Shimoshima er med sine 574 kvadratkilometer den største ø blandt Amakusa-øerne, der er en del af Kumamoto-præfekturet. Øerne er adskilt fra Kyushu af Yatsushiro-havet, men i dag er der broforbindelse fra Shimoshima til naboøen Kamishima, hvorfra der er broer videre hele vejen til Kyushu. Shimoshima er hjemsted for 87.000 mennesker, hvoraf langt størstedelen af disse bor i den største by kaldet Amakusa. Denne er blandt andet kendt for sine mange kristne indbyggere, idet mange kristne japanere søgte tilflugt på Amakusa-øerne, da kristendommen blev bandlyst i Japan i 1600-tallet.
Avaji ligger i det japanske indlandshav mellem Honshu og Shikoku, og i dag er Avaji forbundet med de to hovedøer via broer – heriblandt det, der engang var verdens længste hængebro. Avaji fungerer derfor som en genvej mellem Honshu og Shikoku, idet der løber en motorvej tværs gennem øen. Avaji har en størrelse på 592 kvadratkilometer og er en del af Hyogo-præfekturet, der i 1995 blev ramt af et voldsomt jordskælv, hvis epicenter befandt sig på øen, som derfor oplevede store ødelæggelser. Der bor næsten 130.000 mennesker på Avaji, der altid har været en del af det japanske territorium, idet øen var blandt de otte øer, der ifølge legenden udgjorde det oprindelige Japan.
Tsushima er en 708 kvadratkilometer stor ø beliggende i det japanske hav, hvor den ligger halvvejs mellem Kyushu og Korea. Øen har derfor historisk været præget af kontakt med det asiatiske fastland og blev blandt andet udgangspunkt for det første store angreb på Japan, da mongolerne invaderede øen i 1274. Tsushima har historisk set altid været en del af Japan, idet øen er blandt de otte øer, der ifølge myten udgjorde det oprindelige Japan, og i dag er Tsushima en del af Nagasaki-præfekturet. På øen bor over 28.000 mennesker, hvoraf størstedelen af disse bor langs kysten, idet Tsushima er en bjergrig ø.
Amami Oshima er med sine 712 kvadratikilometer den største ø blandt Amami-øerne, der oprindeligt var en del af Ryukyu-øerne, som var hjemsted for Ryukyu-folket. Da disse blev invaderet af Japan i slutningen af 1800-tallet, overtog Japan dermed også Ryukyu-øerne, der blev en del af Japans territorium. Amami-øerne er i dag en del af Kagoshima-præfekturet og er kendte for sin unikke natur, idet de er hjemsted for flere arter, som kun eksisterer hér, og derfor er der også flere nationalparker på Amami Oshima, der af samme grund blev optaget på UNESCOs liste oververdensarv i 2021. Størstedelen af Amami-øernes indbyggere bor på Amami Oshima, hvor mere end 70.000 mennesker har hjemme. Majoriteten af disse bor på øens nordøstlige spids.
Sado ligger i det japanske hav og er i dag tilknyttet Niigata-præfekturet. Øen har en størrelse på 855 kvadratkilometer og er kendetegnet ved at have en nordlig og en sydlig bjergkæde med et lavland som midterled, hvor størstedelen af øens mere end 50.000 indbyggere bor. Sado har i nyere tid været kendt for sin minedrift, hvilket satte gang i befolkningsvæksten, men øen har imidlertid også en speciel natur og er derfor hjemsted for flere unikke arter. Man kan også opleve aspekter ved tradionel japansk kultur på Sado, hvilket inkluderer noh-teater, ligesom det er hér den internationalt anerkendte trup Kodo har hjemme og øver sig i at spille på taiko-trommer.
Okinawa er den største ø blandt Okinawa-øerne, som den har lagt navn til. Okinawa var oprindeligt en del af Ryukyu-øerne, der var hjemsted for Ryukyu-folket, men dette blev dog invaderet af Japan, som overtog øerne i slutningen af 1800-tallet. Okinawa er i dag kendetegnet ved at være præget af byområder i de sydlige egne og natuområder i de nordlige. På Okinawa findes unikke dyrearter, hvis eksistens er truet – eksempelvis af de amerikanske militærbaser på øen. Okkupationen af Okinawa fortsatte nemlig frem til 1972, hvor militærbaserne blev en del af samarbejdsaftalen mellem USA og Japan. Okinawa er kendetegnet ved at have et subtropisk klima, hvilket trækker mange japanske og udenlandske turister til øen, der har en størrelse på 1200 kvadratkilometer. Øen er hjemsted for over 1,4 millioner mennesker, og den største by hedder Naha.
Shikoku er med en størrelse på 18.800 kvadratkilometer den mindste af Japans fire hovedøer. Der er flere broforbindelser til Honshu via småøerne i det japanske indlandshav, men også via øen Avaji. Man kan dermed rejse til og fra Honshu i både bil, tog og sågar på cykel, men det er den eneste af Japans hovedøer, som endnu ikke er tilknyttet shinkansen. Shikoku er kendt for sin smukke natur samt en af verdens mest populære pilgrimsruter, der foregår ved at besøge 88 templer rundt omkring på øen, hvor der bor over 3,5 millioner mennesker. Der bor flest mennesker i byen Matsuyama, der er øens største by. Shikoku er opdelt i fire præfekturer, hvilket inkluderer Kagawa-præfekturet, der er Japans mindste.
Kyushu er den sydligste af Japans fire hovedøer, og herfra er der der bro- og tunnel-forbindelse til Honshu via det snævre Kanmon-stræde. Kyushu er den hovedø, der ligger nærmest det asiatiske fastland, og derfor er mange ting introduceret i Japan via Kyushu, hvilket blandt andet også gælder kristendommen, da det var hér, handlen med Europa i sin tid begyndte. Dog menes Kyushu også at være stedet, hvor den japanske kejserslægt havde sin begyndelse, da Kejser Jimmu blev født på Kyushu, efter hans oldefar, Ninigi, ankom til øen fra Himlen. Kyushu har en størrelse på over 36.500 kvadratkilometer og er hjemsted for mere end 12,5 millioner mennesker, hvoraf mange bor i storbyer som Fukuoka, Kitakyushu, Kumamoto, Kagoshima og Nagasaki. Øen er opdelt i syv præfekturer og har desuden nogle af Japans største og mest aktive vulkaner.
Hokkaido er Japans nordligste hovedø, men øen blev imidlertid ikke en del af Japans territorium før 1869, hvor den samtidig fik navnet Hokkaido. Før da var Hokkaido kendt som Ezo og havde været befolket af det indfødte Ainu–folk, før øen blev overtaget af japanerne og dermed gjort til en del af Japans territorium. Hokkaido er officielt det nordligste punkt i Japan, og øen er kendetegnet ved at have et køligere klima end resten af Japan, ligesom dyrelivet hér er unikt. Hokkaido er adskilt fra Honshu af Tsugaru–strædet, men de to øer er dog forbundet via en undersøisk jernbanetunnel. I modsætning til Japans andre hovedøer er Hokkaido ikke opdelt i præfekturer, idet Hokkaido er et præfektur i sig selv og dermed det største i Japan. Hokkaido har en størrelse på over 83.000 kvadratkilometer og er hjemsted for mere end 5 millioner mennesker, hvoraf knap 2 millioner af disse bor i den største by Sapporo.
Honshu er med et areal på 228.000 kvadratkilometer den største af Japans øer og den syvende største ø i verden. Majoriteten af Over 80 % af Japans befolkning bor derfor på Honshu, hvor man finder hovedstaden Tokyo samt kendte byer som Osaka, Kyoto, Hiroshima, Kobe, Nagoya og Yokohama. På Honshu ligger også Japans højeste bjerg, Fuji, samt de japanske alper, hvor mere end 50 af de andre af Japans højeste bjerge befinder sig. Honshu er forbundet med Kyushu og Shikoku med broer og tunneller til biler og tog, mens Honshu er knyttet til Hokkaido med en undersøisk jernbanetunnel. I modsætning til de andre hovedøer er Honshu ikke en selvstændig region, idet øen derimod er opdelt i fem regioner,. der består af 34 af Japans i alt 47 præfekturer.