Selvom Hayao Miyazakis film er elsket af folk i alle aldre, så er børn og unge hans primære publikum, og derfor er det også dem, der som oftest spiller hovedrollerne i hans film, så seerne har nogen at spejle sig i. Med til ungdommen hører nemlig uskyldighed og uerfarenhed, hvilket gør det muligt for karaktererne at udvikle sig i de situationer, de kommer ud i. Men selvom de endnu er unge, så har Hayao Miyazakis karakterer allerede dannet sig personligheder, der enten gør dem elskværdige eller komplekse, så man generelt får et positivt indtryk af dem, fordi de opfører sig som rigtige mennesker.
Hayao Miyazaki er kendt for at kombinere drama med stille stunder, hvilket eksempelvis indebærer, at hans karakterer tager sig tid til at spise. Måltider er derfor et gennemgående element i Hayao Miyazakis, hvor man tilmed har lagt vægt på at gøre maden så realistisk og indbydende som muligt. Oftest spiller disse scener absolut ingen rolle i historien, men at se fiktive tegnefilmsfigurer spise, gør dem først og fremmest menneskelige, men også sårbare, fordi de trods alt har brug for føde. Måltider fungerer også som samlingspunkt, hvor der kan blive snakket, og så er det bare en god effekt, at øjet samtidig har noget at fokusere på.
Hayao Miyazaki voksede op med en mor, der led af tuberkulose, og han har derfor haft sygdom tæt inde på livet. Af den grund er han heller ikke bleg for at inkludere syge mennesker i sine film, så de også får lov at spille en rolle, selvom de oftest bliver ignoreret af samfundet. Hayao Miyazaki sender således et signal om medmenneskelighed såvel som ligestilling, for bare fordi at man er syg, så fortjener man også respekt og opmærksomhed ligesom alle andre. Af samme grund er sygdommene ikke altid defineret i hans værker, fordi man ikke skal dømme folk ud fra, hvad de fejler, da det kan være med til at stigmatisere dem.
Hayao Miyazaki er mest kendt for sine eventyrlige universer, hvor der optræder kreative elementer, hvilket også inkluderer unikke væsner, som folk i hele verden kan genkende, fordi at de har set hans film. Mens nogle er bedårende og sjove, er andre sære eller skræmmende. Størstedelen af de fantasifulde skabninger er designet af Hayao Miyazaki selv, men nu og da har han trukket på væsner fra mytologi eller litterære værker, hvor han har taget udgangspunkt i figurer, som andre har opfundet. Hayao Miyazaki formår alligevel at give sine væsner et karakteristisk udseende, så de passer til universerne i hans film.
Selvom anime godt nok er tegnefilm, så går Hayao Miyazaki meget op i, at hans karakterer ikke skal lyde som tegnefilmsfigurer. I stedet for at benytte sig af gængse stemmelæggere anvender han derfor skuespillere, der har mindre erfaring med stemmelægning, fordi deres stemmer lyder naturlige. Dette er man som udlænding kun klar over, hvis man ser hans film på japansk, men selv i de oversatte versioner i udlandet er der tendens til, at man gør brug af veletablerede skuespillere frem for erfarne stemmelæggere, så Hayao Miyazakis karakterer både lyder og opfører sig som rigtige mennesker.
Hayao Miyazaki lægger stor vægt på, at hans karakterer skal virke naturlige, og de skal derfor også kunne udvise følelser. I stort set alle hans film optræder derfor højlydt latter, så man kan blive gjort opmærksom på, at personerne rent faktisk er i stand til at grine. Dette kunne være blevet gjort ved at få dem til at le på mere afdæmpet vis, men karaktererne har det med at bryde ud i latter, som om de ikke kan holde den tilbage, hvilket forstærker deres menneskelighed, selvom det også virker forceret. Højlydt latter er nemlig blevet et gennemgående element i Hayao Miyazakis værker, som om det er en signatur, han bevidst går efter at indskrive.
Hayao Miyazaki har en forkærlighed for gamle damer, som han derfor ofte inkluderer i sine film, hvor de spiller vidt forskellige roller. Mens nogle er blide og venlige, er andre derimod sure og ubehagelige. Generelt er deres alderdom også forstærket via et utal af rynker, hvorved Hayao Miyazaki minder sine seere om, at hverken ungdom eller skønhed varer ved, og at livet har en ende. Men indtil da har man stadig noget at leve for, så selv ældre mennesker får lov at spille en rolle i hans film, selvom deres udseende ikke er æstetisk tiltalende – fordi det ikke er nødvendigt.
Studio Ghibli er kendt for sine detaljerede baggrunde, fordi at Hayao Miyazaki netop har sans for detaljer og går op billedet som helhed, når han producerer film, fordi han ved, at publikums øjne opfanger alt. Af samme grund foretager han en nøjsom kvalitetssikring af samtlige tegninger, så han kan sikre sig, at der ikke mangler noget. Studio Ghiblis baggrunde inkluderer ikke blot håndmalede naturscener, men også bybilleder og rum fyldt med interiør, hvor man kan gå på opdagelse med blikket og notere sig selv de mindste detaljer, som nogen har brugt tid på at lave for at tilføje visuel dybde på realistisk vis.
Hayao Miyazaki er en selverklæret feminist, så han forsøger generelt at bryde de traditionelle kønsroller, hvilket først og fremmest gøres ved, at han portrætterer sine kvindelige karakterer som selvstændige, modige og stærke. Han mener kort sagt ikke, at kønnet skal definere folks personligheder, så piger og kvinder gøres heller ikke maskuline, for de beholder derimod deres feminine træk og værdier – deres væremåder og personligheder er bare blevet drænet for de stereotype forestillinger om, hvad der kendetegner hunkønnet, hvilket Hayao Miyazaki derfor har redefineret. Af samme grund seksualiserer han ikke sine karakterer, hvilket ellers er normalt i anime.
Hayao Miyazaki er besat af flyvning, så dette er et gennemgående element i flere af hans film, hvor der optræder forskellige flyvescener, mens flyvning sågar spiller en dominerende rolle i nogle af hans værker. Hans interesse stammer først og fremmest fra flyvemaskiner, som han derfor nyder at inddrage i sine film, men det er som sådan konceptet med at kunne begå sig i luften, der tiltaler Hayao Miyazaki, så derfor gør han meget ud af at skildre dette på forskellig vis, hvor animationen er både dynamisk og livagtig, så seerne kan fornemme, hvor magt det er at flyve.