Benesse House Museum er et museum beliggende på øen Naoshima, og dette var faktisk begyndelsen på det kunstprojekt, der havde til formål at omdanne Naoshima til en kulturel perle, da Benesse House Museum åbnede som det første museum på øen i 1992. Selve Benesse House er dog nu om dage et kompleks bestående af fire separate bygninger med et inkorporeret hotel, hvor det er muligt for besøgende at overnatte med fri adgang til udstillingen under deres ophold. Omkring hotellet er ligeledes opstillet mange skulpturer og udendørs kunstinstallationer, som alle har fri adgang til, mens man derimod skal købet billet for at få adgang til museet, hvis udstillinger primært består af moderne kunst af japanske såvel som udenlandske kunstnere. Benesse House huser også en restaurant, café og tilmed et spaområde. Komplekset er designet af Tadao Ando, og formålet med Benesse House er ligesom Naoshima i sig selv at kombinere kunsten med naturen, hvilket gøres med arkitekturen som bindeled.
Benesse House er et stop på en gratis busrute fra øens sydlige del, hvor man kan komme til med lokalbus fra Naoshimas to havne. Alternativt kan man gå til museet fra Miyayonura Havn, hvilket er en tur på 3 kilometer.