Jernebanemuseet i Kyoto åbnede i 2016 og er et af Japans tre største jernbanemuseer. Museet er på tre etager og har et areal på 30.000 kvadratmeter, hvor man som besøgende kan se mere end 50 tog, der er blevet taget ud af service, og man kan således iagttage udviklingen inden for togdrift i Japan lige fra de gamle lokomotiver til de højteknologiske shinkansen. Jernbanemuseet i Kyoto har for eksempel den største samling damplokomotiver i Japan, idet der før dets åbning var tale om et mindre damplokomotiv-museum.
Det er dog ikke kun rigtige tog, som museet har at byde på, for her finder man også en af Japans største modeljernbaner med menneskestyrede miniaturetog, og så har gæster også mulighed for selv at prøve, hvordan det er at være tog- eller lokofører. Her er desuden også en restaurant og en observatorium, hvor man kan se shinkansen køre lige forbi, idet museet kun ligger 20 minutters gang fra Kyoto station.
Den gamle bygning, der før i tiden udgjorde Nijo station i Kyoto står i dag ved jernbanemuseets udgang, og eftersom denne blev bygget i 1904 er der tale om Japans ældste tilbageværende stationsbygning.