Nikko Shokubutsuen er navnet på den botaniske have i Nikko. Denne har en størrelse på 10 hektar og er officielt eget af Tokyo Universitet, der blandt andet benytter sig af den til forskning. Haven åbnede i 1902 nær Toshogu-helligdommen som en forgrening af Koishikawa Shokubutsuen i Tokyo, men den blev dog flyttet til sin nuværende grund i 1911 og er i dag åben for besøgende, der kan tage på rundtur blandt de over 1500 forskellige plantearter, der inkluderer flere træsorter samt plantevækst, som normalt findes i de japanske bjergegne samt eksemplarer hentet fra Himalaya-bjergene og Korea.
Der er blevet anlagt et stisystem, så det er muligt at komme rundt i alle afkroge af haven, som ikke er kendt for hverken blomster, kirsebærtræer eller efterårsfarver, som så mange andre haver i Japan. Derimod fungerer den botaniske have i Nikko snarere som en naturlig afkrog i byen, hvor man har mulighed for at se, hvordan årstiderne påvirker forskellige plantearter.
Den botaniske have ligger 3,5 kilometer fra Nikko station, hvorfra der dog går busser til haven. Turen dertil tager 10 minutter.