Nakijin-borgen blev opført på Okinawa i det 13. århundrede, hvor Ryukyu-folket levede i forskellige klaner, der på dette tidspunkt var i konflikt med hinanden. Disse klaner opførte derfor borge som værn, og Nakijin-borgen tilhørte Hokuzan-klanen i nord, hvor den blev opført på Motobu-halvøen med bjerge som et naturligt forsvar. Dette forhindrede dog ikke borgen i at blive angrebet af Chuzan-klanen i 1416, hvilket resulterede i store ødelæggelser på Nakijin-borgen, der senere blev lagt i ruiner, da japanerne invaderede Okinawa i 1609.
I dag er Nakajin-borgen således ikke andet end en ruin med efterladte murbrokker, der skildrer, hvor stor borgen i sin tid har været, og i 2000 blev stedet endda optaget på UNESCO's liste over verdensarv. Borggrunden er åben for offentligheden, der kan betragte murværket på nært hold, ligesom man fra ruinerne har en smuk udsigt ud over det omkringliggende område. Borggrunden trækker ligeledes mange besøgende til, idet der på denne er mange kirsebærtræer, hvor man kan opleve Japans tidligste kirsebærblomstring, der finder sted allerede i slutningen af januar og starten af februar.
For at komme frem til Nakajin-borgen kan man tage en bus fra Naha, hvilket tager 2,5 time. Der går dog også busser fra Nago, hvilket tager under en time.