Da kristendommen blev introduceret i Japan i slutningen af 1500-tallet, begyndte europæiske missionærer at strømme til landet, hvor Japans første kirker samtidig blev opført. I begyndelsen af 1600-tallet valgte Tokugawa-shogunatet imidlertid at bandlyse kristendommen og forvise europæerne, så man i Japan levede uden kristendommens indflydelse i de kommende 250 år. Efter at have haft grænserne lukket for omverdenen, valgte man nemlig at åbne disse i 1800-tallet, hvor det igen blev tilladt at praktisere kristendommen i Japan, hvorved kirker igen begyndte at blive opført i landet. En af disse var Matsugamine Catholic Church i Utsunomiya, der blev grundlagt af en europæisk præst i 1888. Kirken stod dog først færdig i 1932 og blev opført med brug af den lokale oya-sten, og faktisk er kirken en af de største tilbageværende bygninger, som er blevet opført med brug af dette materiale.
Under Anden Verdenskrig blev Utsunomiya ramt af bombetogter, hvilket lagde store dele af byen i ruiner, og Matsugamine Catholic Church blev ligeledes medtaget. Kirken slap dog uskadt fra krigen og kunne atter slå dørene op for offentligheden efter dens afslutning. I 1998 fik kirken status som kulturskat grundet dens historiske værdi og lokale betydning. Kirken ligger lige ved siden af Tobu Utsunomiya station, der er endestationen på en privat toglinje.