Den 10. januar 2001 sejlede fiskerbåden Ehime Maru fra havnen i Uwajima med 35 personer ombord i skikkelse af 20 besætningsmedlemmer, 13 elever og 2 lærere. Båden var nemlig tilknyttet fiskeriuddannelsen i Uwajima og blev således anvendt til at uddanne unge fiskere, hvilket altså indebar en længere tur til søs, hvor eleverne kunne lære faget i praksis. Turen med Ehime Maru skulle efter planen vare i 72 dage, hvor båden blandt andet skulle forbi Hawaii, hvor man ankom og lagde til kaj i havnen i Honolulu den 8. februar. Men desværre ville Ehime Maru aldrig vende tilbage til Japan, idet båden allerede dagen efter gik ned som følge af en tragisk ulykke.
Den 9. februar blev den amerikanske atomubåd USS Greeneville nemlig sendt i vandet fra Pearl Habor i forbindelse med en demonstration, hvor civile blev inviteret ombord for at overvære og tage del i en imiteret træningsmission. Det drejede sig primært om indflydelsesrige forretningsfolk, der var på Hawaii for at føre støttekampagner til istandsættelsen af krigsskibet USS Missouri, og til gengæld fik de altså lov at komme med ombord på USS Greeneville, så de dermed kunne få en unik oplevelse.
Men denne endte desværre i en tragedie, for mens USS Greeneville sejlede rundt i farvandet omkring Hawaii, så begav Ehime Maru sig ligeledes til søs, hvor de to fartøjer simpelthen endte med at kollidere, da USS Greeneville på et tidspunkt skød op til havoverfladen, hvor ubåden uheldigvis ramlede sammen med Ehime Maru, som dermed begyndte at synke 17 kilometer fra kysten. Kollisionen skete så pludseligt, at de ombordværende på Ehime Maru knap nok kunne nå at reagere, før fiskerbåden gik ned, idet den forliste i løbet af blot fem minutter, så 35 personer endte i vandet midt ude på det åbne hav, hvor de måtte klamre sig til de oppustelige redningsbåde, der automatisk blev aktiveret.
På grund at stærk vind gjorde de høje bølger det umuligt at åbne lugen på USS Greeneville, hvor man i stedet sendte et SOS til kystvagten, som hurtigt kom til undsætning. Efter mere end en halv time blev de første overlevende dermed reddet i sikkerhed, men det var desværre kun muligt at lokalisere 26 personer, idet de to lærere, fire elever og tre besætningsmedlemmer forsvandt i forbindelse med forliset. Og da det ikke var muligt at finde frem til nogen af dem, konkluderede man, at de måtte have befundet sig inde i båden og derfor var omkommet. Dette blev bekræftet senere på året, hvor dykkere fandt otte lig ombord på skibsvraget, før hævningen af dette, mens man aldrig har fundet frem til det niende offer.
Efter ulykken blev det afsløret, at USS Greeneville havde foretaget drastiske manøvrer for at underholde de ombordværende forretningsfolk, der tilmed fik lov at kontrollere ubåden. Det kom dermed også frem, at de officielle standardprocedurer ikke var blevet fulgt, men da der var tale om en ubåd tilknyttet den amerikanske flåde, så endte sagen også ved en militærdomstol, hvor man holdt kaptajnen ansvarlig for ulykken, idet han blev dømt for pligtforsømmelse. Dette førte dog kun til en økonomisk sanktion og en reprimande, hvilket skabte røre i Japan - særligt blandt ofrene og de efterladte, selvom de modtog en samlet erstatning på knap 14 millioner dollars. At ni japanere mistede livet i en ulykke, som ikke fik konsekvenser for de skyldige parter, resulterede om ikke andet i spændinger i forholdet mellem Japan og USA.