Hie-helligdommen ligger i Chiyoda-distriktet i Tokyo. Hér blev den opført i 1659, efter den oprindelige helligdom gik tabt under den store bybrand i 1657. De nuværende bygninger stammer dog fra 1958, idet helligdommen blev ødelagt af bombetogter under Anden Verdenskrig. Helligdommen befinder sig på toppen af en lille bakke med træer og er nu om dage omgivet af moderne bygninger ikke så langt fra det japanske parlament. For at komme frem til helligdommen skal man bestige en lang trappe, og på selve grunden finder man blandt andet en lille tunnel af orange torii-porte, mens selve helligdommens bygninger er kendetegnet ved deres røde træværk og grønne tage.
Intermediatheque er et moderne raritetskabinet beliggende på første og anden etage i JP Tower i Tokyo, der oprindeligt fungerede som et posthus. JP står nemlig for Japan Post, og den originale bygning blev bevaret, da man i 2009 begyndte at opføre det 200 meter høje JP Tower oven på denne, som blev omdannet til et storcenter. Alligevel er det altså hér, man finder et af de mere finurlige museer i Tokyo, idet Intermediatheque udstiller samlinger tilhørende Tokyo Universitet uden et specielt tema, eftersom her både er arkæologiske og naturhistoriske artefakter såsom dyreskeletter, statuer og unikke opfindelser. Formålet med Intermediatheque er derfor blot at give folk mulighed for at nyde nogle af de genstande, som Tokyo Universitet er i besiddelse af, så disse ikke blot ligger i en kælder og samler støv.
Politimuseet i Tokyo er et gratis museum, som skildrer historien bag det japanske politi og deres arbejde. Museet består af udstillinger, som sætter besøgende ind i politiets efterforskning og opklaringsarbejde af forbrydelser og inkluderer både modeller, genstande og billeder. Eftersom museet primært er tiltænkt børn i håb om at vække interesse for hvervet som politibetjent, så er der også interaktive udstillinger. Besøgende kan blandt andet identificere dækaftryk eller fodspor. Politimuseet har også transportmidler, beklædning og hjælpemidler tilhørende det japanske politi, som enten stadig er i brug eller er taget ud af brug, så man dermed kan se udviklingen, der er sket på dette område. På museet findes tilmed et eksempel på et lokalt politikontor (koban) i 1:1 format.
I hjertet af Tokyo finder man verdens eneste museum, som er dedikeret til parasitter. Hér er omkring 300 forskellige arter af insekter, orme og andre organismer udstillet i formalin, så man som besøgende kan nærstudere snylterne fra forskellige vinkler. Meguro Parasitological Museum, som det kaldes, er egentlig en privatejet forskningsfacilitet grundlagt i 1953 af Dr. Satoru Kamegai, men det er muligt for offentligheden at få adgang til to etager med udstillede eksemplarer af både bændelorme, mider og andre væsner, som lever af at nære sig på dyr såvel som mennesker.
Nezu-helligdommen er beliggende i Tokyos Bunkyo-distrikt og er en af de ældste shinto-helligdomme i hovedstaden, idet den blev opført i 1705. Bygningernes arkitektur er inspireret af helligdommene i Nikko, men Nezu-helligdommen minder dog også om Fushimi Inari Taisha i Kyoto, idet den blandt andet er kendt for sine mange orangerøde torii-porte. Det, som stedet, er mest kendt for er dog den tilhørende azalea-have, der i modsætning til resten af helligdommen normalt er lukket af for offentligheden, men når blomsterne springer ud i april bliver det dog muligt for besøgende at tage på rundtur blandt de hundredvis af azaleaer. Noget andet, der gør Nezu-helligdommen speciel, er, at de nuværende bygninger er originale, hvilket er en sjældenhed i Tokyo, idet byen blev lagt i ruiner under Anden Verdenskrig, men Nezu-helligdommen formåede altså at overleve flere bombetogter.
Yasukuni-helligdommen blev grundlagt af Kejser Meiji i Tokyo i 1869 og er dedikeret til alle dem, der har kæmpet for Japan og mistet livet i krige og konflikter fra 1868 til 1954, eller dem som har ofret deres liv for at være med til at skabe et fredeligt Japan. Af den grund er der også en del kritik rettet mod Yasukuni-helligdommen, idet dette blandt andet inkluderer over 1000 krigsforbrydere, hvilket mange japanere har svært ved at acceptere, og det samme gælder udlandet. I helligdommen finder man navnene på de knap 2,5 millioner mennesker, som denne er dedikeret til, og der er sågar også et par dyr imellem. For soldater blev det betragtet som en ære at dø for sit fædreland, og det var således også almindeligt, at kamikaze-piloter sagde, at de en dag ville møde deres kolleger i Yasukuni-helligdommen, idet de var klar over, at de her ville ende.
Zojoji er et buddhistisk tempel beliggende i Minato-distriktet i Tokyo ved siden af Tokyo Tower. Templet blev grundlagt i 1393, men befandt sig dengang i nutidens Chiyoda-distrikt og blev først flyttet til sin nuværende grund af Ieyasu Tokugawa i 1590. Templet fungerede som Tokugawa-familiens tempel, da denne besad den politiske magt i landet de næste 250 år. Af samme grund er hele 6 af de 15 Tokugawa-shoguners rester opbevaret i Zojoji. Da shogunatet kollapsede i slutningen af 1800-tallet blev tempelgrundene åbnet for offentligheden og lavet om til en park, hvilket man den dag i dag stadig kan nyde godt af, idet det er gratis at befærde sig i området. Templet bestod engang af 120 forskellige bygninger, men dette tal er med tiden blevet reduceret, blandt andet på grund af brande, jordskælv og krig.
Tokyo Metropolitan Government Building stod færdig i 1990 og blev indviet året efter. Det er en af de karakteristiske skyskrabere, der befinder sig i Shinjuku, hvor bygningen med sine 243 meter er den højeste i bydelen og samtidig betragtes som områdets vartegn. Den var således også Tokyos højeste bygning i over 16 år, indtil Midtown Tower blev bygget i 2007. Bygningens navn skyldes, at den er hovedsæde for den administrative enhed, der beskæftiger sig med Tokyos 23 bydistrikter og omkringliggende bysamfund i regionen. På 33. etage deler bygningen sig i to tårne, der begge indeholder et observatorium i 202 meters højde, som er gratis for offentligheden at besøge. Det er blandt andet et populært sted at nyde synet af Shinjukus andre bygninger på nært hold, ligesom man på en skyfri dag har udsigt til Fuji-bjerget.
Meiji-helligdommen er en shinto-helligdom til Kejser Meiji, der regerede Japan fra 1967 til 1912, samt hans hustru Kejserinde Shoken. Deres gravsteder er dog placeret nær Kyoto. Helligdommen blev grundlagt i 1920 og stod færdigbygget året efter, men under Anden Verdenskrig blev bygningerne dog ødelagt, da Tokyo blev udsat for bombeangreb. Den nuværende helligdom blev opført i 1958 efter indsamlinger gjorde det muligt at genopbygge den. Der er tale om et enormt kompleks i fredfyldte omgivelser, der fungerer som et åndehul i den ellers travle storby. Som en del af helligdommen findes nemlig en skov med 120.000 træer, der blokerer for udsynet til de nærliggende højhuse. Disse blev plantet i forbindelse med helligdommens grundlæggelse og blev doneret fra alle egne af Japan.
Sensoji er et buddhistisk tempel beliggende i Asakusa i Tokyo. Det er byens ældste tempel, der blev grundlagt i år 645, efter man ifølge legenden fandt en Buddha-statue i Sumida-floden i 628 og valgte at tilbede denne i området, hvor templet senere blev opført. Sensoji er dedikeret til Buddha-gudinden for barmhjertighed, Guanyin, og er et af de mest besøgte hellige steder i hele verden, ligesom den lægger grund til Tokyos mest populære festival, som udspiller sig over 3-4 dage hvert forår. Under Anden Verdenskrig blev Tokyo udsat for bombardementer, og templet endte med at blive ødelagt, hvilket vil sige, at de nuværende bygninger er moderne rekonstruktioner af de originale. Indgangen til tempelgrunden er markeret med en stor, rød port indeholdende en gigantisk papirlanterne, hvorefter besøgende har mulighed for at bevæge sig gennem et 250 meter langt stræde kaldet Nakamise-dori bestående af omkring 90 handelsboder.