Fra 1964 til 1966 var fængslet i Matsuyama kontrolleret af bandemedlemmer, der udgjorde en betydelig del af de indsatte, der bestod af både mænd og kvinder. Disse bandemedlemmer opnåede kontrollen ved at bestikke fængselsbetjentene, så de gik eksempelvis frit rundt uden for deres celler, hvor de blandt andet drak alkohol og røg cigaretter, men herudover fik de også lov til at voldtage de kvindelige indsatte. Det japanske justitsministerium fik kendskab til forholdene i fængslet i Matsuyama i 1966, hvor de to overordnede fængselsbetjente begge begik selvmord. Sagen blev på dette tidspunkt hemmeligholdt af myndighederne, og offentligheden fik altså ikke vished om den – blandt andet fordi de indsatte blev tvunget til at underskrive en tavshedserklæring, hvilket inkluderede kvinden Kazuko Fukuda, der dog valgte at stå frem med sine personlige oplevelser fra fængslet, efter at hun i 1997 blev anholdt i en 15 år gammel drabssag, hvorved offentligheden omsider fik kendskab til skandalen.
I 1990 blev det opdaget, at der på øen Teshima var blevet dumpet ulovligt industriaffald siden 1975, hvilket førte til afsløringen af en af Japans største miljøkatastrofer, der i forvejen havde gjort Teshima kendt som “skraldeøen” grundet de store mængder affald, der dagligt blev fragtet til øen, så den fungerede som en stor losseplads. Det var ironisk nok firmaet, der var ansvarligt for øens turistudvikling, der besluttede sig for at importere industriaffald i forsøget på at tjene penge. Men udover naturligt affald, som kunne nedbrydes, så blev miljøfarligt skrald også bragt til øen, hvor det endte med at gøre skade på naturen. Efter at omfanget af dette blev afsløret i 1990, igangsatte man en årelang oprydning, der varede helt frem til 2017, hvor regningen løb op i over 70 milliarder yen. På dette tidspunkt var man begyndt at ændre på Teshimas dårlige ry ved at inkludere øen i et større kunstprojekt, der havde spredt sig fra naboøen Naoshima, hvor man forsøgte at trække turister til ved at opsætte moderne kunst i det lille øsamfund.
HR-virksomheden Recruit blev grundlagt i Tokyo i 1960, og i 1986 valgte man at etablere datterselskabet Cosmos. Men før dette blev sendt på aktiemarkedet, valgte Recruit dog at sælge aktier til politikere i det japanske parlament, der således blev hovedpersoner i en omfattende korruptionssag, da denne blev afsløret i 1988. Selv Japans daværende premierminister, Noboru Takeshita, var blandt de mere end 90 politikere, som på alternativ vis var blevet bestukket af Recruit, og da skandalen blev bragt frem i lyset havde flere af dem opnået en økonomisk gevinst ved at sælge deres aktier. Sagen førte til, at direktøren for Recruit valgte at trække sig, og det samme gjorde Takeshita og dermed også regeringen. Takeshita bev efterfulgt af Sosuke Uno, der ligeledes måtte trække sig efter kun 68 dage på posten, da også han var involveret i en skandale involverende en geisha.
Amatørarkæologen Shinichi Fujimura gjorde i 1980erne nogle opsigtsvækkende fund under udgravninger flere steder i Japan, hvilket gjorde ham anerkendt blandt professionelle arkæologer, selvom nogle godt nok undrede sig over, at Fujimura mystisk nok altid havde held med at finde noget under sine private udgravninger, der blandt andet blev benyttet til at opdatere japanske historiebøger. Fujimuras fund var eksempelvis medvirkende til, at Japans tidlige stenalder blev forlænget med hele 300.000 år, men i 2000 blev det imidlertid afsløret, at Fujimura selv havde efterladt de artefakter, som han ellers påstod, at have fundet, da billeder af dette blev offentliggjort i den japanske presse. En undersøgelse af hans opdagelser kunne efterfølgende konkludere, at stort set alle Fujimuras opdagelser sandsynligvis var forfalskede, hvilket førte til, at han mistede sit gode ry og dermed også sin anerkendelse.
I 1956 begyndte indbyggere i byen Minamata på Kyushu at udvise symptomer som lammelse, muskelsvækkelse og talebesvær, hvilket børn endda blev født med, uden at lægerne kunne forklare hvorfor. Den mystiske sygdom fik navnet Minamata-syge, og da det viste sig, at alle patienter havde forhøjet mængder af kviksølv i kroppen, mistænkte man, at de kunne være blevet forgiftet gennem spildevandet fra en nærliggende kemikaliefabrik tilhørende firmaet Chisso, der i forvejen havde spoleret fiskeriet i området siden dens åbning i 1908. Undersøgelser påviste da også, at spildevandet fra fabrikken indeholdt store mængder methylkviksølv, som indbyggerne i Minamata blev forgiftet af, når de indtog fisk og skaldyr, som blev fanget fra Minamata-bugten. I nogle tilfælde førte dette til, at folk mistede forstanden, bevidstheden eller livet. Over 2000 mennesker blev i 2010 anerkendt som ofre for Minamata-syge, mens mere end 10.000 personer endte med at modtage økonomisk ertstatning fra Chisso.
Talentbureauet Johnny & Associates blev stiftet i 1962 af Johnny Kitagawa, der i de kommende årtier stod bag dannelsen af flere populære japanske boy bands. Som deres manager blev Johnny Kitagawa dermed et kendt ansigt i musikbranchen, men i 2023 smuldrede hans omdømme, da det blev afsløret, at han i løbet af sin årtier lange karriere havde begået seksuelle overgreb mod de drenge, som han ellers havde hjulpet til succes. Johnny Kitagawa døde dog som 87-årig i 2019, så han kunne ikke stilles til ansvar for anklagerne imod ham, selvom han faktisk også blev mødt af disse før sin død, hvor flere mænd og drenge stod frem og fortalte, at Johnny Kitagawa enten havde forulempet dem seksuelt eller gjort seksuelle tilnærmelser, hvilket muligvis begyndte i 1950’erne, så han i sin levetid nåede at forgribe sig på flere hundrede, hvoraf flere af disse blev kendte ansigter i Japan.
En af Japans største økonomiske svindelsager blev begået af det ellers anerkendte firma Olympus, der især er kendt for at producere optisk udstyr til sundhedsindustrien, og denne blev afsløret, da den daværende direktør, Michael Woodford, blev afskediget af bestyrelsen i 2011, efter at han kun havde siddet et halvt år på posten. Woodford blev nemlig opmærksom på mystiske overførsler, hvilket han valgte at offentliggøre efter sin fyring, hvorved skandalen begyndte at rulle, da det via undersøgelser blev bevist, at den øverste ledelse i Olympus blandt andet havde investeret penge med tab siden 1990’erne uden at medtage dette i regnskabet, som dermed blev forfalsket, samtidig med at man overførte penge i skattely. Det menes, at der blev svindlet for flere hundrede milliarder yen, og for dette blev de øverst ansvarlige idømt fængselsstraffe med et tilhørende erstatningskrav.
I årene efter Anden Verdenskrig blev flere japanere dømt til døden og sågar henrettet, efter at politiet havde tvunget tilståelser ud af dem. I retten vægtede man nemlig en tilståelse højere end noget andet bevis, så for at opklare sager var politiet i visse tilfælde mere fokuseret på at udpege en gerningsmand i stedet for faktisk at opspore den rigtige. Men dette havde offentligheden dog intet kendskab til, før fire japanske dødsfanger blev benådet i løbet af 1980’erne, da det kom frem, at de alle var blevet tvunget til at tilstå drab, som de slet ikke havde begået. I det japanske retssystem erkendte man derfor vigtigheden ved at forholde sig til håndgribelige beviser i stedet for tilståelser, ligesom brugen af juryer blev indført for at sikre en fair rettergang. I og med at dømte blev renset for alle anklager, betød det også, at de rigtige gerningspersoner aldrig blev pågrebet, og sagerne blev derfor aldrig opklaret, fordi efterforskningen af dem stoppede.
I 1980’erne var verden ramt af en HIV-epidemi, og den frygtede virus fandt også vej til Japan, hvor man imidlertid så en stigning i antallet af smittede blandt hæmofilipatienter, hvilket blev bemærket i 1984, hvorved man begyndte at mistænke kontamineret donorblod som værende årsagen til dette. Japan indhentede nemlig donorblod fra USA, hvilket ikke gennemgik en varmebehandling, før det blev overført til patienterne, og i flere tilfælde blev de derfor smittet med HIV. Selv efter at man var blevet opmærksom på udbredelsen af HIV blandt hæmofilipatienter, fortsatte man med at anvende kontamineret donorblod frem til 1986, til trods for at man året forinden var begyndt at anvende varmebehandlet donorblod. Over 1000 japanske hæmofilipatienter endte dermed med at blive smittet med HIV, hvorved de pådrog sig en ny sygdom under behandlingen af en anden. I 1989 blev de ansvarlige parter sagsøgt, hvilket resulterede i mildere fængselsstraffe.
I juni og juli 1955 blev hundredvis af spædbørn i det vestlige Japan syge med de samme symptomer, der inkluderede hævelser, opkast og misfarvninger af huden. På hospitalet i Okayama fik man inden længe konstateret, at alle de syge spædbørn, der blev bragt ind, havde drukket pulvermælk af mærket Morinaga, hvilket viste sig at indeholde arsenik. I april havde firmaet nemlig skiftet til en billigere leverandør af stoffet natriumfosfat, der blev tilsat mælkepulveret som stabilisator, men denne levering var dog ikke tiltænkt produktionen af fødevarer, så ingen havde opdaget, at det indeholdt over 5 % arsenik, så når spædbørn blev fodret med den færdige mælkeblanding, indtog de flere hundrede gange mere arsenik, end det er tilladt for voksne. Alle Morinaga-produkter blev omgående fjernet fra hylderne, men det menes, at lidt over 12.000 børn nåede at blive forgiftet, hvoraf omkring 130 af dem døde. Når børn fik det bedre, gik man desuden ud fra, at de var blevet kureret, men studier af ofrene har senere påvist, at mange af de overlevende kom til at lide af hæmmet vækst, epilepsi, lavere IQ og et svækket helbred.