Utsunomiya-borgen ligger i byen Utsunomiya, hvor den allerede blev grundlagt som en fæstning tilbage i midten af 1000-tallet. I de kommende 500 år var borgen ejet af Utsunomiya-klanen, indtil den i 1500-tallet blev udstykket og moderniseret, så den endte med at blive en af de største borge i Kanto-regionen. I 1597 blev Utsunomiya-klanen imidlertid bortvist af Toyotomi Hideoyoshi, og da Tokugawa-shogunatet blev grundlagt nogle år senere, skiftedes forskellige klaner til at varetage kontrollen over Utsunomiya-borgen, der gennemgik store renoveringer i løbet af de kommende år. I slutningen af 1800-tallet opstod der så borgerkrige i Japan som følge af, at landet havde åbnet sine grænser for omverdenen efter knap 250 års isolation. Herefter begyndte en moderniseringsproces af det japanske samfund, hvilket førte til, at der opstod to politiske grupperinger i landet bestående af dem, der ønskede at vælte Tokugawa-shogunatet, og dem, som derimod ønskede at bevare det.
Utsunomiya-domænet var modstander af Tokugawa-styret, hvilket resulterede i, at shogunatets styrker angreb borgen i 1868, hvor man endte med at lide et nederlag. Samtidig blev borgen så medtaget af slaget, at den efterfølgende blev revet ned. Samme skæbne endte med at overgå størstedelen af Japans borge, men flere er siden blevet genopført, hvilket også er tilfældet med dele af Utsunomiya-borgen, hvis voldgrave samt dele af fæstningsanlægget blev genskabt i 2007. Dog er dette kun en meget lille sektion af den oprindelige borg, hvis grund i dag fungerer som Utsunomiya Park. Denne ligger 2 kilometer fra Utsunomiya station.