Kubota-borgen blev grundlagt i 1604 i datidens Kubota-dæmone, der i dag er byen Akita i præfekturet med samme navn. Borgen havde til formål at udgøre base for den lokale daimyo og fungerede egentlig ikke som en fæstning, idet der hverken var et værn af stenmure eller sågar en hovedbygning. Den oprindelige borg stod kun i en kort periode, da den allerede brændte ned i 1633, hvorefter den blev genopbygget. I 1776, 1778 og 1797 blev Kubota-borgen igen ødelagt af brande, og i slutningen af 1800-tallet blev borgen så endelig revet ned, da moderniseringen af Japan begyndte. Kun få strukturer fik lov at stå, men majoriteten af disse blev igen ofre for en brand i 1880.
Ti år senere blev det tidligere borgkompleks så omdannet til en park, hvor man i dag finder flere helligdomme, ligesom det er et populært sted for indbyggerne i Akita at nyde kirsebærtræernes blomstring om foråret. I august lægger parken desuden grund til Akitas største festival, hvor deltagerne balancerer pæle med lanterner på deres hænder, skuldre og pander. I 1989 valgte man at opføre en moderne rekonstruktion af et af Kubota-borgens vagttårne, der nu fungerer som et lokalhistorisk museum.
Kubota-borgen ligger cirka 1 kilometer fra Akita station.