Frem til 1934 var Hakodate den største by på øen Hokkaido, men dette blev der lavet om på på blot få dage, da en brand lagde hele 80 % af byen i ruiner. Ilden brød ud den 21. marts i et hus i Sumiyoshi-området og spredte sig hurtigt grundet stærk vind fra kysten. Dengang var de fleste bygninger lavet af træ, så det var nemt for ilden at få fat, og flammerne fortsatte med at fortære huse på stribe i to dage, før det omsider lykkedes at få bugt med ilden, der nåede at ødelægge mere end 20.000 bygninger. Næsten 150.000 var dermed gjort hjemløse, mens 9.500 blev såret.
Det endelige dødstal nåede op på 2.166 ofre, hvilket dermed gør branden i Hakodate til en af de værste i Japans historie. Ironisk nok døde 917 af disse hverken af ild eller røg - men derimod vand. For at undgå at blive brændt valgte mange nemlig at springe i havnen, hvilket imidlertid kostede dem livet, da de hér endte med at drukne i det iskolde vand. 200 andre døde desuden senere af kulde, da de stod uden tag over hovedet, og der på dette tidspunkt fortsat var vintertemperaturer på Hokkaido.
Året efter startede man en årlig festival for at opmuntre indbyggerne og opfordre til sammenhold. Dette er siden blevet en populær begivenhed, der nu om dage trækker tusindvis af mennesker til byen, der blev overhalet af Sapporo, som nu er den største by på Hokkaido. Der er desuden ingen spor efter branden i 1934, der alligevel har været med til at forme Hakodate. Med inspiration fra Tokyos genopbygning efter Kanto-jordskælvet et årti forinden valgte man nemlig at genopbygge byen i et helt nyt design.