Kifune-helligdommen ligger i den lille landsby Kibune, der fungerer som en del af afslutningen på den nordlige forgrening af jernbanen fra Kyoto by. Kibune blev grundlagt med etableringen af Kifune-helligdommen, der ifølge legenden blev bygget, efter en gudinde rejste i båd via floderne fra Osaka og stødte på grund, der hvor Kibune i dag ligger. Hvornår Kifune-helligdommen egentlig blev grundlagt er uvist, men den er dog dedikeret til guden for vand og regn, hvilket er grunden til, at man historisk set har foretaget bønner hér, når landet har været ramt af tørkeperioder såvel som oversvømmelser. Ifølge sagnet tog Kejseren til Kifune-helligdommen og ofrede en sort hest, når han bad om regn, og en hvid hest, når han bad om tørt vejr. Med tiden blev hestene erstattet af afbildninger på træ, hvilket efter sigende førte til udviklingen af ema-plader, hvor japanere i dag skriver ønsker ved shinto-helligdomme. Ema betyder derfor "hestebillede".
Kifune-helligdommen er imidlertid mest kendt for sin passage bestående af en lang stentrappe med lanterner på hver side, hvilket har gjort den eftertragtet blandt fotografer, for selve helligdommen er mere simpel i sit design. Denne befinder sig desuden ikke på den originale grund, da den oprindelige helligdom ironisk nok gik tabt under oversvømmelser i 1046, hvorefter man valgte at genopføre den på højere grund. Den oprindelige placering ligger cirka 700 meter derfra og er kendt som Okunomiya.
Selve Kifune-helligdommen ligger 2 kilometer fra Kibuneguchi station, hvorfra der er lidt over en halv time til fods. Der går dog også busser til helligdommen fra stationen, og de kan klare turen på under 10 minutter.