Izu Oshima er den største ø blandt Izu-øerne, som er en gruppe af vulkanøer, der befinder sig syd for Kanto-regionen. Der er både en lufthavn og flere havne på Izu Oshima, så man nemt kan komme dertil med fly eller færge fra Tokyo, hvilket mange japanere såvel som udlændinge vælger at gøre i forbindelse med en dags- eller weekendtur. Izu Oshima er mest kendt for sin natur – heriblandt vulkanen Mihara midt på øen, men folk rejser også dertil for at opleve ølivet, madkulturen og lokale seværdigheder, der adskiller sig fra dem, man kan finde på hovedøerne.
Tsushima ligger vest for Kyushu og befinder sig faktisk tættere på Korea-halvøen end de japanske hovedøer, så Tsushima er særligt populær blandt koreanske turister. Dog er der generelt mage turister, der vælger at besøge Tsushima for at opleve fjerne egne af Japan, og særligt Playstation-spillet Ghost of Tsushima har været med til at udbrede kendskabet til øen, idet dette blandt andre gengiver den prægtige natur, som Tsushima er særlig kendt for. Øen har derfor også et unikt dyreliv men samtidig en unik historie, da den grundet sin beliggenhed har lagt grund til flere slag. Der er både en lufthavn og havne på Tsushima, så man kan komme dertil med fly og færge.
Okunoshima er en lille ø beliggende i det japanske indlandshav, der også er kendt som kaninøen, hvilket har gjort den populær blandt turister. Øen er nemlig fuld af vilde kaniner, som blev sluppet fri på Okunoshima i kølvandet på Anden Verdenskrig, hvor øen havde fungeret som base for forskere, der eksperimenterede med giftgasser, da man både udviklede og testede nye former for gas, der kunne benyttes som våben i krig. På den nu ubeboede ø er der derfor flere ruiner, som altså er blevet hjemsted for hundredvis af kaniner, der godt nok lever vildt på øen men som ikke desto mindre er håndtamme. Der er flere færgeafgange om dagen, som på ganske kort tid kan bringe en frem til Okunoshima fra enten Honshu eller naboøen Omishima.
Hashima – også kendt som Gunkanjima – er en af Nagasaki-præfekturets mere end 500 ubeboede øer, men denne adskiller sig dog fra de andre, idet den fra 1887 til 1974 fungerede som en kulmine indtil produktionen lukkede ned, og øen blev forladt. Før da var øen hjemsted for hundredvis af arbejdere og deres familier, så øen dermed var en lille by bestående af lejlighedskomplekser. Mange af bygningerne står stadig den dag i dag, selvom stedet officielt betegnes som en stor ruin, men netop derfor er Hashima populær blandt turister, som gerne vil opleve et unikt aspekt ved Japans kultur og historie. Man kan dog kun komme dertil på guidede bådture, idet det ikke er tilladt at udforske øen på egen hånd.
Avaji er den største ø i det japanske indlandshav mellem de to hovedøer Honshu og Shikoku. Avaji gør det muligt at rejse mellem de to øer via to hængebroer, heriblandt verdens anden længste, der forbinder øen med Kobe. Det er derfor også nemt at komme til Avaji, så mange vælger at rejse dertil med bil eller bus, idet øens vejnet gør det muligt at rejse rundt og udforske alle afkroge af Avaji, der blandt andet er kendt for at være den første ø, der blev dannet i den japanske skabelsesmyte. Nu om dage trækker Avaji besøgende til grundet sine seværdigheder, der eksempelvis inkluderer haver, parker og en populærkulturel temapark.
Sado er en af d største øer i det japanske hav, og man man nemt komme dertil med færge fra Niigata. Sado har været befolket siden stenalderen og er opdelt i tre dele med et byområde på den centrale del af øen, mens man i de nordlige og sydlige egne finder bjergområder med mindre landsbyer. Øen har historisk set været kendt for sin mineindustri, men den er generelt præget af en unik kultur, som tiltrækker mange besøgende, der kommer for at prøve eller opleve traditionelle aspekter ved den japanske kultur, som endnu holdes i hævd. Det er blandt andet hér, den verdensberømte trup af trommespillere kaldet Kodo har hjemme, og så er Sado desuden det eneste sted i Japan, hvor den japanske ibis yngler.
Okinawa er den største ø blandt Ryukyu-øerne, der før i tiden var et kongerige, før de blev gjort til en del af Japans territorium. På Okinawa findes derfor en helt unik kultur, der adskiller sig fra den, man kan opleve på hovedøerne, hvilket eksempelvis også skyldes, at Okinawa var okkuperet af USA frem til 1972, hvilket endnu præger øen, hvor der findes mange amerikanske militærbaser. Herudover har Okinawa også en smuk natur og et specielt dyreliv, men det er det subtropiske klima, som trækker mange turister til, idet man her kan opleve palmer og sandstrande. Grundet sin beliggenhed er det dog svært at komme til Okinawa, da det kræver en længere flyrejse, så de fleste tager dertil for at opholde sig over flere dage, hvilket også gør det muligt at udforske øen og dens mange seværdigheder, der inkluderer historiske bygninger samt Japans største akvarium.
Naoshima er endnu en ø i det japanske indlandshav, der godt nok er lille i størrelse men om ikke andet er den endt med at blive en af de mest kendte attraktioner i Japan. I slutningen af 1900-tallet var Naoshima nemlig præget af affolkning så for at trække besøgende til øen, besluttede man sig for at omdanne Naoshima til en verdenskendt turistdestination ved at forene naturen og kunsten og dermed gøre øen til et stort museum. Rundt på øen findes derfor skulpturer, hvoraf den mest kendte er Yayoi Kusamas gule græsker, men herudover er der også forladte hjem, der er blevet omdannet til udstillinger, samt flere museer med værker af japanske og udenlandske kunstnere. Det er endda nemt at komme til Naoshima med færge fra enten Honshu eller Shikoku.
Yakushima ligger syd for Kyushu og har både en lufthavn og flere havne, så man kan komme dertil med enten fly eller færge. Og denne tur vælger tusindvis af mennesker årligt at tage, idet Yuakushima er kendt for sin unikke natur. Øen huser nemlig nogle af Japans ældste træer, som er over 1000 år gamle, og eftersom Yakushima er kendetegnet ved at have en høj luftfugtighed, så er mange af øens træer dækket af mos, hvilket skaber en fortidig og eventyrlig stemning, så store dele af øen nærmest fremstår uberørt af menneskehænder. Af samme grund er dele af Yakushima også blevet optaget på UNESCOs liste over verdensarv. Men Yakushima er nu engang beboet af over 10.000 mennesker, så på øen er der også byområder, hvor man kan opleve det japanske øliv.
Miyajima er en lille ø beliggende syd for Hiroshima, hvor man på ganske få minutter kan komme til med færge. Og denne tur tager flere hundredtusinde mennesker hvert år, eftersom Miyajima er en af de mest populære destinationer i Japan, hvilket først og fremmest skyldes, at øen er hjemsted for Japans mest berømte torii-port, der jævnligt optræder i reklamer for Japan. Denne befinder sig i vandet og fungerede oprindeligt som indgang til Miyajima, idet øen i sin tid blev anset for at være hellig – en status som den i høj grad har bevaret, da den primært er kendt for sine helligdomme og templer. Herudover kan man også opleve tamme hjorte på Miyajima, ligesom man kan bestige øens bjerg, hvilket kan gøres til fods eller med svævebane.