Kyoto er hovedstad i Kyoto-præfekturet og var fra 794 til 1868 også Japans hovedstad, indtil Kejserfamilien flyttede til Tokyo. I Kyoto finder man blandt andet det gamle kejserpalads, der under byens grundlæggelse fungerede som dennes arkitektoniske centrum, da man designede byen med udgangspunkt i den daværende kinesiske hovedstad Chang'an. Byen bærer stadig præg af dette design den dag i dag, hvilket blandt andet ses i de symetriske gader. Hovedparten af Kyoto består af moderne bygninger, men her er endnu ikke et væld af skyskrabere som i andre japanske storbyer, da der er en lov, der sætter en grænse for højden på bygningerne i byen. Dog finder man i Kyoto en koncentration af traditionelle bygninger, idet byen ikke blev udsat for store bombetogter under Anden Verdenskrig. Det betyder, at her ikke blot er ældgamle gader, men samtidig et utal af helligdomme og templer i alle egne af byen, hvilke er populære turistattraktioner for både japanere og udlændinge. Kyoto er blandt andet forbundet med Tokyo og Osaka med shinkansen, og byens station er en af Japans største bygninger. Officielt set er Kyoto by opdelt i 11 distrikter, men for at gøre det mere overskueligt, er Kyoto her på siden blevet opdelt i henholdsvis centrum, vest, nord, øst og syd.
