Japan er et naturrigt land med mange forskellige dyr, og da der er tale om et ørige, så er Japan også omgivet af hav, hvor der eksisterer mange arter. Netop det, at Japan er en øgruppe, har ført til udviklingen af dyr, der er unikke for Japan, men Japan er samtidig et af de lande, hvor der lever flest mennesker, og udbredelsen af det menneskelige samfund har med tiden resulteret i udryddelse af arter, mens andre i dag er truet. På denne side er samlet en oversigt over dyr i Japan eller med en særlig tilknytning til landet. Dyr, som er markeret med et kryds, er registreret som værende uddøde.