Aso-helligdommen menes at være blandt de ældste helligdomme i Japan, idet religiøse ritualer lader til at have fundet sted omkring Aso-vulkanen, før en egentlig helligdom blev opført i skikkelse af Aso-helligdommen. Det vides dog ikke, hvornår helligdommen blev grundlagt, da dette skete, før et skriftsprog blev introduceret i Japan, og der er derfor ingen kilder, som kan dokumentere helligdommens alder, men man formoder, at den stammer fra slutningen af det tredje århundrede. Aso-slægten, som varetager helligdommen har tilmed status for at være den anden ældste lægt i Japan - kun overgået af kejserslægten, men Aso-slægten stammer ikke desto mindre fra Japans første kejser, Jimmu.
Aso-helligdommen er blandt andet også dedikeret til Jimmus barnebarn, der ifølge legenden anlagde de første bondesamfund i Aso, hvor helligdommen derfor blev opført af hans efterkommere, der netop er Aso-slægten. Denne har dog skiftet lokation flere gange siden, før den nuværende placering blev valgt, men grundet sin placering nær en aktiv vulkan, så er helligdommen ligeledes blevet ødelagt mange gange igennem historien, så bygningerne er derfor langt fra originale, idet flere af disse stammer fra midten af 1800-tallet. Mange er dog langt nyere, for Aso-helligdommen tog nemlig også skade under Kumamoto-jordskælvene i 2016, hvor mange af helligdommens bygninger kollapsede. Alle er siden blevet genopført, og disse inkluderer blandt andet den største helligdomsindgang i Japan.
Eftersom Aso-helligdommen ligger nær Aso-vulkanen, der er blandt de største i Japan, så har helligdommen lagt grund til mange ritualer og festivaler, der har haft til formål at forebygge udbrud via tilbedelsen af guderne, og flere af disse bliver endda fortsat praktiseret.
Aso-helligdommen ligger 1 kilometer fra Miyaji station.