Den 12. januar 1948 standsede to politimænd en mand på gaden i Tokyo, fordi han bar rundt på nogle trækasser, som betjentene valgte at inspicere. I disse lå imidlertid ligene af fem spædbørn, og da de udspurgte manden, viste det sig, at han var en bedemand, som havde fået besked på at stede børnene til hvile af forstanderinden på børnehjemmet Kotobuki Sanin, hvorfra han tidligere havde hentet 30 døde børn. Dette tal vakte omgående politiets mistanke, så man valgte derfor at undersøge sagen nærmere ved at sende de fem børnelig til en obduktion, hvor det viste sig, at spædbørnene var omkommet af kulde og sult - altså omsorgssvigt.
Den 15. januar mødte politiet derfor op ved Kotobuki Sanin for at anholde den 52-årige forstanderinde Miyuki Ishikawa, der drev børnehjemmet sammen med sin 55-årige mand Takeshi, der ligeledes blev arresteret, mens man på børnehjemmet fandt syv underernærede børn, hvoraf to af dem endte med at omkomme af svækkelse. Men dette var blot en brøkdel af de mere end 200 børn, som var blevet afleveret på Kotobuki Sanin siden 1943, hvor Miyuki valgte at åbne dette som et børnehospital, idet hun arbejdede som jordemoder. Hun så derfor en god forretning i at tage uønskede børn til sig fra kvinder, som ikke havde overskud til at tage sig af dem under og efter Anden Verdenskrig, men det var dog ikke alle børn, der blev bortadopteret, idet flere af dem endte med at dø på børnehjemmet, selvom Miyuki og hendes mand ellers tjente godt og tilmed også tog imod madrationer som betaling.
Politiet fik dog ikke kendskab til de mange dødsfald - først og fremmest fordi, at mange af børnene ikke var blevet registreret, så myndighederne derfor ikke havde kendskab til dem, men også fordi at Ishikawa-parret allierede sig med en bedemand, der blev betalt for at kremere børnene, så han blev ligeledes anholdt, og det samme gjorde en læge, der havde udstedt falske dødsattester, så børnenes død blev angivet som værende naturlig, selvom dette altså ikke var tilfældet. Sagen var altså langt mere omfattende, end man havde regnet med, og den endte med at blive kendt som den mest omfattende drabssag i efterkrigstidens Japan, idet man med tiden kunne konstatere, at i alt 84 spædbørn var blevet konstateret døde på Kotobuki Sanin siden afslutningen på Anden Verdenskrig, hvor antallet af uønskede børn eksploderede. På børnehjemmet hobede de mange børn sig med tiden op, så personalet ikke længere kunne tage vare på alle, og mange af børnene omkom således som følge af omsorgssvigt, hvilket fik størstedelen af personalet til at sige op i protest mod de forhold, som både de og spædbørnene befandt sig i, så der til sidst kun var en enkelt ansat tilbage, som også blev anholdt.
Miyuki Ishikawa nægtede alle anklager, men skød i stedet skylden på de forældre, der enten efterlod deres børn eller var villige til at give afkald på dem mod betaling, men ingen andre end hende, hendes mand, bedemanden og lægen modtog dom i sagen. Da der var tale om omsorgsvigt, ligesom man ikke kunne bevise, hvor mange børn der nøjagtigt var omkommet af dette, slap Miyuki Ishikawa dog med en mild straf på 8 års fængsel, mens Takeshi blev idømt 4 års fængsel. Parret appellerede imidlertid dommen og fik begge halveret, mens bedemanden og lægen modtog en dom på henholdsvis 8 og 4 måneders fængsel for dokumentfalsk. Selv efter at være blevet løsladt fortsatte Miyuki med at benægte, at hun var skyld i de mange børns død, hvilket hun blev ved med at gøre frem til sin død i 1987, hvor hun var 91 år.
Denne sag er kendt for at være den mest omfattende drabssag i efterkrigstidens Japan, selvom man ikke har overblik over antallet af ofre eller noget kendskab til, hvordan de omkom. Hændelsen var desuden medvirkende til, at man begyndte at føre kontrol med andre børnehospitaler, hvor man kunne konstatere, at mange andre børn ligeledes var omkommet under mystiske omstændigheder. I Japan begyndte man derfor at overveje mulighed for at legalisere abort for på den måde at forhindre uønskede børn, hvilket blev en realitet allerede året efter i 1949, hvor økonomisk dårligt stillede kvinder fik mulighed for lovligt at få en abort. Der blev ligeledes gjort mere ud af at oprette børnehjem til de mange uønskede børn, der blev født i efterkrigstiden, hvor mange japanske kvinder eksempelvis fik børn med amerikanske soldater, hvilket var socialt stigmatiserende.