Yokote-borgen ligger i byen Yokote i Akita-præfekturet. Den oprindelige borg blev bygget i 1554 af Onodera-klanen, men efter etableringen af Tokugawa-shogunatet i starten af 1600-tallet blev den dog overdraget til en ny klan, mens Onodera-klanen blev sendt til Tsuwano-borgen i nutidens Shimane-præfektur. Flere forskellige klaner varetog kontrollen over Yokote-borgen frem til 1868, hvor den blev brændt ned under Boshin-krigen, der var en borgerkrig, som brød ud mellem tilhængere af shogunatet og rebeller, der ønskede at genindføre Kejseren som landets regent.
Yokote-borgen led derfor en tidlig skæbne i forhold til de fleste andre af landets borge, der det kommende årti blev jævnet med jorden, idet det lykkedes af få afskaffet shogunatet, hvorved en modernisering af Japan begyndte, hvilket betød, at man gjorde op med det feudale samfund ved blandt andet at rive landets borge ned. I 1965 valgte man så at opføre en rekonstruktion af beton på grunden, hvor den originale borg havde ligget, og denne fireetagers bygning fungerer i dag som et museum, mens øverste etage udgøres af en udkigspost, hvorfra besøgende kan beundre udsigten ud over området - blandt andet den enorme park, der i dag omkranser borgen.
Yokote-borgen ligger lidt over 2 kilometer fra Yokote station. For at komme dertil kan man blandt andet tage den samme rute, som samuraier anvendte før i tiden kaldet nanamagari.
.