Den 16. april 2016 klokken 1.25 ramte et jordskælv Kumamoto-præfekturet med en styrke, der målte 7.3 på richterskalaen, hvilket dermed gør det til det kraftigste jordskælv, der nogensinde er målt på Kyushu. To dage forinden - 28 timer tidligere - havde et andet jordskælv med en styrke på 6.4 ramt området, hvilket havde kostet 9 mennesker livet, mens et næsten lige så kraftigt jordskælv ramte den 15. april. Men disse skulle altså blot vise sig at være forskælv til et langt større jordskælv, der samtidig var mere dødbringende, eftersom dette krævede 41 ofre.
Jordskælvets epicenter lå 10 kilometer under Kumamoto by, og hér styrtede flere bygninger derfor sammen, hvilket var den primære dødsårsag, eftersom jordskælvet skete om natten, hvor mange lå og sov og således ikke nåede at reagere, før de blev fanget i de kollapsede bygninger. Otte mennesker blev desuden begravet i jordskred uden for byen, mens en universitetstuderende blev dræbt, da han var ved at passere den store Aso-bro i sin bil, da denne styrtede sammen, hvilket var et af de første billeder, der gik rundt i medierne efter katastrofen.
Flere brande brød ud, og umiddelbart efter jordskælvet var alle indbyggerne i Kumamoto uden vandforsyning. Flere historiske bygninger tog desuden skade, hvilket inkluderede Kumamoto-borgen, som blev medtaget i en sådan grad, at den omgående blev lukket af for offentligheden, da der var behov for renovering henover de kommende år, og i Aso styrtede byens helligdom sammen, hvilket blandt andet inkluderede Japans største helligdomsindgang. Den nærliggende Aso-vulkan blev ligeledes spærret af for offentligheden af frygt for udbrud, idet den i forvejen var aktiv. Her blev den tilhørende svævebane ødelagt og således sat ud af drift.
Udover de i alt 50 omkomne efter de to jordskælv blev mere end 3000 såret, mens mere end 200 personer blev føjet til listen over ofre, fordi de efterfølgende døde af sygdomme som følge af det fysiske og psykiske pres, de endte med a lide under efter at jordskælvet havde smadret deres tilværelse.