I Japan har man en unik naturreligion kaldet shintoismen, der er centreret om konceptet om guder kendt som kami, som eksisterer side om side med den jordiske verden i en slags parallel åndeverden, hvor de repræsenterer en slags spirituel energi, der er medvirkende til, at den jordiske verden eksisterer, ligesom guderne kan påvirke den fysiske verden, af hvilken grund det er vigtigt at tilbede og respektere dem for at sikre deres gunst, så de kan belønne mennesker i stedet for at skade dem.

Guderne har dog ikke skabt mennesker, og de har heller ikke skabt universet, som derimod opstod som en kaotisk masse med form som et æg, der i tidernes morgen blot eksisterede i en lydløs intethed. Med tiden opstod der bevægelse og lyde fra denne, hvilket gradvist førte til, at massen blev splittet i to, hvorved man kan sige, at verden opstod, idet den blev opdelt i himlen og jorden, samtidig med at lyset blev skabt under adskillelsen af disse to modsætninger, der kan symboliseres som yin og yang: den lette himmel som yang, og den tunge jord som yin. Den japanske skabelsesmyte er kendt som Tenchi-kaibyaku, hvilket direkte oversat betyder "skabelsen af Jorden og Himlen".

Himlen blev kendt som Takamagahara, hvor en lille plante groede frem, og fra denne sprang de første tre guder kaldet Amenominakanushi, Takamimusubi og Kamimusubi efterfulgt af Umashi-ashi-kabi-hikoji og Ame-no-toko-tachi. Disse er tilsammen kendt som Kotoamatsukami og opstod altså af sig selv, hvorefter de tilsyneladende valgte at gå i skjul og leve en solitær tilværelse, før de blev efterfulgt af en ny generation af guder kendt som Kamiyonanayo, hvoraf de første to kaldet Kuni-no-Tokotachi og Toyo-kumono ligeledes opstod af sig selv og også valgte at gå i skjul. Umiddelbart efter fulgte 10 nye guder fordelt på fem par bestående af en mandlig og en kvindelig gud, hvorimod kønnet ikke er blevet defineret hos de syv forrige guder. Det karakteristiske ved disse par var, at de ikke blot var mand og kone, men også bror og søster. 

Blandt de første guder i Takamagahara, var blandt andet søskendeparret Izanagi og Izanami, der fik til opgave at gøre den ustadige jord fast, så denne kunne betrædes. Fra Himlen begav de sig derfor ned på Jorden via en bro kaldet Ame-no-ukihashi, hvorfra Izanagi stak sit spyd kendt som Ame-no-nuhoko ned i det mørke vand, hvilket skabte en ø kendt som Onogoroshima, da han løftede klingen op, så dråberne, der ramte vandoverfladen, formede det første stykke land på Jorden, hvor de to guder kravlede ned for at bosætte sig. Da Izanagi og Izanami indså, at de var i besiddelse af kønsorganer, som kunne forenes, eftersom Izanagi var en mand og derfor havde en kropsdel, der stak ud, på samme sted, hvor Izanami som kvinde derimod havde en fordybning, opstod befrugtning som en ny skabelsesproces, da de besluttede sig for at forplante sig.

På Onogoroshima opførte de derfor himmelsøjlen Ame-no-Mihashira, så de kunne foretage en "parringsdans", hvor de gik i hver sin retning rundt om søjlen, og når de mødtes ville de lade som om, at de ikke kendte hinanden og dermed lægge op til et romantisk sammentræf. Det var dog søsteren Izanami, der tog det første skridt og førte ordet, hvilket Izanagi ikke syntes var underligt, så de to fik ordnet det, de skulle, og inden længe kom små gudebørn til verden. Til deres forældres store forargelse viste det sig dog, at børnene var deforme, så de blev ikke betragtet for at være guder og blev derfor sendt ud på havet i en båd, hvorved fysiske skavanker blev tillagt negativ betydning. Blandt børnene var dog Hiruko, der formåede at overleve, idet han drev i land, så han blev senere til guden Ebisu, som blandt andet er guden for held. 

I fortvivlelse over at have fremavlet ufuldkomne børn valgte Izanagi og Izanami at konsultere de andre guder, som kunne berette, at det var dem, der havde forbandet børnene, fordi deres forhold var urent, eftersom det er mandens opgave at føre ordet, før et rent bånd mellem to parter kan blive dannet, og derfor fuldførte søskendeparret endnu en tur rundt om himmelsøjlen, hvor Izanagi denne gang sørgede for at tale først, da han mødte Izanami. Denne handling resulterede i skabelsen af otte andre øer kendt som Oyashima, hvilket i dag er flere af de japanske øer - nærmere bestemt hovedøerne Honshu, Kyushu, Shikoku, samt øerne Avaji, Sado, Tsushima, Oki og Iki, der engang var hele Japan og dermed også den jordiske verden. En række mindre småøer kom til, ligesom Izanagi og Izanami fik skabt utallige guder, som slog sig ned i både Himlen og på Jorden, så der således opstod to kategorier af guder: de himmelske guder (amatsukami) og de jordiske guder (kunitsukami). Den aktive skabelse af guderne er i shintoismen kendt som kamiumi, mens skabelsen af den jordiske verden er kendt som kuniumi, hvilket sådan set er skabelsen af Japan, som derfor længe blev betragtet for at være skabt af guderne, mens der ikke er nogen forklaring på, hvordan andre lande blev til, fordi man i sin tid ikke havde kendskab til andre.

Izanagi og Izanami stod bag skabelsen af mange guder, som kunne befolke Jorden, så denne gradvist begyndte at antage form og blive beboelig. Izanami døde imidlertid under fødslen af ildguden Kagutsuchi, som endte med at brænde hende ihjel, da han kom til verden. Izanagi valgte derfor at dræbe Kagutsuchi ved at skære ham i otte dele, hvorved han blev til otte vulkaner, som derfor blev en del af det japanske landskab, da de blev spredt rundt i dette. Ydermere opstod der flere guder fra Kagutsuchis lig, og inden hun døde, nåede Izanami desuden at skabe flere andre guder gennem sine kropsvæsker, hvoraf den ene af disse var guden for vand, Mizuhanome, der blev skabt som en kontrast til Kagutsuchi, hvilket er grunden til, at vand kan overvinde ild.

Med Izanamis død nåede skabelsen af den jordiske verden til en ende, men en ny kom imidlertid til - nemlig det underjordiske dødsrige Yomi, hvor Izanami faldt hen. Izanagi fulgte dog efter hende, og da han fandt frem til Izanami i den mørke grotte, bad han hende om at vende tilbage, men hun havde allerede spist noget af maden i Yomi og kunne derfor ikke forlade stedet. Izanagi nægtede imidlertid at efterlade hende, men da han antændte en flamme for at kunne se på hende, viste det sig, at Izanami var gået i forrådnelse, hvilket fik Izanagi til skrigende at storme væk fra dødsriget, som han valgte at barrikadere med en sten, så de døde aldrig kunne vende tilbage til livet. Dette fik den fortvivlede Izanami til at skælde ham ud med trusler om, at hun hver dag ville dræbe 1000 af hans folk, hvortil Izanagi svarede, at han i så fald ville sørge for at skabe 5000 nye hver dag. Og således blev Izanami til de dødes gud, der bragte livets cyklus til den jordiske verden, da denne med tiden blev befolket af både mennesker og dyr, som naturligt opstod i den, efterhånden som den blev beboelig.

Efter at have forladt den beskidte underverden vaskede Izanagi sig selv, hvorved han skabte 26 guder, heriblandt solguden Amaterasu, måneguden Tsukuyomi, og hav- og stormguden Susanoo, der alle blev til fra vandet, der løb ud fra hans øjne og næse, og renlighed blev således et helligt ritual og en af shintoismens dyder. Mens Susanoo fik til opgave at vogte havet, blev Amaterasu og Tsukuyomi begge sat til at vogte himlen som mand og kone. Tsukuyomi endte dog med at dræbe guden for fødevarer, Uke Mochi, og dette forargede Amaterasu, der valgte at lade sig skille fra Tsukuyomi, hvorved de to blev separeret, og dag og nat blev skabt. Mens Amaterasu vogtede over himlen om dagen, så tog Tsukuyomi over om natten. Fra Uke Mochis lig flød desuden forskellige typer af fødevarer - heriblandt landbrugsdyr, men også de fem elementer, der kom til at udgøre fundamentet for det japanske landbrug, nemlig ris, hvede, røde bønner, hirse og sojabønner, som blev spredt på Jorden, hvorved dyrkelse og høst af disse blev muligt.

Havguden Susanoo var imidlertid misundelig på Amaterasu, og efter at have tabt en duel til hende valgte han at gå amok og rasere Himlen og Jorden i vrede, hvorved han også blev guden for stormvejr. Ødelæggelserne chokerede Amaterasu i en sådan grad, at hun valgte at gemme sig i en grotte kaldet Ama-no-Iwato, således at lyset i verden forsvandt. Hundredvis af guder forsamlede sig derfor uden for grotten, hvor de på desperat vis forsøgte at overtale Amaterasu til at komme ud. De holdt sågar en kæmpe fest for på den måde at lokke hende frem med lyden af morskab og latter, men det var først, da guden for daggry, Ame-no-Uzume, begyndte at danse, at Amaterasu besluttede sig for at kigge ud. Ame-no-Uzume havde imidlertid hængt et bronzespejl og et jadesmykke ved indgangen til grotten, så hér blev Amaterasu blændet af sin egen refleksion, hvilket fangede hendes opmærksomhed længe nok til, at de andre guder kunne nå at spærre grotten af og på den måde forhindre Amaterasu i at søge tilbage til den. Hun blev herefter overtalt til at vende tilbage til himlen og atter sætte lys i verden, mens Susanoo derimod blev forvist fra himlen, men han sluttede imidlertid fred med Amaterasu ved at overdrage hende et sværd, som han havde fundet i halen på den ottehovedet drage Yamata no Orochi efter at have nedlagt denne.

På Jorden fandt Susanoo sammen med flere gudinder og skabte sammen med dem andre guder - og det siges, at han sammen med sine børn stod bag udbredelsen af træer, så han altså i høj grad var medvirkende til at gøre den jordiske verden mere frodig, idet denne var en ødemark kendt som Ashihara no Nakatsukuni, hvor guderne levede blandt mennesker og dyr. Med tiden valgte Susanoo så at slå sig ned i underverdenen kendt som Ne-no-kuni, hvorefter den jordiske verden blev overtaget af de jordiske guder, og blandt disse var Onamuji, der var lakaj for sine ældre brødre, da de en dag rejste fra deres hjemegn i Izumo for at gøre kur til Prinsesse Yagahime i Inaba. På vejen stødte de dog ind i en såret hvid hare, som fik at vide, at den skulle bade i saltvand af Onamujis brødre, men dette forværrede blot harens smerter, indtil Onamuji bad den om at bade i ferskvand. Haren belønnede da Onamuji for hans barmhjertighed ved at forudsige, at Prinsesse Yagahime ville gifte sig med ham, hvilket hun så sandelig valgte at gøre. Dette førte til, at hans ældre brødre valgte at dræbe Onamuji i vrede, men han blev gang på gang genoplivet af deres mor, som til sidst bad Onamuji om at flygte fra Izumo.

Onamuji rejste herefter til Ne-no-Kuni, hvor han forelskede sig i Susanoos datter, Suseribime, og Susanoo valgte da at udsætte ham for fire prøvelser. Først blev Onamuji lagt til at sove i et rum fyldt med slanger, hvilket han klarede, fordi at Suseribime gav ham et magisk klæde, som beskyttede ham. Den efterfølgende nat skulle han så overnatte i et rum fyldt med bier og tusindben, hvor klædet igen holdt ham beskyttet. Den tredje prøve bestod i, at Onamuji blev bedt om at hente en pil, som Susanoo skød ud på en mark, men imens han ledte efter pilen, valgte Susanoo at sætte ild til marken, hvilket Onamuji overlevede, da en mus ledte ham i sikkerhed i en hule. Onamuji bragte herefter pilen tilbage til Susanoo, der gav ham en sidste prøvelse, da Onamuji blev bedt om at fjerne lus fra hans hår. Men da han gik i gang, opdagede han dog, at det i virkeligheden var giftige tusindben.

Suseribime kom da igen til undsætning, idet han gav Onamuji nogle bær og rødt ler, som hun bad ham tygge på, så Susanoo dermed troede, at det var de giftige tusindben han indtog. Det var dog så behageligt at få renset håret, at Susanoo faldt i søvn, og Onamuji så da sit snit til at flygte fra Ne-no-Kuni med Suseribime, selvom Susanoo ellers vågnede op og forsøgte at standse dem. Da de nåede udgangen, valgte han i stedet at overdrage sine våben til Onamuji med beskeden om, at han skulle anvende dem til at besejre sine brødre, hvilket Onamuji valgte at gøre, da han sammen med Suseribime vendte tilbage til Izumo, hvorved han blev leder af Ashihara no Nakatsukuni. Onamuji skiftede i den forbindelse navn til Okuninushi, og han stod herefter bag opførelsen af et jordisk rige, som var befolket af guder, mennesker og dyr.

De himmelske guder valgte på et tidspunkt at overtage Jorden fra de jordiske guder for at skabe orden på denne, hvilket skete ved at udfordre Okuninushi, der dog valgte at overgive sig, da hans sønner blev overmandet af guden Takemikazuchi. Okuninushi trak sig herefter tilbage i en hinsides verden, hvorefter de himmelske guder overtog Jorden, hvilket helt nøjagtigt blev gjort ved, at solguden Amaterasu sendte sit barnebarn Ninigi ned for at regere over denne, hvilket foregik via broen Ame-no-ukihashi, så han ankom til det, der i dag er Miyazaki-præfekturet på Kyushu, hvor han slog sig ned ved at opføre et palads. Processen, hvor de jordiske guder blev overvundet af de himmelske guder, som herefter fik kontrol over Jorden, kaldes for Kuni-yuzuri og er et skelsættende øjeblik i japansk mytologi, idet Jorden var synonym for de japanske øer, som derfor ikke blot var skabt af guderne - en repræsentant for de himmelske guder valgte også at slå sig ned i Japan, så man hér havde en direkte forbindelse til den vigtigste af dem alle i form af solguden.

Ninigi fik overdraget et spejl, et jadesmykke og et sværd fra Amaterasu, som han bragte med sig til Jorden, hvor disse tre objekter siden da har været kendt som de tre royale skatte, som symboliserer kejserslægtens guddommelige status, idet denne er efterkommer af Ninigi og dermed også Amaterasu. På Jorden valgte Ninigi nemlig at gifte sig, så da han mødte guden Oyamatsumi, blev han præsenteret for hans to døtre, Sakuyahime og Iwanagahime, hvoraf Ninigi besluttede sig for at gifte sig med Sakuyahime, fordi han mente, at Iwanagahime var for grim. For dette blev han forbandet, idet han og hans efterkommere blev gjort dødelige, så de hermed var dømt til at leve blandt mennesker, som den guddommelige slægt derfor begyndte at gøre, hvilket ville blive begyndelsen på menneskehedens tidsalder, da Ninigis oldebarn, Jimmu, blev Japans første kejser.

Blandt Ninigis børn var Hoori, der valgte at gifte sig med Toyotama-hime, som var datter af havguden Watatsumi, der i virkeligheden var en drage. Da Toyotama-hime blev gravid og skulle til at føde parrets barn, blev Hoori derfor overrasket over at se, at hun ændrede form til et reprilagtigt væsen, hvilket gjorde Toyotama-hime så forlegen, at hun besluttede sig for at vende tilbage til sin fars undersøiske rige og dermed forlade sin mand og nyfødte søn ved navn Ugayafukiaezu. Hun sendte i stedet sin søster Tamayori-hime til overfladen, så hun kunne stå for pasningen og opdragelsen af Ugayafukiaezu, der som voksen valgte at gifte sig med sin tante, hvorefter de to fik fire sønner kaldet Hikoitsuse, Inai, Mikeirinu, og Hikohohodemi. 

Hikoitsuse og Hikohohodemi havde et håb om at bringe orden i det jordiske rige ved at forene de mange krigende menneskestammer, så de valgte at forlade Kyushu og begive sig mod Yamato i nutidens Kansai-region, så de kunne anlægge en central base. På vejen mistede Hikoitsuse dog livet, da han blev overvundet i kamp, så det var derfor den yngste søn, Hikohohodemi, som ankom til Yamato, hvor han blev guidet af solens stråler og en trebenet krage kaldet Yatagarasu, som var blevet sendt af Amaterasu. Hér havde han held med at overvinde de lokale klaner og samle dem under ham som leder, hvorved han etablerede en magtmase i Yamato, hvilket blev begyndelsen på den japanske kejserlægt, idet Hikohohodemi blev udnævnt til den første kejser, hvis guddommelige status blev anerkendt af hans underståtter. Han besteg officielt tronen den 11. februar i år 660 før vores tidsregning, og den 11. februar kaldes derfor for national grundlæggelsesdag i Japan, der af samme grund anses for at være verdens ældste monarki, selvom dets grundlæggelse er anderkendt som en myte. Hikohohodemi regerede nemlig i 75 år, før han døde i en alder af mere 100 år, hvorefter han blev kendt under navnet Jimmu.

Hans efterkommere sørgede for at udbrede det, der senere blev kendt som Yamato-dynastiet, så Japan med tiden blev samlet under et enkelt kejserrige, efterhånden som indfødte folkefærd og modstridende klaner blev overvundet eller udryddet, og det har endda været muligt at bevare kejeserslægten i en ubrudt linje frem til i dag. Som efterkommer af de himmelske guder havde den japanske kejser derfor også status som værende guddommelig helt frem til afslutningen på Anden Verdenskrig, hvor den daværende Kejser Showa blev anmodet om at frasige sig denne, idet hans status i høj grad var medvirkende til, at det japanske folk betragtede både sig selv og nationen for at være overlegen i forhold til andre folkefærd, som man derfor forsøgte at bekæmpe og få til at underkaste sig - præcis som Jimmu i sin tid havde gjort i forsøget på at skabe et samlet Japan. 

De mytiske forestillinger var også medvirkende til, at shintoismen blev afskaffet som statsreligion efter Anden Verdenskrig, da der blev indført religionsfrihed i Japan, hvor shinotismen ikke desto mindre stadig udgør et kulturelt fundament, som har været med til at forme japanernes virkelighedsopfattelse, verdenssyn og moral. Man besidder eksempelvis stadig en respekt for naturen og dens guder, som kan dyrkes ved helligdomme dedikeret til disse, ligesom mange fortsat er af den opfattelse, at Japan er gudernes land, og at Kejseren endnu er guddommelig. Gudernes tidsalder ophørte imidlertid, da Jimmu opnåede at blive Japans første kejser, hvorved menneskehedens tidsalder tog sin begyndelse, som om at dette var formålet med de himmelske gudernes overtagelse af Jorden, idet man formåede at forene mennesker under et fælles styre i form af kejserriget. Siden da har guderne eksisteret adskilt fra menneskerne, og de har derfor ikke spillet nogen rolle i de japanske historiebøger, som derimod har handlet om mennesker og deres bedrifter med kejserslægten som det nationale fundament.