Hen mod slutningen på Anden Verdenskrig foretog USA adskillige bombetogter med fly i flere byer rundt om i Japan med det formål at ramme fjenden på hjemmebane og dermed udrette skade på krigsudstyr såvel som samfundet generelt for på den måde at svække Japan som nation. Udover Hiroshima og Nagasaki, der begge blev ramt af atombomber, så var Toyama den by, som tog mest skade under krigen, idet tæt mod 100 % af byen blev lagt i ruiner, da den blev udsat for bombetogter natten mellem den 1. og 2. august 1945. Nogle uger forinden var byen allerede blevet ramt af det første angreb, da fire bomber blev kastet mod et stålværk, hvor 47 endte med at miste livet, men senere blev selve Toyama by udpeget som mål, fordi det amerikanske militær begyndte at gå efter Japans største byer. Disse blev udvalgt med udgangspunkt i antallet af indbyggere, og hér lå Toyama nummer 36 på listen. Byen var en vigtig havneby med industri såvel som infrastruktur, og det var officielt set dette, man ville gøre skade på, men i virkeligheden var det ødelæggelse af selve byen, der var formålet med bombetogterne den 1. august.
Beboerne i Toyama var allerede blevet advaret om den kommende bombning af byen, da flyveblade blev kastet ud over denne dagen forinden, så da bombeflyene blev sendt af sted mod Japan den næste dag, blev indbyggerne i Toyama alarmeret via en sirene. På lige netop denne dag blev flere byer i Japan dog ramt af bombetogter, så mange af flyene passerede forbi Toyama uden at kaste bomber, idet de skulle videre mod andre mål, så hér lød en række falske alarmer i løbet af aftenen, hvilket fik folk til at betvivle, om byen virkelig ville blive ramt. Men det blev den dog, for omkring klokken 0.30 ankom 174 bombefly til Toyama, hvor de lod mere end 12.000 bomber regne ud over byen i de kommende to timer, hvilket ikke blot ødelagde mange bygninger - det resulterede ligeledes i en gigantisk bybrand, der endte med at lægge hele byen i ruiner den næste morgen. Stort set alle offentlige institutioner, private hjem og historiske bygninger var gået tabt, og over 2200 mennesker endte med at miste livet. På grund af de mange luftalarmer i timerne inden angrebet nåede mange at søge i sikkerhed, men ødelæggelserne var imidlertid så omfattende, at det var svært at finde plads til de mange sårede og de tusindvis, der blev hjemløse, så mange måtte derfor transporteres til nabobyerne.
Efter krigen var Toyama en af de byer, der kunne starte på en frisk og genopbygge alt fra bunden, hvilket vil sige, at der i dag er tale om en moderne storby, hvor der desværre ikke er så mange historiske steder. For at give Toyama et historisk præg valgte man dog at genopføre byens borg i 1954, efter denne oprindeligt var blevet revet ned i 1871.