Under Anden Verdenskrig var havnebyen Nagasaki et vigtigt område i forbindelse med Japans krigsførelse, da mange firmaer her producerede materialer, der blandt andet blev anvendt til våben og maskiner. Dette gjorde Nagasaki til et mål for den anden atombombe, da USA kastede en sådan over byen den 9. august 1945, hvorved den blev jævnet med jorden.
Nogle dage forinden, den 6. august, var Hiroshima blevet ramt af det, der blev verdens første atombombeangreb, men dette havde ikke skræmt de japanske myndigheder - det havde derimod øget deres kamplyst, og derfor så USA sig nødsaget til at foretage endnu et angreb på Japan blot tre dage senere, idet man ønskede at få gjort en ende på Anden Verdenskrig. Hiroshima var det primære mål, da byen blev udsat for det første atombombeangreb, men under det andet angreb var det egentlig Kokura, man gik efter at ramme. Grundet skyet vejr, valgte man dog i stedet at gå efter alternativet, der var Nagasaki, som oprindeligt slet ikke var på listen over oplagte mål, men efter Kyoto var blevet fjernet fra denne, endte Nagasaki altså med at blive skrevet på i stedet.
Atombomben kaldet Fat Man blev kastet lidt over klokken 11 og eksploderede 469 meter over byens industriområde. Mellem 22.000 og 75.000 af Nagasakis indbyggere blev dræbt øjeblikkeligt og antallet steg, da folk efterfølgende omkom af både deres skader og den radioaktive stråling, som byen samtidig blev udsat for. I Nagasaki advarede man faktisk indbyggerne om angrebet via en luftalarm, allerede da man opdagede de to fly på vej mod Kokura om morgenen, men da de ikke foretog noget angreb, antog man dem for at være ufarlige, da man igen fik øje på dem kort inden klokken 11. På dette tidspunkt var der derfor tale om normal aktivitet i byen, hvor ingen nåede at søge i dækning, før et enormt lysglimt gjorde folk opmærksomme på en trussel, de ikke havde mulighed for at flygte fra. Før da var Nagasaki ikke blevet udsat for større angreb, men den 1. august var byen dog blevet ramt af en bombe, hvilket havde ført til, at nogle af indbyggerne var blevet evakueret til et landområde, og de formåede således at overleve atombomben lidt over en uge senere.
Atombomben over Nagasaki var kraftigere end den over Hiroshima, og modsat angrebet på Hiroshima så forstod man denne gang, hvad der var sket, da nyheden om angrebet på Nagasaki nåede til Tokyo. En tredje atombombe var egentlig klar til at blive kastet over den japanske hovedstad, men denne blev aldrig aktuel, idet Japan nu erkendte, at USA kunne lægge landet i ruiner, og man overgav sig derfor endelig den 15. august, hvilket blev afslutningen på Anden Verdenskrig, og atombomben blev således også den sidste, der nogensinde er blevet anvendt i krig.
Nagasaki blev senere genopbygget og er i dag en moderne storby, hvor der ikke er spor efter atombombeangrebet, ligesom den radioaktive stråling befinder sig på et naturligt niveau, så det er ganske ufarligt at bo i byen. Familier berørt af den radioaktive stråling har dog oplevet udstødelse fra samfundet, hvilket også gør sig gældende for efterkommere, hvis sociale status har lidt grundet deres forfædres ulykke. Hos overlevende fulgte en forhøjet kræftrisiko samt dødelighed, mens gravide kvinder, der overlevede angrebet, fødte børn med skavanker.
.