Der findes to bjørnearter i Japan: kravebjørnen og den brune bjørn. Kravebjørnen er en asiatisk bjørneart med sort pels, og den japanske kravebjørn er en underart af denne. Hannerne kan blive op til 1,5 meter høje og veje 120 kg. mens hunnerne er en anelse mindre. Der er således tale om en forholdsvis lille bjørneart i forhold til andre arter. Kravebjørnen har før i tiden været udbredt på tre af Japans hovedøer, Honshu, Shikoku og Kyushu, men nu om dage menes det, at de er uddøde på Kyushu, mens det antages, at der kun er meget få tilbage på Shikoku. På den største ø, Honshu, menes der derimod at være omkring 10.000 kravebjørne tilbage i naturen. Deres leveområder er dog truet af spredende landbrug og byområder, af hvilken grund bjørnene for det meste opholder sig i bjergene, hvor de primært lever som vegetarer, idet deres kost består af urter, nødder, bær og sågar græs.
Den japanske kravebjørn kan dog også finde på at æde mindre dyr og ådsler, når sulten melder sig, og det kan desuden medføre, at de nogle gange bevæger sig nær det menneskelige samfund for at spise mad fra skraldespande, gårde og plantager. Dette har ført til, at bjørne nu om dage bliver anset for at være en plage. For det meste er de dog sky og holder sig i naturen, men hér kan det være farligt at møde dem, for selvom de ikke er ret store, så bliver i gennemsnit 1-2 japanere dræbt som følge af de mere end 50 bjørneangreb hvert år, og nogle år er tallet endda endnu højere - såsom i 2016, da 4 mennesker blev dræbt i samme område. Der er som oftest tale om ældre mennesker, der har bevæget sig ind på bjørnenes territorium og ikke har energi til at flygte eller kæmpe imod. Omvendt bliver der årligt skudt og dræbt et ukendt antal bjørne, for selvom myndighederne har kendskab til flere tusinde, så er det reelle tal meget højere, eftersom bjørneskind og kropsdele bliver solgt på det sorte marked. Særligt galdeblæren er eftertragtet og kan alene indbringe en jæger flere tusinde kroner. Selvom det er lovligt at skyde kravebjørne i Japan, så kræver det en særlig licens, som mange ikke har, hvorved de bliver til krybskytter.
Den japanske udgave af den brune bjørn findes på den nordligste hovedø Hokkaido. Også her er der tale om en underart, og den japanske brune bjørn er kendetegnet ved at have et længere kranium end almindelige brune bjørne. Hannerne bliver typisk omkring to meter høje med en vægt på over 200 kg. mens hunnerne er lidt mindre, og der er således tale om Japans største landlevende dyr. Dog kan de blive dobbelt så tunge, hvis de hyppigt får en næringsrig kost. Den brune bjørn lever primært af kød i form af mindre dyr og fisk, men ellers kan den også finde på at spise insekter, bær, grøntsager og nødder, ligesom sulten kan drive dem til at jage hjorte. Bjørne var før i tiden ret udbredt på Hokkaido, hvor de betød meget for det oprindelige Ainu-folk - mest af alt fordi man spiste kødet, gik i pelsen og lavede værktøj ud af knoglerne, men bjørne blev også indfanget og opdrættet, så de kunne blive ofret i ritualer.
I slutningen af 1800-tallet blev Hokkaido underlagt japansk styre og alle egne af øen blev med tiden befolket af japanere, der medbragte det moderne bysamfund. Dette førte til et drastisk fald i bjørnebestanden, idet man fældede skove og dermed fjernede deres leveområder, samtidig med at bjørnene blev skudt, fordi man var bange for dem. I 1982 blev det dog forbudt at jage brune bjørne på Hokkaido, da arten var ved at uddø. Den er siden kommet sig, men er med sine omkring 3000 vildtlevende eksemplarer fortsat truet. Bjørne bliver dog fortsat skudt, for hvis de angriber mennesker eller bevæger sig ind i byerne, så bliver de betragtet for at være en fare og bliver derfor dræbt. Dog dræber brune bjørne i gennemsnit mindre end 1 japaner om året, men den brune bjørn står samtidig bag det værste bjørneangreb i Japans historie, da syv mennesker blev dræbt af en 340 kilo tung han i 1915.