Biwa-søen er med sine 670 kvadratkilometer og en omkreds på 235 kilometer Japans absolut største sø, idet den er mere end fem gange større end landets næststørste sø. Flere store floder udspringer fra Biwa, men vandet løber kun fra søen i en enkelt af disse, hvilket drejer sig om Seta-floden, der blandt ander løber til Kyoto og Osaka, hvor man gennem historien har forsynet sig med ferskvand fra Biwa-søen, der selv nu om dage bidrager med vand til millioner af mennesker samt industri. Gennem tiden har søen da også tiltrukket mennesker i en sådan grad, at stort set hele søen nu om dage er omkranset af bymiljøer samt jernbanelinjer, så den altså generelt ikke længere er præget af naturlige omgivelser. Søen er imidlertid populær blandt fiskere, sejlere og turister, og man kan endda krydse den med båd, ellers er der også en bro på det punkt, hvor den er smallest. Der er også sandstrande langs Biwa, hvor der er tilladt at bade. Til trods for at Shiga-præfekturet er et af de få præfekturer uden en kyststrækning, så oplever man årligt flere drukneulykker end landsgennemsnittet netop på grund af Biwa-søen.
Biwa-søen ligger centralt i Shiga-præfekturet og udgør 1/6 af præfekturets samlede areal, hvorved den naturligvis både er et vartegn og symbol for præfekturet. Søen er så stor, at man kun fra luften kan danne sig et overblik over dens størrelse og form, der desuden har lagt navn til søen, idet den er opkaldt efter strenginstrumentet biwa. Fra de omkringliggende bjerge kan man ikke desto mindre betragte søen, der desuden er blandt de ældste i verden, idet den blev formet for over 4 millioner år siden. Søen er dermed også et vigtigt økosystem med flere end 1000 arter, og den er særlig vigtig for vandfugle. Blandt de fisk, der lever i Biwa-søen, finder man blandt andet arter, som kun findes hér, men biodiversiteten er desværre truet af fremmede fiskearter, som i nyere tid er blevet introduceret af mennesker.