Da kristendommen blev introduceret i Japan i slutningen af 1500-tallet, begyndte europæiske missionærer at strømme til landet, hvor Japans første kirker samtidig blev opført. I begyndelsen af 1600-tallet valgte Tokugawa-shogunatet imidlertid at bandlyse kristendommen og forvise europæerne, så man i Japan levede uden kristendommens indflydelse i de kommende 250 år. Efter at have haft grænserne lukket for omverdenen valgte man nemlig at åbne disse i 1800-tallet, hvor det igen blev tilladt at praktisere kristendommen i Japan, men det viste sig dog også, at mange japanere i forvejen var kristne, idet de i generationer havde formået at skjule deres religiøse tro.
Dette var blandt andet tilfældet med indbyggerne i Urakami i nutidens Nagasaki på Kyushu, hvor kristendommen i sin tid var blevet introduceret og udbredt, og det var derfor også hér, mange af de såkaldte skjulte kristne befandt sig. For at disse igen kunne have et sted at praktisere deres religion, blev der i slutningen af 1800tallet opført flere kirker, hvilket inkluderede Urakami-katedralen, som var en katolsk domkirke, der blev bygget på samme grund, hvor man før i tiden havde afsløret kristne japanere ved at få dem til at udføre fumie, hvilket indebar, at man skulle træde på et billede af Jesus eller Jomfru Maria.
Efter flere årtiers byggeri stod katedralen færdig i 1925, hvor det var den største kristne struktur i hele Asien. Men den fik imidlertid kun lov at stå i 20 år, for i 1945 blev Nagasaki nemlig mål for den anden atombombe under Anden Verdenskrig, hvilket lagde katedralen i ruiner, samtidig med at denne var fuld af folk, som blev dræbt på stedet, da den styrtede sammen. Dele af katedralen formåede at stå intakt, og der var derfor planer om at bevare den, på samme måde som man bevarede atombombekuplen i Hiroshima, eftersom Urakami-katedralen trods alt var en af byens mest kendte bygninger. I sidste endte blev denne imidlertid revet ned og erstattet med en ny og mindre udgave, som stod færdig i 1959. Denne blev renoveret med brug af mursten i 1980, mens enkelte dele af den oprindelige katedral blev bevaret og blandt andet findes udstillet på atombombemuseet i Nagasaki.
Urakami-katedralen ligger 600 meters gang fra Peace Park station.