Shinjuku Center Building er den af Shinjukus skyskrabere, der befinder sig tættest på Shinjuku station. Bygningen på 223 meter stod færdig i 1979, og gennemgik en omfattende renovering i 1998. Samme år kravlede “den franske Spiderman”, Alain Robert, op ad bygningen og nåede frem til toppen, hvor han efterfølgende blev arresteret. I 2009 blev det desuden den første bygning i verden, som efter sin opførelse blev udstyret med seismiske dæmpere, der har til formål at forhindre et eventuelt kollaps under jordskælv. Bygningen er hovedsæde for konstruktionsfirmaet Taisei, men indeholder desuden en restaurant på øverste etage, hvorfra gæster har mulighed for at nyde udsigten ud over Tokyo samt Fuji-bjerget på en skyfri dag. På 52. etage findes desuden et observationsdæk, som er gratis for besøgende.
Mori JP Tower og med en højde på 325 meter er det den højeste bygning i Japan – en status, den fik i 2023, hvor bygningen stod færdig, fire år efter opførelsen af den begyndte. Mori JP Tower overgik da Japans hidtil højeste bygning, Abeno Harukas, med 25 meter. Det var desuden den første bygning i Tokyo med en højde på over 300 meter. Mori JP Tower består af 65 etager og har blandt andet en åben tagterrasse, der i begyndelsen var tilgængelig for offentligheden. Nu er det dog kun bygningens lejere, der har adgang til denne, men på 33. etage befinder sig dog et observatorium kaldet Skylobby, hvor man kan få adgang, hvis man har tænkt sig at spise på en af de restauranter, der befinder sig på denne etage, hvorfra det blandt andet er muligt at nyde synet af Tokyo Tower i nærheden. Herudover huser bygningen blandt andet mange butikker i de nederste etager.
Bunkyo Civic Center er en 146 meter høj bygning beliggende i Bunkyo i Tokyo. Bygningen stod færdig i 1994 og befinder sig lige ved siden af Tokyo Dome City. I nærheden finder man desuden Koishikawa Korakuen-haven. Bunkyo Civic Center blev bygget på grunden, der tidligere husede Bunkyo Rådhus, hvilket blev revet ned på grund af brandfare. Nu om dage finder man de lokale kommunekontorer i bygningen, der primært består af kontorlokaler. Bygningens særprægede design skyldes, at der nær toppen findes en tilknyttet udkigspost på to etager. Det ene af disse er et observatorium, som er gratis for offentligheden at besøge. Herfra har man en 330 graders udsigt over Tokyo med Shinjuku på den ene side og Tokyo Skytree på den anden. Der er desuden udsyn direkte ned til Tokyo Dome City, hvor der kører en rutsjebane.
Shiodome City Center er en skyskraber beliggende ved siden af Shimbashi station i Minato-distriktet i Tokyo. Bygningen blev åbnet i 2003 og har en højde på 216 meter. De nederste etager huser et indkøbscenter kendt som Caretta Shiodome, og dette område særligt populært blandt besøgende i juletiden, idet der ikke bliver sparet på belysningen, således at dette er et af de mest besøgte steder i Tokyo i de mørke vintermåneder. Den midterste sektion af Shiodome City Center består af kontorer, og bygningen er blandt andet hovedsæde for flere store japanske virksomheder. Både i kældersektionen og på de øverste etager befinder sig caféer og restauranter. I restauranterne på de øverste etager har gæster mulighed for at nyde udsigten ud over Tokyo, men ellers kan man også benytte et gratis observationsdæk i 200 meters højde kendt som Caretta Shiodome Sky View på 46. og 47. etage.
Sunshine 60 er en skyskraber, der befinder sig få hundrede meter fra Ikebukuro station i Tokyo. Navnet skyldes, at bygningen er på 60 etager. Dens fulde højde er 239,7 meter, og da den stod færdig i 1978 var det dermed den højeste bygning i hele Asien, ligesom det var Japans højeste bygning i 12 år, indtil Tokyo Metropolitan Government Building blev bygget i 1990. Sunshine 60 er en del af et kompleks kaldet Sunshine City, der var Japans første “by inde i en by” og blev opført på grunden, hvor Sumida-fængslet tidligere lå. Det er blandt andet kendt for at være stedet, hvor flere krigsforbrydere blev henrettet under Anden Verdenskrig. Den øverste etage består af et observationsdæk kaldet Sky Circus. En af verdens hurtigste elevatorer fører frem til dette, hvor besøgende har udsigt ud over Tokyo.
Roppongi Hills Mori Tower stod færdigt i år 2003 som et vartegn for et omfattende byudviklingsprojekt i bydelen Roppongi Hills i Tokyo, hvilket blandt andet krævede opkøb og nedrivning af op til 400 ejendomme i løbet af 14 år. Bygningen er med sine 238 meter blandt Tokyos højeste bygninger, og dens indre udgør knap 380.000 kvadratmeter, hvilket gør den til en af de mest voluminøse bygninger i verden. Bygningen består primært af kontorlokaler, der lejes ud til japanske og internationale virksomheder. På 52. etage kan man blandt andet nyde udsigten ud over Tokyo og det samme gør sig gældende på den øverste 54. etage, hvor der er et observationsdæk kaldet Tokyo City View. Dette er et af de bedste steder at få et nært udsyn til Tokyo Tower, og på en skyfri dag kan man også se Fuji-bjerget. Det er desuden muligt for besøgende at forlade det indvendige observationsdæk og gå op på taget kaldet Sky Deck. Her ligger også en landingsplads for helikoptere.
I 2019 åbnede Shibuya Scramble Square som en del af en større udvidelse af området omkring Shibuya station. Der er tale om en 230 meter høj skyskraber, der dermed er den højeste bygning i Tokyos Shibuya-distrikt. Denne består af 47 etager, og mens de nederste af disse udgøres af mere end 200 indkøbsfaciliteter og restauranter, så huser den midterste del af bygningen kontorlokaler. Øverst oppe befinder sig derimod et observatorium, og her har folk mulighed for at tage udendørs rulletrapper videre op på taget, hvor et udendørs observationsdæk kaldet Shibuya Sky befinder sig. Hér kan man bag glasplader beundre udsigten ud over Tokyo og man kan blandt andet kigge direkte ned på det ikoniske fodgængerfelt i Shibuya, der er kendt for at være verdens travleste. Observatoriet er ment som en tagpark, så her er godt med plads og rig mulighed for at nyde den 360 graders udsigt, hvilket også kan lade sig gøre, når mørket er faldet på.
Tokyo Metropolitan Government Building stod færdig i 1990 og blev indviet året efter. Det er en af de karakteristiske skyskrabere, der befinder sig i Shinjuku, hvor bygningen med sine 243 meter er den højeste i bydelen og samtidig betragtes som områdets vartegn. Den var således også Tokyos højeste bygning i over 16 år, indtil Midtown Tower blev bygget i 2007. Bygningens navn skyldes, at den er hovedsæde for den administrative enhed, der beskæftiger sig med Tokyos 23 bydistrikter og omkringliggende bysamfund i regionen. På 33. etage deler bygningen sig i to tårne, der begge indeholder et observatorium i 202 meters højde, som er gratis for offentligheden at besøge. Det er blandt andet et populært sted at nyde synet af Shinjukus andre bygninger på nært hold, ligesom man på en skyfri dag har udsigt til Fuji-bjerget. Før indtræde skal man igennem en sikkerhedskontrol, og i observatorierne er der blandt andet souvenirboder og caféer.
Tokyo Skytree er med sine 634 meter verdens højeste tårn samt Japans højeste og verdens næsthøjeste struktur. Der er tale om et TV-tårn som erstatning for Tokyo Tower, idet de høje bygninger i Tokyo forstyrrede signalet, hvorfor der var behov for et højere tårn, hvilket betød, at man i 2008 påbegyndte konstruktionen af Skytree. Tårnet stod færdigt den 29. februar 2012 og åbnede for befolkningen i maj samme år efter et besøg fra Kejseren og Kejserinden. Omkring 1,6 millioner mennesker besøgte tårnet i den første uge, og alle billetter var booket de første to måneder frem. Tårnet indeholder to observatorier – et i 350 meters højde og et andet i 450 meters højde. Begge observatorier gør det muligt for besøgende at betragte Tokyo i en 360 graders vinkel.
Tokyo Tower er med sine 333 meter Japans anden højeste struktur efter Tokyo Skytree, der blev bygget som en erstatning for Tokyo Tower. Tårnet blev nemlig opført med det formål at fungere som antennestøtte i 1958 med udgangspunkt i Eiffeltårnets design, og det var dengang verdens højeste selvbærende tårn helt frem til 1967. Tårnet blev malet for at efterkomme sikkerhedsreglerne i forbindelse med flytrafikken og har siden sin opførelse været et symbol på Japans økonomiske opsving efter Anden Verdenskrig, ligesom det er et hyppigst anvendt vartegn for Tokyo. Med tiden begyndte de omkringliggende skyskrabere så at forstyrre antennesignalet, så det altså blev nødvendigt at opføre en ny antenne i Tokyo i skikkelse af Tokyo Skytree. Der er to observatorier i Tokyo Tower, som ligger i 150 meters højde og i 250 meters højde.