Kiso er en af i alt 8 indfødte japanske hesteracer. Heste blev bragt til Japan fra det asiatiske fastland for mere end 1000 år siden, og disse blev blandt andet anvendt til markarbejde, transport samt i krig. Ligesom andre japanske hesteracer er kiso-hesten dog en pony, idet de når en højde på omkring 133 centimeter, så i slutningen af 1800-tallet uddøde mange af de indfødte racer, da man begyndte at krydse disse med udenlandske racer for at fremavle højere og stærkere heste. Kiso-racen er opkaldt efter Kiso-dalen i Nagano-præfekturet, hvor det menes, at racen opstod, og denne var ligeledes på nippet til at uddø i midten af 1900-tallet, hvor kun en enkelt fuldblodshingst var tilbage. Dennes søn har været med til at sikre racen via et storstilet avlsprogram, så der nu er omkring 150 eksemplarer af kiso-hesten i Japan.
Selv den dag i dag er Kiso-dalen hjemsted for racen, idet man her sørger for at avle disse på en 50 hektar stor ranch, hvor hestene holder til i et naturligt miljø, ligesom folk kan komme og interagere med dem ved eksempelvis at ride på dem. Ligesom med de fleste andre japanske hesteracer findes kiso-hestene primært i brunlige nuancer.