Kitsuki-borgen ligger i byen Kitsuki i Oita-præfekturet, hvor den blev anlagt i 1394 som en erstatning for Takeno-borgen, der lå mere indenlands, mens Kitsuki-borgen blev opført på et lille bjerg nær kysten. Hér fungerede den som base for Kizuki-klanen, der dog ophørte med at eksistere i slutningen af 1500-tallet, da slægtens overhoved blev beordret til at begå seppuku, hvorefter forskellige klaner skiftede til at besidde kontrollen over borgen, der oprindeligt var kendt som Kizuki-borgen, men en stavefejl førte dog til, at den fra 1712 blev navngivet Kitsuki-borgen.
I 1608 brændte borgen efter at være blevet ramt af et lyn, og en hovedbygning på tre etager blev herefter genopført. Denne blev dog revet ned i slutningen af 1800-tallet, da man i denne periode forsøgte at modernisere det japanske samfund, hvilket betød, at størstedelen af landets borge blev revet ned. Borggrunden blev dog bevaret, og på denne valgte man i 1970 at bygge en tre-etagers hovedbygning i beton, hvilket siges at være den mindste hovedbygning blandt Japans borge. Denne huser blandt andet et lokalhistorisk museum samt et observationsdæk, hvorfra man kan beundre udsigten til det omkringliggende landskab.
Kitsuki-borgen ligger over 5 kilometer fra Kitsuki station. Herfra går der dog busser til området omkring borgen, og turen dertil tager 15 minutter.