Imamiya-helligdommen er en shinto-helligdom beliggende i Kyoto, hvor den blev anlagt i 994, da Kyoto blev ramt af en epidemi, som kostede mange menneskeliv. Helligdommen blev nemlig opført på samme sted, hvor man før i tiden havde tilbedt guderne for at forhindre eller standse epidemier, men i 1001 blev den dog flyttet til sin nuværende placering. Hver gang Kyoto blev ramt af epidemier, var det en skik, at man foretog ritualer ved Imamiya-helligdommen, hvilket udviklede sig til en årlig festival, som endnu afholdes den dag i dag.
Imamiya-helligdommen brændte ned under Onin-krigen i 1400-tallet, og blev derfor genopført i løbet af 1500-tallet. I 1896 brændte den dog ned igen, og de fleste af bygningerne stammer derfor fra genopbygningen i 1900-tallet - heriblandt hovedbygningen fra 1902. Helligdommen er imidlertid kendt for at have to tilknyttede spisesteder, hvoraf det ene af disse har været i drift i over 1000 år. Herudover findes der ved helligdommen også en Noh-scene, som blev opført i 1795, hvor der blev opført Noh-teater frem til 1970'erne, og så er den desuden i besiddelse af Japans ældste sten-Buddha med inskription. Denne er nemlig fra 1125 og har derfor status som kulturskat.
Imamiya-helligdommen ligger tættest på Kitaoji station, der befinder sig 1,5 kilometer væk.