Ginzan Onsen er en af Japans mest visuelt ikoniske onsen-destinationer og er især kendt for sin historiske bymidte med traditionelle træryokan langs en smal flod, der er et betagende syn året rundt, men stedet er især populært om vinteren, hvor sneen kombineret med de oplyste træbygninger skaber et af de mest fotograferede onsen-scenerier i Japan. Byen befinder sig i et område med varme kilder, som bruges i små, traditionelle badehuse, hvor fokus er på en rolig og autentisk oplevelse frem for store moderne faciliteter. Ginzan Onsen er
Hakone er en af Japans mest populære onsen-destinationer, hvilket først og fremmest skyldes, at byen ligger tæt på Tokyo, så det er nemt at komme dertil fra hovedstadsområdet. Byens varme kilder er et resultat af den vulkanske aktivitet fra Hakone-bjerget, så der findes både udendørs kilder samt indendørs badeanstalter og hoteller med private faciliteter, hvor man kan bade i det naturligt opvarmede vand, som er rigt på mineraler. Hakone er et populært sted at nyde synet af Fuji-bjerget, hvilket man derfor også kan gøre fra flere af de hoteller, som tilbyder varmekildebade, så man kan nyde en tur i disse i unikke omgivelser.
Noboribetsu Onsen ligger på Hokkaido i et område præget af vulkansk aktivitet. Byen er især kendt for Jigokudani (Helvedesdalen), hvor damp, kogende mudder og svovlholdige dampe stiger op fra jorden og tydeligt viser, at de varme kilder er skabt af underjordisk vulkansk varme. Vandet er ikke lige så varmt i byens varme kilder, der både findes udendørs og i de mange ryokans, som det er muligt at overnatte på, hvor man kan opleve forskellige typer varme kilder i naturskønne omgivelser – ofte omgivet af skov og bjerge, hvilket giver en både rå og afslappende onsen-oplevelse.
Gero Onsen ligger i en dal omgivet af bjerge i Gifu-regionen, hvilket giver en rolig og naturskøn atmosfære, hvor fokus er på afslapning og traditionel ryokan-oplevelse. Vandet i byens varme kilder er kendt for at være blødt og hudvenligt, hvilket har givet byen ry for at have særligt behagelige badeoplevelser, og den bliver da også ofte nævnt blandt Japans tre bedste onsen-destinationer. Derudover er byen kendt for sine offentlige udendørskilder og muligheden for at gå rundt i yukata og besøge flere badehuse i samme område, hvilket giver en klassisk onsen-stemning.
Arima Onsen er en af Japans ældste og mest historisk betydningsfulde onsen-byer. Denne ligger i bjergene tæt på Kobe, hvilket gør den let tilgængelig fra større byer som Osaka, og den er derfor populær blandt storbyens indbyggere. Arima Onsen er især kendt for sine to typer kildevand, “kinsen” (gyldent vand) og “ginsen” (sølvvand), som adskiller sig i både farve og mineralindhold og giver forskellige badeoplevelser. Arima har en klassisk atmosfære med smalle gader, traditionelle ryokan og udendørs kilder, som det også er muligt at gøre brug af.
Kinosaki Onsen er en af Japans mest stemningsfulde onsen-byer og er kendt for sin velbevarede, traditionelle atmosfære. Byen er opbygget omkring en kanal med piletræer, hvor besøgende går rundt i yukata og besøger de forskellige offentlige bade til fods. I stedet for at blive på ét hotel er det netop meningen, at man bevæger sig mellem byens flere badehuse, hvilket giver en særlig oplevelse af variation og fællesskab. Kinosaki Onsen er derfor blevet kendt som en decideret onsen-by, hvor de varme kilder er en del af byens historie og kultur.
Yufuin er kendt for sin rolige og afslappede atmosfære, idet byen ligger i naturskønne omgivelser ved foden af Yufu-bjerget, hvis vulkanske aktivitet er medvirkende til, at området er blevet kendt for sine varme kilder. Disse findes primært som bade i mindre ryokan og hoteller, hvor fokus er på privatliv og en intim stemning frem for store badeanlæg. Badene findes både indendørs og udendørs, hvor man kan være heldig at være omgivet af naturskønne udsigter, så man kan slappe af i både krop og sind, mens man nyder synet af omgivelserne og følelsen af det varme vand.
I Beppu finder man af de største koncentrationer af varme kilder i Japan. Byen er især berømt for sine mange forskellige typer bade – herunder traditionelle varme kilder, mudderbade og sandbade, hvor man bliver begravet i varmt sand opvarmet af geotermisk aktivitet. Beppu er også kendt for sine helvedeskilder, som er spektakulære varme kilder med kogende vand og farverige mineralaflejringer, der primært fungerer som seværdigheder. Kombinationen af variation, tilgængelighed og de mange unikke badeformer gør byen til en alsidig og oplevelsesrig onsen-destination.
Matsuyama på Shikoku er blandt andet kendt for Dogo Onsen, som er en af Japans ældste og mest historisk betydningsfulde varme kilder. Området er særligt kendt for Dogo Onsen Honkan, som er et ikonisk badehus i træ, som har været i brug i over 1.000 år og ofte forbindes med klassisk japansk badekultur. Herudover findes der dog også andre badeanstalter og ryokans, hvor man kan få en privat badeoplevelse i traditionelle rammer præget af en autentisk japansk atmosfære, hvor fokus ikke kun er på selve badene, men også på oplevelsen af tradition, arkitektur og historie.
Kusatsu Onsen er en af Japans mest berømte onsen-byer og er særligt kendt for sit meget mineralrige og naturligt varme kildevand, som regnes blandt landets bedste. Byens centrum er bygget op omkring Yubatake, hvor det varme vand strømmer frem og afkøles, hvilket skaber et karakteristisk syn med damp og trærender fyldt med varmt kildevand. Kusatsu ligger i et bjergrigt område, hvilket giver en autentisk og traditionel atmosfære, hvor fokus i høj grad er på selve badeoplevelsen. Derudover er byen kendt for sin særlige kølemetode, yumomi, hvor vandet manuelt nedkøles ved at blive rørt rundt, hvilket i dag også fungerer som en kulturel oplevelse for besøgende.