varieret klima, idet man på de sydlige Okinawa-øer har et subtropisk klima, mens man på den nordlige ø Hokkaido har et subarktisk klima. Generelt kan man sige, at Okinawa-øerne adskiller sig fra resten af Japan, idet vinteren hér er meget mild med temperaturer over 15 grader, mens man i resten af landet oplever de fire årstider og deres effekt på naturen. Men netop fordi der er så stor afstand mellem de sydligste og nordligste egne, så er der også stor forskel på temperaturer samt nedbør på landsplan.
Sommer
Sommeren i Japan er kendetegnet ved at være meget varm og fugtig. I løbet af juli og august er det ikke unormalt, at temperaturen når over 30 grader i store dele af landet, hvilket desuden er den gennemsnitlige sommertemperatur på Okinawa-øerne. August er den varmeste måned i Japan, idet gennemsnitstemperaturen ligger et par grader højere end i juli, som er den næstvarmeste måned. Der er dog køligere mod nord, og derfor er der faktisk mange japanere, der tager på sommerferie til Hokkaido, hvor gennemsnitstemperaturen om sommeren er på cirka 20 grader - mere end 5 grader lavere end i resten af landet, hvor det bliver varmest i byområder grundet den menneskelige aktivitet. I de seneste år har Japan oplevet voldsomme hedebølger, der førte til, at landets nuværende varmerekord er 41,1 grader, hvilket blev målt i både 2018 og 2020. For at køle folk ned er der aircondition i japanske hjem og på offentlige steder, hvor man også opsætter afkølingsmekanismer i form at sprinklersystemer, som kan blæse forstøvet vand. Japan har også en del strande, som folk kan besøge.
Sommeren er desuden perioden, hvor Japan oplever landets årlige regntid, der som regel finder sted i juni og juli, hvor der hvert år opstår lokale oversvømmelser og hundredvis af jordskred på landsplan. Regnen kommer som regel fra sydøst, og derfor er det vådeste sted i Japan øen Yakushima, hvor der hver måned måles 250 millimeter nedbør, hvilket tredobles, når tyfonsæsonen starter i sensommeren. Denne varer normalt kun frem til oktober, og i denne periode rammes Japan i gennemsnit af 11 tyfoner - nogle kraftigere end andre, hvilket nu og da kan føre til voldsomme ødelæggelser samt yderligere oversvømmelser og dertilhørende jordskred. Den værste tyfon, som har ramt Japan i nyere tid, er tyfonen Vera, som krævede over 5000 menneskeliv i 1954.
Efterår
Det japanske efterår er mildt med gennemsnitstemperaturer over 20 grader helt frem til november, hvor temperaturen stadig forholder sig over de 15 grader i dagtimerne i store dele af landet. Dette er blandt andet grunden til, at bladene i Japan skifter farve over en lang periode, før de med tiden falder af, og fordi det er koldere mod nord end i syd, så foregår ændringerne i naturen derfor også gradvist i Japan over lang tid fra nord til syd. Eftersom temperaturen er mildere om efteråret i forhold til om sommeren, så er der faktisk mange japanere, som vælger at tage på ture rundt i landet på denne årstid, fordi det er mere udholdeligt at befinde sig udenfor. Der er eksempelvis mange, som tager rundt for at bestige landets bjerge, ligesom det er populært at vandre på pilgrimsruter i løbet af efteråret.
Men efteråret er jo også tiden, hvor de fleste tyfoner rammer Japan, og særligt i slutningen af september og begyndelsen af oktober, er det almindeligt, at der kommer flere tyfoner efter hinanden. Mens juni er den vådeste måned i Japan, så er september derfor den næstvådeste, og der kan opstå alvorlige oversvømmelser under tyfoner - blandt andet fordi at august er en af de tørreste måneder i Japan.
Vinter
Den japanske vinter er meget alsidig, fordi man har Okinawa-øerne i syd, hvor man ikke ligefrem er mærket af faldende temperaturer, mens man i resten af landet oplever kulde i forskellige formater. I de nordlige egne og langs det japanske hav falder der eksempelvis sne, mens det okhotske hav fryser til is, men i storbyerne er det efterhånden blevet sjældent, at der falder sne, hvilket som regel først sker sent på vinteren, hvor nedkølingen af landet er på sit højeste. Den laveste temperatur, som nogensinde er målt i Japan, var minus 41 grader, hvilket skete på Hokkaido helt tilbage i 1902. Det var desuden i januar, der også er den koldeste måned i Japan, idet gennemsnitstemperaturen er på lige under 10 grader, men på Hokkaido oplever man derimod temperaturer under frysepunktet, hvilket ikke altid sker i de sydlige egne. Temperaturen begynder gradvist at stige i løbet af februar, hvor de japanske blommetræer tilmed begynder at blomstre.
Vinteren i Japan er kendetegnet ved at være tør, idet man oplever meget lidt nedbør. Januar er både den tørreste og mest solrige måned i Japan, samtidig med at det altså er den koldeste. I Japan har man dog ikke radiatorer, så folk får varmen via deres aircondition, mens familier kan forsamle sig om deres kotatsu (et lille bord med indbygget varmelegeme). I denne tid er det også almindeligt, at folk rejser på ferie sydpå, og om vinteren er der derfor mange turister på Okinawa.
Forår
Det japanske forår er kendetegnet ved at være varmt, idet man i april begynder at opleve temperaturer over 20 grader, hvilket bliver gennemsnitstemperaturen i løbet af maj. Generelt er foråret kendt for at være den bedste periode i Japan - ikke kun fordi det er i denne tid, kirsebærblomsterne springer ud, men også fordi det klimamæssigt er en behaglig tid, fordi temperaturen hverken er for høj eller lav. Ydermere falder der ikke lige så meget regn som om sommeren og efteråret, men det japanske forår er alligevel præget af ustabilitet med vejr, som man kender det fra Danmark, hvor solen og regnskyer kan konkurrere om pladsen på himlen. Generelt er der ikke mange naturkatastrofer i Japan i løbet af foråret, hvilket også gør sig gældende for vinteren, fordi det i høj grad er aktiviteten fra den statiske meiyu-front (også kendt som baiu-fronten) over Stillehavet, der er medvirkende til, at Japan hvert år rammes af en regntid og tyfonsæson, når temperaturen og luftfrugtigheden begynder at stige.
Udover kirsebærblomster er der mange andre blomster, som springer ud i denne periode, og præcis som det er tilfældet med træernes farver, så foretager naturen gradvist ændringer henover en længere periode - denne gang fra syd til nord, så man på Hokkaido oplever tegn på forår som de sidste, selvom man også hér oplever de første tegn på efterår.