Dyrevelfærd har længe været et overset område i Japan, hvor kun omkring hver fjerde japaner kender til begrebet. Langt færre går op i dyrevelfærd, når de køber kød, hvor kun omkring 5 % af japanerne baserer deres indkøb på dyrevelfærd, og næsten lige så stor en procentdel af befolkningen er vegetarer. Det vil rettere sagt sige, at japanerne generelt er ligeglade med, hvordan dyr bliver behandlet i eksempelvis landbruget, hvilket derfor også har sat sit præg på dette, idet der kun er blevet ført begrænset kontrol med dyrevelfærden på japanske landsbrug, til trods for at man allerede i 1973 implementerede en lov, der havde til formål at sikre værdig behandling af kæledyr og husdyr i Japan. Alligevel er det ikke noget, man har prioriteret, så på World Animal Protektion-indekset over dyrevelfærd scorer Japan eksempelvis E på en skala fra A til G, hvor G er den laveste score, hvilket Japan tidligere besad.
Det er først i 2020'erne, der for alvor er blevet sat politisk fokus på dyrevelfærd i det japanske landbrug, men dette har ikke ført til lovændringer eller skærpede straffe for lovovertrædelser, hvilket kan skyldes, at dyremishandling er et bredt begreb, der ikke er defineret nærmere end "påføring af smerte og unødvendigt drab på dyr". Den generelle behandling af dyr, forholdene, de lever under, og måden, de transporteres på, er altså ikke noget, man har taget højde for i loven for dyrevelfærd, så den ironisk nok derfor ikke omhandler dette. Loven inkluderer også kun anerkendte kæledyr og husdyr, så eksotiske dyr i zoologiske haver, dyreparker og cirkusser er eksempelvis ikke inkluderet i lovgivningen, og det samme gælder fisk, som man derfor må påføre smerte og dræbe helt uden konsekvenser. På nogle japanske restauranter kan man derfor opleve, at fisk og skaldyr bliver tilberedt levende. For husdyr og landbrugsdyr siger loven desuden kun, at de skal aflives så hurtigt og smertefrit som muligt, så der er altså ingen lovpligtig metode.
Det er dog ikke ligefrem alle kæledyr i Japan, der bliver behandlet værdigt, og selvom loven har lagt særlig vægt på behandlingen af hunde og katte, så er det stadig muligt at købe begge dele i dyrehandler, hvor hvalpe og killinger nærmest udgør udstillinger, som besøgende kan interagere med. Det er eksempelvis også normalt at holde hunde i bure eller binde dem fast udendørs, ligesom det ikke er normalt at aflive kæledyr, der som oftest dør af naturlige årsager, hvilket kan risikere at være både langvarigt og smertefuldt. Japan er desuden et af de lande, hvor man har udryddet herreløse dyr i gaderne. Den japanske rabiesbekæmpelseslov blev implementeret i 1952 med det formål forebygge udbredelsen af rabies, hvilket blandt andet giver myndighederne tilladelse til at indfange og aflive løse kæledyr. Både hunde og katte skal ifølge loven være indregistreret og vaccineret, mens de enten skal være chippet, tatoveret eller bære et bevis på, at de ikke er herreløse – såsom et halsbånd med navneskilt. Når løse kæledyr bliver indfanget, bliver deres ejere nemlig kontaktet, og de har herefter tre dage til at hente deres kæledyr, før dette vil blive aflivet – noget der typisk vil ske med det samme, hvis dyret betragtes som herreløst. Nu om dage findes der eksempelvis mobile gaskamre, hvor hunde og katte kan blive aflivet straks efter at være blevet indfanget.
I nogle japanske dyreparker og akvarier, kan man også opleve, at dyrene lever under kummerlige og uværdige forhold, men sådanne steder kan kun holde åbent, fordi de har fået tilladelse til dette, så myndighederne kan sagtens vurdere, om leveforholdene lever op til en minimumsstandard. Det menes dog, at over halvdelen af dyrene i japanske dyreparker ikke lever under passende forhold med helbredskonsekvenser og anormal adfærd til følge. Først i 2022 proklamerede Maruyama Zoo i Sapporo, at man som den første zoologiske have i Japan ville indføre et regelsæt for behandlingen af dyrene og forholdene, de lever under.
Dyreoptrædener er temmelig udbredt i Japan, hvor mange akvarier eksempelvis har delfiner og spækhuggere, som bliver sat til at optræde ligesom dyr i cirkus, hvor det stadig er tilladt at holde vilde dyr såsom løver og elefanter. Nogle privatpersoner holder også eksotiske dyr, der for det første ikke egner sig som kæledyr, og for det andet dermed ikke er inkluderet i loven om dyrevelfærd, hvilket derfor også gør det muligt at eje dem. Dette gør sig også gældende for visse dyr i de såkaldte dyrecaféer, hvor folk kan spise eller drikke i selskab med forskellige arter af dyr, hvilket har ført til kritik af de forhold, de til dagligt befinder sig i, fordi de bliver overstimuleret i et unaturligt miljø. Vilde dyr er som udgangspunkt kun dækket af dyrevelfærdsloven, hvis de er fredet eller beskyttet, så Japan har eksempelvis fået kritik for den måde, der foretages hvalfangst, hvor særligt den årlige slagtning af delfiner i byen Taiji har vakt opmærksomhed, fordi man stresser dyrene, før de tilmed lider en smertefuld død.
Japan er et af de lande i verden med flest forsøgsdyr, idet det estimeres, at 15 millioner dyr hvert år bliver benyttet i forsøg - heriblandt test af kosmetikprodukter, idet loven tilmed foreskriver, at visse produkter skal være testet på dyr for at kunne afsløre bivirkninger. Organiserede dyrekampe er også stadig lovlige i visse dele af Japan, hvilket eksempelvis drejer sig om hanekampe og hundekampe, men man i nogle dele af landet afholder tyrekampe, hvor to tyrekampe. Selvom dyrene bliver sat til at kæmpe imod hinanden, bliver kampen nemlig indstillet, inden de forvolder alt for stor skade eller slår hinanden ihjel. Værre står det til inden for sport, hvor dyr anvendes, idet særligt heste bliver udsat for intens træning, der kan have fysiske og helbredsmæssige konsekvenser, og nogle presses endda så langt, at de omkommer af udmattelse.