Yonaguni-formationen er navnet på en undersøisk klippeformation, der befinder sig på 26 meters dybde i havet syd for øen Yonaguni, der er en del af Okinawa-øerne. Formationen blev opdaget under en dykkertur i 1986 og har siden ført til debat om, hvorvidt der er tale om en naturskabt eller menneskeskabt formation. Det cirka 150 x 40 x 27 meter store klippestykke er nemlig kendetegnet ved at have meget flade og vinklede formationer, der minder om trapper, gulve og vægge, som kan være blevet udhugget og udglattet af mennesker, og formationen er derfor også kendt som Yonaguni-monumentet, idet man i så fald ikke ved, hvad formålet med strukturen har været. Nogen kalder derfor formationen for et undersøisk pyramide, mens andre mener, at der er tale om en sektion af en by med gader og pladser, så nogen sågar kalder det for Japans Atlantis. Hvorvidt monumentet blev opført, mens klippen befandt sig over eller under vandet er ligeledes omdiskuteret, idet man trods alt ved, at klipperne i sin tid har befundet sig over havets overflade.
Klipperne består imidlertid af sandsten og slamsten, der er kendt for at blive eroderet af naturen, hvorved unaturligt udseende formationer kan dannes gennem tiden, som det ses flere steder langs Yonagunis kyst. Yonaguni befinder sig eksempelvis nær de tektoniske plader, der fører til jordskælv, hvilket kan få klipper til at flække, mens stedet, hvor Yonaguni-formationen befinder sig, er berygtet for sine stærke strømme, der samtidig kan være forklaringen på, at der er opstået "kanaler" i klipperne. Man har dog aldrig fundet endegyldige beviser på, at der skulle være tale om en menneskeskabt formation, og derfor betragtes Yonaguni-formationen som et naturligt område, der ikke er besidder nogen form for kulturel eller historisk værdi. Derfor er stedet også mest eftertragtet blandt dykkere, mens forskere endnu forsøger at løse gåden bag formationerne, som altså har ført til forskellige teorier.