Klokken 17.56 den 23. oktober 2004 ramte et jordskælv Niigata-præfekturet med en styrke på 6.6 på momentmagnitudeskalaen. Epicentret befandt sig lige knap 16 kilometer under jorden, men kun et kvarter efter det første jordskælv ramte et andet dog tættere på overfladen. Dette havde en styrke på 5.9 og blev i de kommende timer og dage efterfulgt af en række mindre efterskælv, hvilket blot førte til yderligere skader og dødsfald.
I alt 68 mennesker mistede livet som følge af jordskælvet, hvilket gjorde dette til det mest dødelige i Japan, siden Kobe-jordskælvet i 1995, og det blev først overgået af Tohoku-jordskælvet i 2011. Majoriteten af de omkomne befandt sig i huse, der styrtede sammen, mens andre blev begravet i jordskred, der var temmelig udbredt, fordi man i tiden forinden havde oplevet store mængder nedbør. Vejnettet i Niigata-præfekturet tog ligeledes massiv skade, og for første gang i historien blev et shinkansen-tog afsporet, da det var i fart omkring epicentret. Den automatiske sikkerhedsmekanisme sørgede dog for at standse toget, så ingen kom til skade. Andre toglinjer blev ligeledes påvirket, og den sidste åbnede først op for normal drift igen to måneder efter jordskælvet. Udover de omkomne blev over 4500 mennesker såret, og over 100.000 blev evakueret fra deres hjem grundet fare for nedstyrtning eller jordskred. Nogen fik først lov at vende tilbage efter et par år, da samtlige skader efterhånden var blevet udbedret.
Filmen "A Tale of Mari and Three Puppies" er baseret på en rigtig historie om en familie, der måtte forlade deres hunde under jordskælvet.